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第35回日本分子生物学会年会

特別企画 「使ってみようバイオデータベース-つながるデータ、広がる世界」

会期 : 2012年12月11日(火)~14日(金) 9:00~17:30(最終日は16:15まで)
会場 : 福岡マリンメッセ バイオデータベースコーナー (コーナーレイアウト)

 

出展者一覧 :

No 所属名 ブース名
バイオDB1 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 使ってみようデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブ
バイオDB2

産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター

経済産業省 ライフサイエンスデータベースプロジェクト

バイオDB3

医薬基盤研究所 創薬基盤研究部,難病・疾患資源研究部

医薬基盤研究所のデータベースと横断検索システム “Sagace”

バイオDB4

京都大学 化学研究所

KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合データベースとお薬手帳

バイオDB5

東京大学大学院医学系研究科,日立製作所 中央研究所,国立遺伝学研究所、東京大学医学部附属病院

データ統合化推進プログラムにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース

バイオDB6

東京大学大学院医学系研究科,科学技術振興機構,日鉄日立システムエンジニアリング

ヒト脳疾患画像統合データベース

バイオDB7

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 日本DNAデータバンク

新遺伝研スパコンとDDBJサービスの新展開、および、新登録システムの紹介

バイオDB8

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

知識発見につながるデータベース構築へ~DBCLSからの提案~

バイオDB9

理化学研究所 生命情報基盤研究部門,バイオリソースセンター

BioLOD (Biological Linked Open Databases)を使ったフェノタイプ情報の共有と検索

バイオDB10

奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室,かずさDNA研究所 産業基盤開発研究部,理化学研究所 植物科学研究センター

メタボロームデータベース:代謝物の測定から生物活性の悉皆的統合を目指して

バイオDB11

産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター

日本糖鎖科学コンソーシアム・データベース(JCGGDB)

バイオDB12

大阪大学 蛋白質研究所

Protein Data Bank Japan

バイオDB13

東京工業大学,国立遺伝学研究所,基礎生物学研究所

微生物統合データベース MicrobeDB.jp

バイオDB14

かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部、新潟大学研究推進機構

ゲノム情報に基づく植物データベースの統合

 

出展情報 :

バイオDB1 使ってみようデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブ
髙祖歩美,坂東明日佳,大波純一,三橋信孝,櫛田達矢,畠中秀樹
科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

NBDCでは、日本の生命科学データベース(DB)の統合を実現するための研究開発とサービス提供をポータルサイトより行っています。ポータルサイトでは目的のDBを一覧から探す「カタログ」、さまざまなDBが一括検索できる「横断検索」、DBを丸ごとダウンロードできる「アーカイブ」などを利用できます。ユーザーがこれらのサービスを生命科学研究や医療、教育などの分野で利活用することにより、新しい発見や新薬の開発などの成果が生み出されることが期待されます。

URL: http://biosciencedbc.jp/

 

バイオDB2 経済産業省 ライフサイエンスデータベースプロジェクト
今西規,村上勝彦,原雄一郎,山崎千里,世良実穂,武田淳一,長井陽子
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター

産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターでは、データベース・ツール・関連プロジェクトのポータルサイトMEDALSを構築し、カタログ、横断検索、アーカイブ等を提供します。2004年からヒト遺伝子H-InvDB、今年度はヒト蛋白質複合体のPCDq、関節リウマチ多型のRAvariome等各データベースの紹介、分子データ更新お知らせツールBioDBScanの公開等を行っています。

URL: http://h-invitational.jp/hinv/ (H-InvDB:ヒト遺伝子データベース)
    http://medals.jp/ (経産省MEDALS統合データベースポータルサイト)
    http://www.h-invitational.jp/hinv/pcdq/ (PCDq:ヒトタンパク質複合体データベース)
    http://www.h-invitational.jp/hinv/rav/ (RAvariome:関節リウマチ多型データベース)
    http://medals.jp/pubmedscan/ (BioDBScan:分子データ更新お知らせツール)

 

バイオDB3 医薬基盤研究所のデータベースと横断検索システム “Sagace”
水口賢司1),増井徹2),坂手龍一2),坂口由希2),五十嵐芳暢1),長尾知生子1),陳怡安1),伊藤真和吏1)
1)医薬基盤研究所 創薬基盤研究部,2)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部

医薬基盤研究所は創薬・疾患研究の促進を目的として、化合物毒性データベース“Open TG-GATEs”、創薬支援統合データウェアハウス“TargetMine”などの開発を行ってきました。また、昨年度から科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンターと連携し、創薬・疾患に関する国内のデータベースを対象としたデータベース横断検索システム“Sagace”を開発し、公開しています。

URL: http://www.nibio.go.jp/data/
    http://alldbs.nibio.go.jp/
    http://sagace.nibio.go.jp/

 

バイオDB4 KEGG MEDICUS疾患・医薬品統合データベースとお薬手帳
金久實,田辺麻央,古道美穂,米納朋子,緒方麻紀子
京都大学 化学研究所

KEGG MEDICUSは疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したデータベースです。研究者コミュニティには研究成果を創薬・医療等の応用分野で活用するためのリソースを、一般の人々にはKEGG MEDICUSお薬手帳のインターフェース等を通して病気や薬に対する科学的理解を深めることができるリソースを提供しています。

URL: http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

 

バイオDB5 データ統合化推進プログラムにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース
小池麻子1),西田奈央2),川嶋実苗2),吉田真希子1),井ノ上逸朗3),辻省次4),徳永勝士2)
1)日立製作所 中央研究所,2)東京大学大学院医学系研究科,3)国立遺伝学研究所,4)東京大学医学部附属病院

技術革新によって急速に増加しつつある疾患関連多型・変異情報の散逸を防ぎ、研究者間でデータを共有化するためにHuman Variation DBを構築し、データのサブミッションを広く呼びかけるとともにデータの預け入れと再配布の運用を行っています。これらのDBにおいてはGWASのデータ、健常者や患者のSNVのみならず長配列の挿入/欠失、構造多型まで収集対象とし、日本人/アジア人の変異と表現型との関係の体系化を目指しています。

URL: https://gwas.biosciencedbc.jp/

 

バイオDB6 ヒト脳疾患画像統合データベース
岩坪威1),笠井清登1),八幡憲明1),三橋信孝2),鶴瀬和彦3)
1)東京大学大学院医学系研究科,2)科学技術振興機構,3)日鉄日立システムエンジニアリング

構築中のヒト脳疾患画像統合データベースは、多施設から収集したアルツハイマー病(AD)ならびに精神疾患(統合失調症・気分障害など)患者と健常者の脳画像DBです。脳構造MRI画像に加え、ADではPET/MRI画像、精神疾患では拡散テンソル画像、安静時脳機能画像を収集しています。さらに付随する臨床情報や遺伝情報、体液生化学情報も併せてDB化を進めています。将来的には公開して様々な分野で活用されることを目指しています。

URL: http://www.j-adni.org/
    http://cbsn-mri.umin.jp/

 

バイオDB7 新遺伝研スパコンとDDBJサービスの新展開、および、新登録システムの紹介
日本DNAデータバンク(DDBJ)
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 日本DNAデータバンク

日本DNAデータバンク(DDBJ)で今年リリースする、国際塩基配列データベース(INSDC)の新塩基配列登録システムのデモを行います。 DDBJ Sequence Read Archive(DRA), DDBJ Omics Archive(DOR), BioProjectの更新情報と共に、DRAからサンプル情報を分離して構築中の新データベース、BioSampleについて紹介します。また2012年3月に更新された新遺伝研スパコンに移行したweb-blast, ClustalW, DDBJ Pipelineのデモを紹介します。

URL: http://www.ddbj.nig.ac.jp/

 

バイオDB8 知識発見につながるデータベース構築へ~DBCLSからの提案~
箕輪真理,川本祥子,坊農秀雅,河野信
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

生命科学分野のデータベースは多種多様な上、近年の解析手法等の革新的進歩により大量化が進み、すべてを一元的に管理することは不可能ですが、知識発見やイノベーションを実現するために、私たちはこれらを分散したままで必要な情報を効率よく入手できる統合利用環境の実現を模索しています。同時に、「統合データベースプロジェクト」の成果を活かしながら、得られる情報をより有用にする特長あるコンテンツの作成・整備を行っています。

URL: http://lifesciencedb.jp/
    http://dbcls.rois.ac.jp/

 

バイオDB9 BioLOD(Biological Linked Open Databases)を使ったフェノタイプ情報の共有と検索
土井考爾1),下山紗代子1),西方公郎1),高月照江2)
1)理化学研究所 生命情報基盤研究部,2)理化学研究所 バイオリソースセンター

BioLOD.org (Biological Linked Open Database)では、ゲノムからフェノームまでの多様なデータをリンクトデータとして提供しています。検索には推論エンジンを利用し、指定したキーワードが直接データに含まれなくてもリンクを経由して間接的に見つけ出すことができます。また、簡単な手順で手持ちのデータを投稿し、公共データベースに関連付けて共有することもできます。

URL: http://biolod.org/

 

バイオDB10 メタボロームデータベース:代謝物の測定から生物活性の悉皆的統合を目指して
金谷重彦1),西岡孝明1),櫻井望2),荒武2),有田正規3)
1)奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室,2)かずさDNA研究所 産業基盤開発研究部,3)理化学研究所 植物科学研究センター

生物サンプルの質量スペクトルから代謝物の予測ならびに代謝物の生物活性についての知見を統合的に把握することを目的に開発された以下のシステムを紹介します。(1) Metabolonote メタボロミクスのメタデータ管理に特化したシステム、(2) BioMassBank、MassBank、生物サンプルおよび標品における質量スペクトルデータベース、(3) KNApSAcK Familyメタボロームから生物の多目的利用をめざしたオミックスデータベース。

URL: http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/ (KNApSAcK Family DB)
    http://www.massbank.jp/ja/statistics.html (BioMassBank, MassBank)

 

バイオDB11 日本糖鎖科学コンソーシアム・データベース(JCGGDB)
成松久,鹿内俊秀,澤木弘道,鈴木芳典,藤田典昭,前田真砂子,石崎円
産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター

科学技術の発展に伴い、信頼できる実験データが増えてきました。多種多様な糖鎖のデータがより多くの科学者に利用されるよう技術開発や情報整備を行う目的で、日本糖鎖科学コンソーシアムの枠組みの中で複数の研究機関からなる研究チームを作りました。主体となる4研究機関とこれらを支える協力機関の科学者により、データベースを充実させて日本固有の糖鎖科学統合データベースとなるように発展を図ってまいります。

URL: http://jcggdb.jp/

 

バイオDB12 Protein Data Bank Japan
中村春木,中川敦史,金城玲,藤原敏道,小林直宏
大阪大学 蛋白質研究所

日本蛋白質構造データバンク(PDBj, http://pdbj.org/)では科学技術振興機構による支援のもと、大阪大学蛋白質研究所にて、米国・RCSB-PDB、欧州・PDBe-EBI、米国・BMRB (BioMagResBank)との国際協力により、wwPDB(worldwide PDB)の一員として生体高分子構造データの受付・編集・公開と、独自のサービスや二次データベースの開発を行っています。

URL: http://www.pdbj.org/index_j.html (日)
    http://www.pdbj.org/index.html (英)

 

バイオDB13 微生物統合データベース MicrobeDB.jp
黒川顕1),中村保一2),内山郁夫3),菅原秀明2)
1)東京工業大学,2)国立遺伝学研究所,3)基礎生物学研究所

ゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできるデータベースをめざします。これらデータの統合化は、微生物の体系的な理解を促進し、これまでの仮説検証型の研究のみならず、膨大なデータの中から新たな仮説を導くデータ駆動型の研究を強力に推進することが可能となります。

URL: http://microbedb.jp/

 

バイオDB14 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合
市原寿子1),平川英樹1),中谷明弘2),中村保一1),田畑哲之1)
1)かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部,2)新潟大学研究推進機構

現在の植物研究関連データベース(DB)は、対象がモデル実験材料から農作物まで多種多様であり、基礎から応用まで様々な視点で構築されているため、統一的に閲覧できる状態にありません。そこで我々は、「遺伝子オルソログDBの構築」「DNAマーカーおよび連鎖地図情報に基づくDBの統合」「植物リソース情報DBの統合」「植物研究に関連する情報基盤の構築」の4つの研究開発によりこの問題解決を目指しています。

URL: http://pgdbj.jp/