ポスター発表


ポスター発表は14:10 ~ 15:50を予定しております。

説明は14:15~15:00がポスター番号奇数、15:00~15:45がポスター番号偶数とします。

発表者はこちら(ポスター様式、ポスター設置・撤去などのタイムスケジュール等)をご覧ください。

 

ポスターの著作権は、別途記載がない限り発表者/所属機関に帰属します。
ポスター内の図や文言を転用する際には、著作者と話し合っていただくようお願いいたします。 

ポスター

番号

代表発表者 所属 タイトル

発表

資料

1 坂東 明日佳 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

生命科学分野のデータベースに関する情報集約に向けて~カタログ構築の現状

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2 畠中 秀樹 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 生命科学系データベースアーカイブと省間連携 pdf
3 三橋 信孝 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 生命科学データベース横断検索の現状 pdf
4

河野 信

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

統合検索プロトタイプの開発

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5

村上 勝彦

産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター

経済産業省ライフサイエンス統合データベースプロジェクト:ポータルサイトMEDALS

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6

今西 規

産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター 分子システム情報統合チーム

リンク自動管理システムとID一括変換システム

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7

岡本 忍

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

情報統合化・知識発見のためのキュレーション支援

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8

山本 泰智

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

キュレーションを支援する環境の構築に向けて

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9

狩野 芳伸

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

テキストマイニングのための相互運用性と統合環境

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10

山口 敦子

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

NBDC/DBCLS BioHackathon 2011 開催報告

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11

小野 浩雅

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』

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12

大田 達郎

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

メタ情報による大規模シーケンスデータの整理・再利用の促進技術開発

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13

内藤 雄樹

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

統合遺伝子検索GGRNA

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14

藤枝 香

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス

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15

五斗 進

京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター

ゲノムネットにおける化合物・反応データの整備と応用ツールの開発

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16

木下 広美

米納  朋子

京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター

ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・環境物質データの統合

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17

川口 喬久

京都大学医学研究科 附属ゲノム医学センター 疾患ゲノム疫学解析分野

大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築

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18

小池 麻子

日立製作所中央研究所

データ統合化推進プログラムにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース

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千田 哲子

バイオテクノロジー開発技術研究組合

J-ADNI 統合DBの構築

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20

八幡 憲明

東京大学大学院医学系研究科精神医学分野

精神疾患の病態解明に向けたMRI脳画像データベースの構築と研究支援

21

坂手 龍一

医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 難病資源研究室

医薬基盤研究所のデータベース横断検索システム

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22

山田 弘

医薬基盤研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト

大規模トキシコゲノミクスデータベースの構築と公開

23

陳 怡安

医薬基盤研究所

Exploring biomedical and chemical data sources with TargetMine, a data warehouse system for target discovery

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24

山崎 千里

産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター

ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群

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25

幡野 晶子

産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター

細胞分化解析を目指した網羅的ヒト細胞データベース「CELLPEDIA」

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26

宮尾 安藝雄

農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター

画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備

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27

土井 考爾

理研BASE

動物・植物の枠組みを超えた新たなフェノーム統合データベースの開発

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28

中谷 明弘

新潟大学 研究推進機構 超域学術院

ゲノム情報に基づく植物データベースの統合

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29

井澤 毅

農業生物資源研究所

進化するSALAD database ―進化上の保存アミノ酸モチーフ情報を統合して、改めて、ゲノムを見てみると―

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30

黒川 顕

東京工業大学大学院生命理工学研究科

ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合

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31

内山 郁夫

基礎生物学研究所

微生物比較ゲノムデータベースMBGD

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32

藤澤 貴智

国立遺伝学研究所

微生物ゲノムアノテーションリファレンスの整備と共用化

33

市川 夏子

NITEバイオテクノロジーセンター

微生物ゲノムデータベースDOGANとNITEの継続的情報提供への取り組み

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34

金谷 重彦

奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システム生物学研究室

KNApSAcK ファミリー:生物種-代謝物データベース(KNApSAcK Family)

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35

櫻井 望

かずさDNA研究所

オミクスデータ統合解析のための代謝経路地図ツール KaPPA-View4

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36

鹿内 俊秀

産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター

Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology DataBase (JCGGDB)

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山田 一作

野口研究所 糖鎖有機化学研究室

グライコナビの開発

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38

加藤 雅樹

理化学研究所 基幹研究所 ケミカルバイオロジー研究領域 システム糖鎖生物学グループ 糖鎖構造生物学研究チーム

糖鎖の立体構造データベース:RIKEN GLYCAN CONFORMATION DATABASE

39

菅 秋次

理化学研究所 基幹研究所 ケミカルバイオロジー研究領域 システム糖鎖生物学グループ 糖鎖構造生物学研究チーム

糖鎖の部位特異的修飾に関するデータベース:RIKEN Site-specific Glycosylation Database

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40

中村 春木

大阪大学蛋白質研究所

日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動とセマンティック・ウェブ化によるデータ統合

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小林 直宏

大阪大学蛋白質研究所

クラウドコンピューティング、仮想化技術による生体高分子NMRデータベース(BMRB)統合化への取り組み

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42

中村 保一

国立遺伝学研究所

日本DNAデータバンク (DDBJ)

43

福井 一彦

産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター

ワークフロー解析基盤技術の構築

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発表者のみなさまへ(ポスター情報)


1.タイムスケジュール

  貼 付 : 9:30 ~ 10:30

  掲 示 : 10:30 ~ 15:50

  説 明 : 14:15 ~ 15:45 (ポスター番号奇数 14:15~15:00、ポスター番号偶数15:00~15:45)

  撤 去 : 15:45 ~ 15:50

2.掲示場所

  会議室3(シンポジウム会場のみらいCANホールと同じ7F)のポスターパネルです。

  パネル左上隅にポスター番号が貼ってありますので、所定のパネルに貼付ください。

3.掲示スペース

  パネルサイズはW915mm×H2,000mmです。A0サイズのポスターが丁度よいサイズです。

4.説明時間

  ポスター番号奇数の方は14:15~15:00、ポスター番号偶数の方は15:00~15:45、ポスター説明要員を配置してください。

5.ポスター撤去

  ポスターはポスター発表終了後15:45~15:50の間に撤去してください。

  15:50以降に掲示されているポスターについては事務局で撤去いたしますので、あらかじめご了承ください。

6.デモ(ネットワーク・電源の使用)について

  ポスター発表の会場には電源のご用意がありませんのでご注意ください。

  デモ用にネットワーク使用をお申し出いただいた発表者には、事前に事務局より詳細をご連絡いたします。

7.その他

  ポスター上部には、タイトル・発表者及び所属を記してください。

  代表発表者の氏名の前に○印を付けてください。

  ポスター掲示に必要な押しピンは事務局で用意いたします。

  ご不明点やご質問等ありましたら、事務局までお問い合わせください。

 

 

ポスター発表詳細


番 号:1

タイトル:生命科学分野のデータベースに関する情報集約に向けて 〜カタログ構築の現状

発表者 :坂東明日佳1),河村明子1),大久保克彦2),熊谷禎洋2),川本祥子3)

属:1科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター,2)株式会社日立ソリューションズ,3情報システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:バイオサイエンスデータベースセンターでは国内外の生命科学分野のデータベースを網羅したカタログサービスの発信を大きな柱の1つとしている。生命科学分野 には国内のみでも400以上のデータベースが散在していることからも本サービスの果たす役割は大きいと言える。今年度は既存のカタログ「生命科学系データ ベースカタログ」及び「WINGpro」に収録されている約1,000件のデータベースのレコードに対して統一的なデータベースIDの整備、項目立て及び 各項目の記載内容の調整を行うことによりサービスの一体化を進めている。さらに各省のデータベース統合の動きと組織的に連携し、省を超えたデータベース情 報の集約を目指している。国内で生産されたデータの利用や研究促進のためのインフラ整備を念頭に「生命科学系データベースアーカイブ」や「生命科学データ ベース横断検索」との連携を意識して今後発展させていきたいサービスである。

 

番 号:2

タイトル:生命科学系データベースアーカイブと省間連携

発表者 :坂東明日佳1),熊谷禎洋2),大久保克彦2),八塚茂2)畠中秀樹1)

属:1科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター,2)株式会社日立ソリューションズ

旨:生命科学系データベースアーカイブ(http://dbarchive.biosciencedbc.jp/ )は、国内で産生された生命科学系データベースを、ダウンロード可能な形で長期にわたり維持するサービスである。
このサービスをライフサイエンス統合データベースセンターから引き継いだバイオサイエンスデータベースセンターでは、内閣府の主導に基づき、文部科学省・ 経済産業省・農林水産省・厚生労働省の生命科学系データベースの統合を推進している。データ統合の4つのステップ(データベースカタログ、横断検索、アー カイブ、統合検索)の中で、アーカイブは、セマンティックウェブ技術の適用を促し次のステップである統合検索を実現するためにも重要なステップであり、四 省の間で分担して進めることで合意が得られている。
我々はこの省間連携のために、4月より「アーカイブ作成ガイドライン」を提供してデータ加工や利用許諾設定を支援するとともに、データベース寄託者や各省 とりまとめ機関がアーカイブサイトに直接ログインしてアーカイブ作成を行えるしくみを用意するなど、連携方法の改善に取り組み続けている。

 

番 号:3

タイトル:生命科学データベース横断検索の現状

発表者 :三橋信孝1),杉崎太一朗2),牧口大旭2),今西麗子2),奥村利幸2),川本祥子3)

属:1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター,2)三井情報株式会社,3)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨: 生命科学データベース横断検索は、インターネット上に散在する生命科学系データベースをキーワードで一括検索できるシステムである。20118月時点で、日本語の総説(蛋白質核酸酵素:共立出版)や研究報告書、特許公報、学会要旨等、国内を中心とする270件の専門性の高いデータベースを検索対象にしている。このような検索対象データベースの絞り込みに加え、利用者が検索結果を文献、用語解説、遺伝子、蛋白質、医薬、農学などのカテゴリーで絞り込めるため、検索結果に含まれるノイズを低減でき、知りたい情報を迅速に取得できる。また、バイオサイエンスデータベースセンターが実施している基盤技術開発プログラムならびに統合化推進プログラムに加え、文科省以外の省庁が実施している統合データベースプロジェクトで開発されているデータベースの相互利用を進めている。将来的には、日本の生命科学データベースを一括検索できるシステムを目指している。

 

番 号:4

タイトル:統合検索プロトタイプの開発

発表者 :河野信,岡本忍,川本祥子

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨: 近年のライフサイエンス研究は、個別の遺伝子やタンパク質の解析から生命システムの包括的な理解へとシフトしてきた。その結果、生物学は、膨大な量のデータを取り扱う科学分野になり、個々の研究者は、必ずしも自分の専門ではない分野の情報やデータを、散逸した情報源から効率よく取捨選択し、利用しなければ ならない状況になっている。
そのような背景から、利用者が必要とする情報やデータを多様な情報源から効率よく探しだし、統合的に参照することを可能にするシステム「統合検索」の開発を試みている。
今回は、おもにプロテオーム分野の質量分析データをモデルケースとして、ライフサイエンス統合データベースセンターで進めている「データベース統合に関わる基盤技術」と連携しながら、システム開発のために必要となる、要素技術の調査、データの収集と整備をおこない、プロトタイピングを進めた。

 

番 号:5

タイトル:経済産業省ライフサイエンス統合データベースプロジェクト:ポータルサイトMEDALS

発表者 :村上勝彦,松矢明宏,間宮健太郎,山崎千里,原雄一郎,今西規

属:産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター

旨: 経済産業省統合データベースプロジェクトは、経済産業省関連の研究成果物等の整備・統合をすすめるプロジェクトである。経済産業省関係で開発されたバイオ・データベース(DB)の情報を収集し、ポータルサイトMEDALS[メダルズ](METI Database portal for Life Science)を公開し、その後も便覧の追加・更新を続けてDB・解析ソフトの数は130個になった。NEDOプロジェクトなどを含めて経産省関連の成果物で、最新情報が網羅できているのはMEDALSだけである。
MEDALS の主な内容は、DBと解析ソフトなどの便覧、プロジェクト情報、アーカイブ、「MEDALS横断検索」、および「MEDALS ツール」である。「MEDALS横断検索」では、国内外250個に対して日本後・英語どちらでも検索できるばかりでなく、「追加キーワードの提案機能」と「同義語検索」ができる。MEDALSツールには、目的分野の論文を文献リストから定期収集する「文献収集システムPubMedScan」等があり、ユーザの便宜を図っている。

 

番 号:6

タイトル:リンク自動管理システムとID一括変換システム

発表者 :今西規

属:産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター 分子システム情報統合チーム

旨: 生命科学分野の公開データベースの間のリンクを自動で維持・更新するしくみを開発し、「リンク自動管理システム Hyperlink Management System」として公開している(http://biodb.jp/)。ここでは、指定されたIDに対応するさまざまなIDを一度に表示する「All Database Search」の機能をはじめ、「ID一括変換システム」「ID対応表のダウンロード」「ID識別システム」のサービスを提供している。現在取り扱うデータベースは、ヒトの分子情報が36種類、マウスの分子情報が14種類、化合物情報が14種類である。本システムはデータベース構築に携わる開発者の負担を軽減するだけでなく、常に最新のデータへのリンクが保証されるため利用者にも大きなメリットがある。また、一般の研究者がデータベースやホームページを作成する際にも、本サイトが提供するCGIを呼び出すことによって「切れないリンク」を簡単に設定することができ、利用価値が高い。われわれは本システムを発展させ、世界中に散在する生命情報関係の主要なデータベースをバーチャルに統合化してゆくことをめざしている。

 

番 号:7

タイトル:情報統合化・知識発見のためのキュレーション支援

発表者 :岡本忍,山本泰智

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:情報資源のデータベースへの整理格納と維持更新には、情報の内容を特徴づける最適な視座の提供や、さまざまな粒度での人手による永続的な協働作業が必要である。このような作業はキュレーションと呼ばれる。この作業は、高コストで困難な割に、学術的な評価体系が成立しておらず、これまで研究分野として認識されていなかった。そのため、キュレーションの方法論や作業支援のためのツールの整備が不十分な背景がある。
これまで統合DBプロジェクトでは、詳細なオントロジー・辞書・コーパスの整備、自然言語処理・テキストマイニングツールの開発、人材教育や研究コミュニティーによる協働キュレーション作業など、この分野でのさまざまな取り組みを行なってきた。その経験とノウハウを踏まえ、本プロジェクトでは、ユニークな情報資源の生産を促進する目的として、人手による協働キュレーション作業を技術的、管理運用の面から支援する基盤を整備することを目指す。具体的には、コンピュータ支援による協働作業手法(CSCW computer-supported cooperative work)研究分野で開発されている手法やツールの生物学分野における協働キュレーション作業への適用を試みる。

 

番 号:8

タイトル:キュレーションを支援する環境の構築に向けて

発表者 :山本泰智1),岡本忍1),藤澤貴智2)

属:1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)国立遺伝学研究所

旨:一般的に、生命科学分野においてキュレーション作業を行うにあたり必要な作業は様々であるが、必要な文献を取得して内容を把握する、自然言語でコンテンツのメタデータを記述する、機能未知塩基配列になるべく適切な名称を与える、という作業は比較的広く行われているものと想定される。現在、これら作業の効率化に貢献するためライフサイエンス統合データベースセンターで進めている研究開発内容を紹介する。

 

番 号:9

タイトル:テキストマイニングのための相互運用性と統合環境

発表者 :狩野芳伸

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:生医学文献のテキストマイニングに利用可能な言語資源(コーパスやツール)は日々増加しているが、複雑なデータ構造の取り扱いが必要であり、その利用は必ずしも容易ではない。また、ユーザがシステムを構築するために必要な処理は多岐にわたり、すべてを自前で実装するのはまず不可能である。本発表では国際標準UIMA準拠の統合テキストマイニング環境であるU-Compareを紹介する。U-Compareでは、相互運用性・互換性・ポータビリティを考慮した即座に実行可能な言語資源群と、それらの比較・評価・視覚化などの基盤機能を提供している。

 

番 号:10

タイトル:NBDC/DBCLS BioHackathon 2011 開催報告

発表者 :NBDC/DBCLS BioHackathon 2011 オーガナイザ(岡本忍,片山俊明,狩野芳伸,川島秀一,河野信,金進東,呉紅艶,山口敦子,山本泰智,王悦)

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:国際会議 BioHackathon は先端技術を用いてシステムやプログラム開発を行なっている現場の研究開発者が参集し、合宿形式で分野横断的に問題解決にあたる,ユニークな形式の国際会議である。ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS )では、統合データベース構築のための技術基盤を確立するため、最先端の研究開発者を海外国内からそれぞれ30名程度招聘し、これまで2008、2009、 2010の3回にわたって BioHackathonを開催してきた。その成果はDBCLSのサービスの基盤技術として活用されているほか、研究者コミュニティの共有資産ともなっている。今年度は、2011年8月21日~26日、キャンパスプラザ京都および京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターにて、バイオサイエンスデータベースセンター、DBCLS主催、京都大学化学研究所共催で開催され、「LinkedData に対する技術開発」をテーマとして、活発な議論と開発が行われた。本発表では、会議内容およびその成果について報告する。

 

番 号:11

タイトル:遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』

発表者 :小野浩雅,坊農秀雅

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:RefEx (Reference Expression dataset; http://refex.dbcls.jp/ )は、DBCLSが提供する4種類の異なる手法 (EST, GeneChip, CAGE,NGS)によるヒトおよびマウス、ラットの遺伝子発現データのリファレンスデータセットである。検索インターフェースおよび検索結果の表示方法について改良を行い、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較がより視覚的、直感的に行えるようになった。また個々の遺伝子については種々の検索キーワード(遺伝子名、遺伝子シンボル、各種IDなど)から検索可能になったことに加え、染色体領域や遺伝子ファミリー(InterPro)、GeneOntologyに基づく生物学的機能別検索がより高速化された他、発現パターンから組織特異的遺伝子を検索することが可能になっている。
今回の発表では、RefExの開発状況や今後の展望について紹介し、実験生物学者が真に必要とする遺伝子発現リファレンスDBを開発するために多くの意見や要望を得る機会としたい。

 

番 号:12

タイトル:メタ情報による大規模シーケンスデータの整理・再利用の促進技術開発

発表者 :大田達郎,仲里猛留,坊農秀雅

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:近年急速に普及し利用されている次世代シーケンサー(NGS)は、大量の塩基配列データを高速に得ることを可能にした。Sequence Read Archive(SRA)は米国NCBI、欧州EBI、日本NIGによって運用されている公共NGSデータのアーカイブであるが、世界各国から登録される配列データと、データのバックグラウンドが記述されたメタデータは非常に量が多く、一般の研究者の利用が困難となっている。そこで我々はそれらのデータの利用を促進するため、メタデータを解析し統計情報からデータを検索するSurvey of Read Archives(SRAs: http://sra.dbcls.jp/)を開発した。また個別のデータの解析の結果、論文で利用されたデータはより信頼性が高いと考え、それらのデータの検索を可能にした。さらに、得られたデータを解析する際に必要な情報を全て統合し表示するシステムとして鎖鋸(http://g86.dbcls.jp/kusarinoko)を開発した。SRAは今後さらにデータが増えていくと予想されるため、これらのサービスをさらに改良・普及し公共NGSデータの利用を促進する。

 

番 号:13

タイトル:統合遺伝子検索GGRNA

発表者 :内藤雄樹,坊農秀雅

属:情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:さまざまな切り口で遺伝子を「さがす」または「ながめる」ことができるように、塩基配列、発現情報、立体構造、文献等さまざまな知識をRNA配列(転写産物)をベースに整理した「RNA統合データベース」を構築している。その一環として、RefSeqに収録された遺伝子を簡便かつ高速に検索できるウェブサービスGGRNA(http://ggrna.dbcls.jp/)を構築したので紹介する。GGRNAは、単一の検索窓しかないシンプルなインターフェースから、RefSeqに収録された転写産物の各種ID、遺伝子名、アノテーション情報、塩基配列およびアミノ酸配列を含む全フィールドを対象に全文検索をおこなうシステムである。とくに塩基配列の検索では、Nなどの曖昧な塩基を含むパターンや、クエリに対して2塩基までのミスマッチを含む配列を高速に検索する。またマイクロアレイのプローブIDを入力すると、そのプローブの塩基配列をもとに遺伝子を検索することもできる。現在、ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、ツメガエル、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、イネ、シロイヌナズナ、出芽酵母、分裂酵母に対応している。

 

番 号:14

タイトル:BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス

発表者 :藤枝香1),大久保公策1),2)

属:1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,
2)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター

旨:BodyParts3Dは、解剖学用語に対応する成人男性の全身モデルを3次元領域で表現したデータベースで、オントロジー等のシンボリック表現と相補的な関係にある。2011年6月現在1,520の解剖概念ID(The Foundational Model of Anatomy)に対応するパーツが登録済である。モデルは教科書的典型モデルを目指し、CT、MRI画像などの粗データや図譜などを参考に3次元CADで構築した。BodyParts3Dは、Anatomographyサーバを経由し自由な描画素材としても利用可能である。パーツモデルを組み合わせて行う描画のイメージはAPI による自動描画や描画状態を表現したパーマリンクとして保存配布が可能である。今回公開された新ユーザインタフェースでは主に脳部に改良を加え、脳データとその表示方法の追加を行った。脳データではTalairach Brain Atlas、Atlas of Human Brain,、SPL-PNL Brain Atlasデータが選択表示できるようになり、他のモデルと互換性のある脳座標系も選択可能になったため脳モデル同士を容易に比較できるようになった。

 

番 号:15

タイトル:ゲノムネットにおける化合物・反応データの整備と応用ツールの開発

発表者 :五斗進,小寺正明,時松敏明,守屋勇樹,中川善一

属:京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

旨:メタボロミクス技術の進展により、化合物のリファレンスデータ提供が重要になるとともに、トランスクリプトームやプロテオームとの統合やリファレンスに登録されいていない化合物の考慮が必要になっている。また、代謝産物として測定された化合物がどのように合成・分解されているかを調べるために、反応データ整備の重要性も大きくなっている。特に反応データに関してはゲノムと関連付けて整備されたものは世界的に見てもほとんどなく、データの整備とその応用ツールの開発はケモバイオインフォマティクスでも重要な課題の一つである。我々は、KEGG COMPOUND や KNApSAcK などの化合物データベースの統合化を図るとともに、構造比較のためのツールを開発してきた。さらに、反応についても既知の代謝反応から反応パターンを抽出する方法を開発し、それを新規反応経路や類似反応経路の検索に応用してきた。本ポスター発表では、これらのツールとその応用例を紹介する。また、化学構造を比較するための原子タイプの定義や、それに基づく反応パターンの改良と反応オントロジー構築も始めたので、その現状についても紹介する予定である。

 

番 号:16

タイトル:ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・環境物質データの統合

発表者 :木下広美,米納朋子,金久實

属:京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

旨:ヒトゲノム計画を契機としたハイスループット実験技術の進歩と大量データの生産、それに伴う様々なデータベースの整備により、ライフサイエンスの広範な分野で研究の新展開が生まれている。しかしながらこれらの恩恵は国際的に見ても未だ研究者コミュニティに限られており、一般社会にまでは到達していないのが現状である。それは社会的ニーズの高いデータとの統合が十分になされていないことが1つの大きな要因であると考えられる。我々は疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合し、研究者コミュニティには研究成果を創薬・医療等の応用分野で活用するためのリソースを、一般社会には病気や薬に対する科学的理解を深めるためのリソースを提供することを目指している。本発表ではとくに「がん」に焦点をあて、KEGG DRUGおよびKEGG DISEASEとがんゲノム変異情報、パスウェイ情報、医薬品添付文書情報、副作用情報などを統合化したリソースの紹介をする。

 

番 号:17

タイトル:大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築

発表者 :川口喬久1),采女寛行1),佐藤孝明2),山田亮3),松田文彦1)

属:1)京都大学医学研究科 附属ゲノム医学センター 疾患ゲノム疫学解析分野,
2)株式会社島津製作所 基盤技術研究所 ライフサイエンス研究所,
3)京都大学医学研究科 附属ゲノム医学センター 統計遺伝学分野

旨:ゲノム疫学研究は、疾患を含む種々の形質と、遺伝因子や環境因子などの多様な因子との関連や因果関係、さらに、それらの相互作用を明らかにすることが目的である。そのためには、被験者から長期にわたって遺伝型や表現型およびその中間形質や環境曝露情報を、解析に適した形で正確に収集し、適正な方法で迅速に解析しなければならない。本研究では、まずはその基盤として、「ながはま0次コホート事業」のベースライン調査の情報をデータモデルとして、SNPアレイやシークエンサーから遺伝子多型を定義し格納するデータベース、臨床情報を統計解析に適した形式で格納するデータベース、それらを基にした大規模関連解析を実施するシステムを構築した。そして「ながはま0次コホート事業」で得られた環境・生活習慣情報やバイオマーカー測定値、生理学検査値に加え、ゲノム多型情報を収納した。構築したシステムは今後、1)新たな解析法の導入、2)メタボローム等の中間形質への適用範囲の拡大、3)データ公開に向けたアクセスコントロールの制度設計、4)NBDCの横断検索への組み込み、等を実装し、発展させる。

 

番 号:18

タイトル:データ統合化推進プログラムにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース

発表者 :小池麻子1),西田奈央2),吉田真希子1),川嶋実苗2),井ノ上逸朗3),辻省次4),徳永勝士2)

属:1)日立製作所中央研究所,2)東京大学大学院医学系研究科,3)国立遺伝学研究所,
4)東京大学医学部附属病院

旨:近年の超並列シークエンサーの著しい技術成長により、全ゲノム/全エクソーム配列を対象とした疾患関連変異探索が可能となり、大量に新規SNV/SNPが発見されつつある。これらのデータの散逸を防ぎ、日本人、及びアジア人のSNV/SNPと表現型との関連性を体系化することが焦眉の課題である。我々のグループにおいては、今まで、SNPアレイのゲノムワイド関連解析のデータについて、研究者間でのデータ共有化と半永続的な管理の仕組みを目指し、GWAS DB (https://gwas.lifesciencedb.jp/)を構築し、データのサブミッションを広く呼び掛けてきた。今回、上記課題を鑑み、多様な変異と表現型との関係を蓄積するため、本DBを拡張しヒトゲノムバリエーションDBを構築した。本DBでは、長配列の挿入/欠失、構造多型も収集対象とし、また、表現型としては、疾患、薬剤応答、ウィルス耐性を対象とし、表現型と変異の関係、及び、表現型間の関係を俯瞰可能としている。更に、疾患関連解析に資するために、これらのデータ及び、1000人ゲノム等の公開データから日本人のコンセンサス配列を構築し、提供していく所存である。

 

番 号:19

タイトル:J-ADNI 統合DBの構築

発表者 :岩坪威1),槇野正2),上野正孝2)千田哲子2)

属:1)東京大学医学部,2)バイオテクノロジー開発技術研究組合

旨:J-ADNI (Japanese AD Neuroimaging Initiative)研究において国立精神・神経医療研究センター内に設置したデータセンターに全国参加施設から画像・臨床・生化学情報を収集、データベースの構築を進め、データのバリデーションを行う。統合化・公開に向けてのデータベース改良を、岩坪PIのもとに東大J-ADNI拠点とバイオ組合がDBCLS と連携して一体的に進める。
そこでは、脳画像(MRI、PET)、臨床情報、遺伝情報、体液生化学データなどmultimodal かつ多施設に由来するデータの、統合データベースへの収納に向けた品質管理・集積技術の開発に加え、データの抽出、表示など、データ解析利用のための技術を開発する。
最終的には、「精神疾患の病態解明に向けたMRI脳画像データベース(包括型脳科学研究推進支援ネットワークDB)」と併せてヒト脳疾患画像統合データベースとして公開に繋げる。

 

番 号:20

タイトル:精神疾患の病態解明に向けたMRI脳画像データベースの構築と研究支援

発表者 :笠井清登,八幡憲明,西村幸香

属:東京大学大学院医学系研究科精神医学分野

旨:精神疾患の病態研究では、分子・細胞・動物モデル・神経画像などのモダリティで様々な知見が蓄積されてきた。今後、その病因・病態に関わる要因の同定や、仮説検証の試みを一層加速させるためには、MRI脳画像のような研究リソースを従来以上に充実させ、これを包括的に利用しながら研究を進めることが重要と思われる。ただし、個別のグループが一定の研究目的に従い、短期間でリソースを多数取得することは容易でない。また、病態解明に真のブレークスルーをもたらすためには、データ解析や統計理論に熟知した専門家、最新の分子生物学的解析法に精通する基礎神経科学者との連携も不可欠である。
我々は、包括型脳科学研究推進支援ネットワークの疾患拠点として、精神疾患のMRI脳画像と付随する臨床情報を多数例収載したデータベースの構築を進めている。また、MRI画像の収集・管理・解析についてもプロトコルの標準化を図り、研究者コミュニティに対して普及活動と運用支援を行っている。このような活動を契機に、精神疾患に関連する新規バイオマーカーの発見や新規治療法の開発が促進されるよう、長期的な視点に立って研究基盤の整備に取り組んでいる。

 

番 号:21

タイトル:医薬基盤研究所のデータベース横断検索システム

発表者 :坂手龍一1),坂口由希2),竹村清2),松下京子2),玉田一生3),山田弘4),古江-楠田美保5)
高橋一朗1),亀岡洋祐1),松田潤一郎6),鈴木治6),川原信夫7),水口賢司8),増井徹2)

属:1)医薬基盤研究所,難病・疾患資源研究部,難病資源研究室,
2)同研究所,難病・疾患資源研究部,政策・倫理研究室,3)株式会社ダイナコム,
4)同研究所,創薬基盤研究部,トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクトト,
5)同研究所,難病・疾患資源研究部,培養資源研究室,
6)同研究所,難病・疾患資源研究部,疾患モデル小動物研究室,
7)同研究所,薬用植物資源研究センター,
8)同研究所,創薬基盤研究部,バイオインフォマティクスプロジェクト

旨:厚生労働省の研究機関である医薬基盤研究所は、創薬基盤技術の研究および難病バンクなどの生物資源バンクの運営を行っている。ここでは、医薬基盤研究所が保有するデータベースと、これらの統合化の試みとして開発した横断検索システムを紹介する。横断検索システム (http://alldbs.nibio.go.jp/) は、現在8つのデータベース(下記リストの*印)の合計20万件を越えるデータ項目を検索対象としており、日本語・英語変換および同義語の入力支援機能を備えている。例えば「胃ガン」などのキーワードで、医薬基盤研究所が所有する疾患情報や生物資源などの関連データを一度に探し出すことができる。今後、新規公開の難病バンクの試料データを加えるなど、さらなる拡張を計画している。
・トキシコゲノミクスデータベース (Open TG-GATEs)*
・疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ)*
・難病バンク
・生物資源バンク[細胞バンク*、遺伝子バンク*、実験動物バンク*]
・薬用植物データベース*
・メディカル・バイオリソース・データベース*
・新規創薬ターゲット同定支援データウェアハウス (TargetMine)*

 

番 号:22

タイトル:大規模トキシコゲノミクスデータベースの構築と公開

発表者 :山田弘1),漆谷徹郎1),2),大野泰雄3)

属:1)医薬基盤研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト,
2)同志社女子大学薬学部病態生理学教室,3)国立医薬品食品衛生研究所

旨:トキシコゲノミクスプロジェクト(第1期:平成14~18年度、第2期:平成19~23年度 厚生労働科学研究)では、医薬基盤研究所と国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業との官民連携により医薬品開発へのトキシコゲノミクス技術の応用研究を推進している。第1期では5ヵ年をかけて種々の化合物(医薬品等)をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を取得し、大規模かつ良質なトキシコゲノミクスデータベースを構築した。本データベースについては、平成23年2月から医薬基盤研究所、同年3月からバイオサイエンスデータベースセンターより公開を開始している。医薬基盤研究所から公開したデータベース(名称:OpenTG-GATEs)の特徴は、遺伝子発現データと病理所見等のフェノタイプのデータを相互に関連づけて閲覧できること、化合物名あるいは臓器別病理所見を起点とした検索を行うことができ、且つ絞り込んだ遺伝子発現データをファイルとしてダウンロードできることにある。
本発表では、プロジェクトで構築したトキシコゲノミクスデータベースの内容および公開したデータベースの活用法について紹介する。

 

番 号:23

タイトル:Exploring biomedical and chemical data sources with TargetMine,a data warehouse system for target discovery

発表者 :陳怡安1),2),ロケシュ テリパチ1),水口賢司1),2)

属:1)医薬基盤研究所,2)大阪大学大学院生命機能研究科

旨:We have recently developed TargetMine, an integrated data warehouse for target discovery, which is based on the flexible InterMine framework and effectively combines biological data from several public resources[1]. It enables biological data gathering and data analysis in a single user-friendly interface and it is, thus, a useful tool to assist in candidate gene selection. TargetMine has been effectively employed for target selection in a protein interaction network-based investigation of Hepatitis C virus (HCV) pathogenesis[2]. For the purpose of drug discovery, we have now included in TargetMine some more data about chemical compounds and their associations with proteins. We have also incorporated new data sources for biological pathways and interactions. The enhanced data warehouse facilitates more complicated queries and new ideas for prioritizing targets. The academic version of TargetMine is available at http://targetmine.nibio.go.jp .

Reference
1. Chen YA, Tripathi LP, Mizuguchi K (2011) TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery. PLoS ONE 6(3): e17844.
2. Tripathi LP, Kataoka C, Taguwa S, Moriishi K, Mori Y, et al. (2010) Network based analysis of hepatitis C virus Core and NS4B protein interactions. Mol Biosyst 6: 2539-2553.

 

番 号:24

タイトル:ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群

発表者 :山崎千里1),武田淳一1),羽原拓哉1),世良実穂1),原雄一郎1),野田彰子1),村上勝彦1),今西規1),五條堀孝1),2)

属:1)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター,2)国立遺伝学研究所

旨:H-Invitational Database (H-InvDB)はヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースである。遺伝子の構造、選択的スプライシング、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、疾病との関連、遺伝子多型、遺伝子発現、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用、などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供している。最新のH-InvDB release 7.5では、予測遺伝子の選定条件の改良によるヒト遺伝子の再定義を行い、44,886のヒト遺伝子クラスター(遺伝子座)を定義した。また、スプライシング判定条件の改良、タンパク質間相互作用(PPI)の更新をはじめ各種アノテーション情報を付与してhttp://www.hinv.jp/より公開している。
H-InvDBではデータをプログラムから利用することができるwebサービスを公開し、糖鎖遺伝子、糖タンパク質、機能性RNAや多型など有用なヒト分子情報の統合化を行っている。更に、遺伝子構造・機能・発現・進化など16のコンテンツの任意の組み合わせで複合検索ができる検索ナビゲーションシステムや、遺伝子リスト特徴抽出ツール(HEAT)等の関連データベース・ツール群も提供しており、様々な研究ニーズに応えることができる。

 

番 号:25

タイトル:細胞分化解析を目指した網羅的ヒト細胞データベース「CELLPEDIA」

発表者 :幡野晶子1),千葉啓和1),谷口丈晃 2),山根木康嗣3),高井貴子4),田中博4),藤渕航1)

属:1)産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター,2)株式会社 三菱総合研究所,
3)兵庫医科大学 病理学講座 機能病理部門,4)東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科

旨:CELLPEDIAは、細胞画像、細胞の形態値、遺伝子発現データ等、ヒト細胞に関する様々な情報を網羅的に収集・蓄積したデータベースである。本データベースでは従来の細胞分類に加え、細胞の物理的位置を考慮した独自の細胞分類を構築し、分化した細胞を2260種類、未分化な細胞を66種類に分類している。さらに細胞分化、分化転換の情報を収集し、分類した細胞同士の親子関係を “cell neighborhood”として 934登録している。これを用いることにより、細胞分化の経路を演繹的に検索することができる。例として、膵臓のβ細胞は肝前駆細胞から分化転換するという報告があるが “cell neighborhood” を辿ることにより、肝前駆細胞から肝細胞を経由し膵臓のβ細胞に分化する経路を探索することができる。本研究の主な目的は、再生医療分野において人工的に作成した細胞を評価するための、リファレンス細胞の提供等、生物・医学分野の研究に役立つような、ヒト細胞の電子辞書的役割を持つデータベースを提供することである。

 

番 号:26

タイトル:画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備

発表者 :ソロビヨワ イェレナ1),常松浩史2),伊藤剛1)宮尾安藝雄1)

属:1)農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター,
2)農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究所 稲研究領域

旨:これまで農畜産物ゲノム研究において、ゲノム塩基配列の解読とともに、農業上重要な形質を担う遺伝子の単離や育種の効率化を図るためのDNAマーカーの開発等を進めてきた。これらの情報は、新たな作物や家畜の作出を効率的に進める上で、非常に有用な資産となっている。さらに、ゲノム解析機器の技術革新により迅速かつ安価なゲノム解析が可能となっていることから、これを用いて多種多様な遺伝資源のゲノム情報を解読し、塩基配列の相同性や差異、形質情報等との関連を解析することで、新規遺伝子の単離やDNAマーカーの開発の加速化、鍵となる遺伝子にターゲットを絞った品種開発など一層の育種効率向上が期待されている。本プロジェクトは、本年度より開始された農林水産省農林水産技術会議事務局の委託プロジェクト研究である。これまでに生み出されたゲノム情報等を利用しやすい形で研究者に提供するデータベースを構築、運営するとともに、超高速シーケンサー等から得られたデータを効果的に活用し、ゲノム情報を形質情報と関連づけ農業上重要な形質を担う新規遺伝子の単離やDNAマーカーの開発を支援するシステムを構築する。

 

番 号:27

タイトル:動物・植物の枠組みを超えた新たなフェノーム統合データベースの開発

発表者 :土井考爾1),桝屋啓志2),豊田哲郎1)

属:1)理化学研究所BASE2)理化学研究所BRC

旨:表現型(フェノタイプ)は、生物が環境の中におかれた際に観測される特性であり、現在の生物科学コミュニティが最も興味を持っている研究対象の一つである。フェノームとはフェノタイプの集合であり、フェノームを正しく評価するためには、表現型の体系的かつ種横断的な分類が必要である。しかし、従来の手法では情報の標準化が困難であり、データベース化が充分に進んでいなかった。我々は理研サイネスの構築によって、多様かつ大量のデータを単一のプラットフォームのもとに効率よく集積・公開する方法を見出した。この知見を生かし、我々は新たなフェノーム統合データベースを構築しつつある。マウス・シロイヌナズナなどのフェノーム情報を種の壁を越えて収集し、個々の表現型を、観測結果と関連しうる複数の要因に分割し、オントロジーを用いて体系的に整理して標準化しようとしている。本データベースは、これまでばらばらに蓄積されてきた表現型情報を一元化して提供し、生命科学研究に大きく貢献すると期待される。

 

番 号:28

タイトル:ゲノム情報に基づく植物データベースの統合

発表者 :中谷明弘1),平川英樹2),中村保一2),田畑哲之2)

属:1)新潟大学 研究推進機構 超域学術院,2)かずさDNA研究所

旨:わが国の植物分子遺伝学研究は国際的に高く評価される優れた成果を挙げており、そこに含まれるゲノム解析関連データやリソース情報はデータベース(以下DB)を通して公開されている。しかし、モデル材料から農作物まで多種多様な植物を対象とする多くのDBが散在するため、全体として統一感が無く国際的なプレゼンスも十分に示されない状態となっている。また、DNAマーカーや連鎖地図など遺伝子同定や育種を行う上で重要な情報は文献上に留まっているものが多い。そこで、以下の4項目の研究開発を一体として進めることによって、国内に存在するゲノム情報および周辺情報を有機的に統合し、その結果わが国の植物ゲノム関連研究の成果を海外から「目に見える」形にするとともに、植物研究のより一層の進展に貢献することをめざしている。
(1)遺伝子オルソログDBの構築とそれに基づく植物ゲノムDBの統合
(2)DNAマーカーおよび連鎖地図情報に基づく植物ゲノムDBの統合
(3)植物リソース情報DBの統合
(4)植物研究に関連する情報基盤の構築

 

番 号:29

タイトル:進化するSALAD database―進化上の保存アミノ酸モチーフ情報を統合して、改めて、ゲノムを見てみると―

発表者 :三原基広,深田麻衣子,伊藤剛,井澤毅

属:農業生物資源研究所

旨:我々は、進化上保存されたアミノ酸モチーフを相同性をもつ蛋白質グループから抽出し、その有無や類似度情報を利用し、メンバー蛋白質間の類似性の距離スコアを求め、分類し、データーベース化し、植物の遺伝子機能解析の効率化を進めてきた。現在、10種の植物のゲノム情報から予測された約25万蛋白質配列から、各配列をクエリーにBlast解析を行い、作成した約21万個の蛋白質グループ(各グループは最大70配列)から抽出した約900万個のモチーフPSSMから、冗長性をできる限り取り除き、整理整頓し、各モチーフを示すPSSMに統一されたIDを振ることを考えている。これが実現すれば、各モチーフを存在をゲノムワイドに議論でき、Gブラウザーで表示することもできる。これにより、新奇遺伝子の発見や一次ゲノム情報のアノテーションの効率化、さらには、蛋白質配列の自動分類や自動アノテーションシステムの構築が可能になると期待している。本発表では、IDを付与する整理整頓の現状を紹介する。

 

番 号:30

タイトル:ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合

発表者 :黒川顕1),中村保一2),内山郁夫3),菅原秀明2)

属:1)東京工業大学大学院生命理工学研究科,2)国立遺伝学研究所,3)基礎生物学研究所

旨:数学的基盤が乏しいライフサイエンス研究において、知識の集積体であるデータベース(DB)は、知識の参照のみにとどまるものではなく、新たな研究分野を切り拓く上で欠く事のできない極めて重要な研究基盤である。ライフサイエンス研究の中でも、微生物研究は歴史も古く、これまで蓄積されたデータや知識は膨大かつ多岐にわたっている。さらに、ゲノム科学の発展に伴い、ゲノムやメタゲノムなど圧倒的な量のデータが産出されており、これらを横断的にかつ簡便に利用できれば、新たな仮説や研究分野の創出がより容易になると期待される。これを実現するため、本研究開発では、ゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできる「微生物エンサイクロペディア」の構築を目標とする。これらデータの統合化は、微生物の体系的な理解を促進し、これまでの仮説検証型の研究のみならず、膨大なデータの中から新たな仮説を導くデータ駆動型の研究を強力に推進する事を可能とする。

 

番 号:31

タイトル:微生物比較ゲノムデータベースMBGD

発表者 :内山郁夫,西出浩世

属:基礎生物学研究所

旨:MBGDは、オーソログ関係に基づいて微生物ゲノムの比較解析を行うためのデータベースである。現在のところ、真核生物を含めて1200余りの微生物ゲノムデータが格納されている。MBGDにおけるオーソログ解析は、階層的クラスタリングに基づくDomClustプログラムを用いており、あらかじめ計算されたオーソログ関係を提示するだけでなく、利用者が選択した生物種間の比較解析を動的に行えるほか、MyMBGD機能によ り、利用者の持つゲノム配列を登録して比較対象に加えることもできる。各オーソロググループには、個々の遺伝子に付加された遺伝子名、タイトル、 クロスリファレンスなどを統合した情報が付加されており、これらのアノテーションのほか、各オーソロググループの遺伝子を含む生物種集合(系統パターン)を対象とした検索も行える。オーソログ解析は、さまざま生物種において蓄積された遺伝子機能や表現型などの知見を統合していく上で重要な基盤を提供する。このため、今後各種の関連データベースとの連携を強化するとともに、オーソログ解析のさらなる精密化や、より効率的な更新方式の確立をすすめることにより、加速する データの蓄積にも耐えうるシステムにしていくことを目指している。

 

番 号:32

タイトル:微生物ゲノムアノテーションリファレンスの整備と共用化

発表者 :藤澤貴智1),岡本忍2),神沼英里1),菅原秀明1),中村保一1)

属:1)国立遺伝学研究所,2)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:新型シーケンサーの普及によって微生物の塩基配列がより高速に決定されるようになった現在、リファレンスとなるべきモデル微生物種群のゲノムアノテーションの信頼性および再利用性を増すことは急務である。我々は先のライフサイエンス分野の統合データベース整備事業において、ソーシャルブックマークシステムを利用したアノテーション支援システムKazusaAnnotation(http://a.kazusa.or.jp) を開発し、そのシステムを用いてゲノムデータベース上への、遺伝子に言及した論文情報の大量高精度な蓄積を実施し、コミュニティゲノムアノテーションにおける有用性を実証した。
本プロジェクトでは、公開された微生物ゲノム情報に対し網羅的かつ統一された高水準のアノテーションを付与したデータベースを情報資源とし、菌株情報を連携させつつ共用化を促進するとともに、リファレンスとして重要な大腸菌、枯草菌、シアノバクテリア、放線菌等を対象としたキュレーションによる情報高度化を実施しており、その進捗を報告する。また、微生物データベースの集約整備に向けた取り組みについても紹介する。

 

番 号:33

タイトル:微生物ゲノムデータベースDOGANとNITEの継続的情報提供への取り組み

発表者 :市川夏子,澤野寿彦,関川智洋,山崎秀司,藤田信之

属:製品評価技術基盤機構(NITE) バイオテクノロジーセンター

旨:NITEでは有用な生物遺伝資源を提供すると共に、ユーザーが微生物を利用しやすくするため、麹菌などの産業に有用な微生物や黄色ブドウ球菌など社会的ニーズの高い微生物を中心としてゲノム解析等を行いその情報を提供している。ゲノムデータベースDOGAN (Database of the Genomes Analyzed at NITE)では、ユーザーが容易に遺伝子情報にアクセスできるようにしている。
データベースでは新しいデータを継続的に提供できることが重要となる。DOGANでは、昨年度新たに5菌の微生物ゲノム情報と麹菌のプロテオーム解析結果を公開した。また、公開から10年が経過したSulfolobus tokodaiiについて全面的に見直しを行い、リアノテーション結果を公開した。これらは全てアノテーターによるマニュアルアノテーションにより行われており、リファレンスとして、高精度アノテーションの提供に貢献している。
また、次世代シーケンサによる環境浄化細菌のWGS解析にも着手しており、ハイスループットで質の高い情報の提供を検討している。本発表ではDOGANやNITEの情報提供への取り組みについて紹介する。

 

番 号:34

タイトル:KNApSAcK ファミリー:生物種-代謝物データベース(KNApSAcK Family)

発表者 :金谷重彦,森田(平井)晶

属:奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システム生物学研究室

旨:2010年11月において、50,054種の代謝物、約10,000種の生物種について、102,000対の生物種-代謝物の関係を整理しており、代謝物を整理したデータベースとしては世界最大規模のデータベースKNApSAcK Coreを公開した。本データベースは日本のみならず海外の機関からリンクづけされ、メタボロミクス研究の基盤データベースとして認知されるに至っている。また、社会のニーズにも応える目的で、漢方データベース(336処方名、278薬用植物)、Jamuデータベース(1133薬用種、5310処方)、世界の薬用植物データベース(217地域、48256組の地域と薬/食用植物の関係)、さらには、食履歴データベースを無償公開した(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/)。また、これらの情報を一括検索するためのシステム(Skewed KNApSAcK)を開発した。本ポスターではKNApSAcK familyの全体を紹介する。

 

番 号:35

タイトル:オミクスデータ統合解析のための代謝経路地図ツールKaPPA-View4

発表者 :櫻井望,荒武,鈴木秀幸,柴田大輔

属:かずさDNA研究所

旨:KaPPA-View4は、網羅的な遺伝子発現データおよび代謝産物解析データを代謝経路地図上に表示できるウェブツールである。また、遺伝子間や代謝物間の共発現性等も代謝経路地図上に表示でき、オミクスデータに内包される生物学的意義をより直感的にとらえることを可能にしている。これまで、主に以下の3種類を公開している。1)KaPPA-View4 Classicは、植物に特化して我々が独自に作成した代謝経路地図を提供している。2)KaPPA-View4 KEGGは、KEGGの代謝経路地図上で、ヒト、ショウジョウバエ、大腸菌、シロイヌナズナなど、主なモデル生物のデータを解析できる。3)KaPPA-View4 SOLは、ナス科植物のゲノムコンソーシアムが提供する、トマト、ジャガイモ、タバコなどの遺伝子情報をKEGG代謝経路地図上で解析できる。KaPPA-View4でのオミクスデータの代謝地図上への表示は、定形化したデータをHTTPでPOST転送することにより得られる。このAPIにより、マイクロアレイデータのデータベースや、今後さらなる蓄積が予想される網羅的な代謝産物のデータ(メタボロームデータ)のデータベースから、KaPPA-View4を直接ビューワーとして利用することが可能となった。KaPPA-View4は、今後のデータベース統合化において、オミクスデータを複合的に解析する基盤ツールとして利用できるだろう。

 

番 号:36

タイトル:Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology DataBase (JCGGDB)

発表者 :鹿内俊秀,鈴木芳典,藤田典昭,文紅玲,前田真砂子,澤木弘道,成松久

属:産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター

旨:日本の糖鎖に関連するデータベースを集約し、実験研究者が利用する際に便利で理解しやすい統合検索システムの構築を目指している。
我々は、これまでに各研究機関のデータを日本糖鎖科学データベースに集約し、キーワード検索による横断検索や糖鎖構造による統合検索機能を開発した。一回の検索によりキーワードや糖鎖構造に結びついた研究機関が保有している実験データに簡単にアクセスできるようになった。そして新たにCheminformaticsの技術を活用し化学構造式をクエリとして糖鎖構造を検索できるようになった。この結果、糖鎖構造・有機化学による糖鎖合成産物・糖鎖構造・糖鎖関連遺伝子の阻害剤・配糖体を検索できるようになった。今後も継続して、基盤となる必要な技術を開発しながら統合化を図り、糖鎖と関連の深い研究領域のDBと連携することで、専門的な糖鎖の知識を糖鎖以外の研究分野の方でも直観的に理解できるように連携と統合を行っていくことにしている。

 

番 号:37

タイトル:グライコナビの開発

発表者 :山田一作,本庄秀之,弘瀬友理子,森昌子,水野真盛

属:野口研究所 糖鎖有機化学研究室

旨:糖鎖は生体内に広く分布し多様な機能に関わっていると考えられ、機能解明が活発に行われている。糖鎖研究において、化学構造の明確な糖鎖標準品は重要であるが、糖鎖標準品の合成方法や同定方法は複雑であるため、糖鎖合成に精通した合成化学者でなければ合成することが困難であることも多い。そこで、我々はコンピュータを利用して糖質研究をサポートするために、グライコナビゲーション(グライコナビ)を開発している。その中で糖鎖標準品の合成に役立つことを志向し、糖鎖の有機化学的な合成データベースシステムを開発している。
また、グライコナビのインターフェイスとしてCSEditorを開発している。このソフトウェアの機能としては、1)オリゴ糖の化学構造を元素記号と結合種類の組み合わせで描画、2)化学構造をMolfile等の形式で入出力、3)化学構造を画像として出力、4)単糖の二次元化学構造からピラノースの慣用名、略記号、アノマー記号、立体配座等を認識、5)有機化学反応の情報の管理がある。現在、更に糖鎖の有機化学的な合成に役立つツールやデータベースを開発している。

 

番 号:38

タイトル:糖鎖の立体構造データベース:RIKEN GLYCAN CONFORMATION DATABASE

発表者 :加藤雅樹,山口芳樹

属:理化学研究所 基幹研究所 ケミカルバイオロジー研究領域 システム糖鎖生物学グループ 糖鎖構造生物学研究チーム

旨:タンパク質に結合している糖鎖は、タンパク質の品質管理や細胞間のコミュニケーション等において重要な役割を果たしていることが明らかになりつつある。糖鎖の機能を理解するためには糖鎖の立体構造に関する知見は欠かすことができない。
そこで我々はX線結晶構造解析およびNMR解析により立体構造が明らかにされている糖鎖、糖タンパク質、糖鎖に関連する酵素やレクチンの立体構造情報をProtein Data Bank(PDB)から収集して、RIKEN GLYCAN CONFORMATION DATABASEを構築した。本データベースでは、糖鎖の立体構造、糖鎖結合部位に関する基本情報とそれらを解析して得られた統計情報(グリコシド結合周りの2面角および糖鎖の溶媒露出度、水和など)を提供する。さらに、タンパク質の糖鎖付加情報に関するデータベースや糖鎖のNMRスペクトルに関するデータベースも構築を進めており、これらの概要についても報告する。

 

番 号:39

タイトル:糖鎖の部位特異的修飾に関するデータベース:RIKEN Site-specific Glycosylation Database

発表者 :菅秋次,加藤雅樹,山口芳樹

属:理化学研究所 基幹研究所 ケミカルバイオロジー研究領域 システム糖鎖生物学グループ 糖鎖構造生物学研究チーム

旨:タンパク質に結合しているN-結合型糖鎖の構造は多様であるが、タンパク質の部位特異的に特徴的な糖鎖の構造を示す例が多く存在する。成熟した複合型糖鎖を示すことなく部位特異的に高マンノース型糖鎖を維持しているのはその1例である。本データベースプロジェクトは、そのような部位特異的な糖鎖修飾のメカニズムや機能の解明を目的としている。
文献情報を基本情報としてその収集および整理を行い、Protein Data Bank (PDB)やSwiss-Prot等の既存データベースも情報源として活用する。データはタンパク質名、アミノ酸配列、2次構造、高次構造、修飾されている糖鎖構造、修飾部位などを内容として提供する。
一方で、糖鎖はメチル化や硫酸化、リン酸化などの2次的な修飾を受けているものも数多く報告されている。現在その修飾を担う酵素の情報は極めて少なく、その機能も殆ど解っていないのが現状である。本プロジェクトでは、このような糖鎖の修飾についても基本情報を得る予定であり、本ポスターでは糖鎖のメチル化を例にしてメチル基転移酵素の絞り込み方法について発表する。

 

番 号:40

タイトル:日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動とセマンティック・ウェブ化によるデータ統合

発表者 :金城玲1),鈴木博文1),山下鈴子1),池川恭代1),工藤高裕1),五十嵐令子1),見学有美子1),張羽澄1),Daron M. Standley2),中川敦史1)中村春木1)

属:1)大阪大学蛋白質研究所,2)大阪大学免疫学フロンティア研究センター

旨:日本蛋白質構造データバンク(PDBj, http://pdbj.org/)では、(独)科学技術振興機構による支援のもと、大阪大学蛋白質研究所にて、米国RCSB-PDB、欧州PDBe-EBI、米国BMRB (BioMagResBank)との国際協力により、wwPDB(worldwide PDB)の一員として構造データの編集・公開・独自のサービスや二次データベース(DB)の開発を行っている。セマンティック・ウェブにおいては、データはOWL等で記述されるオントロジーで定義され、RDFフォーマットで与えられる。PDBの構造データとメタ・データをRDF化するにあたり、PDB exchange辞書から変換されたOWLオントロジーを用い、カノニカルXMLフォーマットであるPDBMLで記載されたPDBの各エントリーをRDF化した。PDBデータの各項目毎にURLを付加してあり、実際にウェブ上でアクセスできる。UniProt, PubMed, NCBI Taxonomy, Bio2RDF等のセマンティック・ウェブ化されたDBへの参照情報が埋め込んであり、他のDBとの統合化をユーザ自身が実施できる。

 

番 号:41

タイトル:クラウドコンピューティング、仮想化技術による生体高分子NMRデータベース(BMRB)統合化への取り組み

発表者 :小林直宏,岩田武史,原野陽子,児嶋長次郎,中村春木,藤原敏道

属:大阪大学蛋白質研究所

旨:核磁気共鳴法(NMR法)は生体高分子の3次元構造ばかりでなくゆらぎやリガンドとの相互作用といった動的あるいは過渡的な状態に関する情報を原子レベルで与える研究法である。我々は米ウィスコンシン大学との共同開発によりデータベースBMRBを登録サイトとして構築し、同じく原子分解能による構造情報を扱うPDBjと連携しながら運営してきた。これまでに我々は本データベースの登録業務の効率化を進めると共に、NMRデータをライフサイエンス研究で実際に利用する解析ツールとしてMagROシステムおよび関連ツール群を開発し、タンパク質などの立体構造情報との融合的な利用を可能とした。平成23年度より、NBDCを中心として推進される事業として統合化に向けたデータベースや関連ツールの開発を開始し、クラウドストレージを利用した研究者間のデータ交換、解析ツールサーバーの利用などをクラウド技術を導入してユーザーへの場所を選ばない解析環境の提供を行う試みを進めている。また、仮想化技術によるサーバー移設統合の効率化を図り、省スペース、省電力化さらには高度に安定な運用能力を持つサーバーシステムとしてのリニューアルを行っている。

 

番 号:42

タイトル:日本DNAデータバンク (DDBJ)

発表者 :中村保一1),小笠原理1),神沼英里1),高木利久1),2),3),大久保公策1),4)

属:1)国立遺伝学研究所,2)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター,
3)東京大学大学院 新領域創成科学研究科 生命情報科学専攻,
4)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

旨:日本DNAデータバンク(DDBJ)は、国際塩基配列データベース(INSDC)の一員である。INSDCに納められたデータは、目的や国籍にかかわらず閲覧・転用が可能な科学の世界共有財であり、世界中の研究者はパートナーの三機関のいずれかを通じ、データを登録・公開することが可能となっている。INSDCはデータバンク事業開始から現在までの四半世紀で、伝統的な配列アーカイブとしては1.4億エントリ、1,300億塩基に及ぶ配列データを登録受け入れし、公開してきた。DDBJでは、近年増加が著しい新型シーケンサを活用した配列情報と配列情報のプロジェクト化に対応するための新規アーカイブと支援系 (DRA、DOR、DDBJ pipeline、BioProjectなど) を立ち上げつつある。本ポスターでは伝統的なデータベースのシステム改革と、新規アーカイブへの展開の両面の観点から、DDBJの現在を報告する。

 

番 号:43

タイトル:ワークフロー解析基盤技術の構築

発表者 :福井一彦,田代俊行,矢葺幸光,浅井潔

属:産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター

旨:産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター(CBRC)では、センター内外のデータベース、ソフトウェアを最新の情報技術を用いてシームレスに統合したバイオインフォマティクス情報基盤の構築取り組んでいる。本開発では、ユーザが処理の組み合わせを指定することが可能であり、ユーザから求められている使いやすさとワークフローの流れを決定できるという柔軟性を加味し、直観的なGUIを用いた操作性に優れたKNIMEとよばれるプラットフォーム環境を利用している。このプラットフォームを用い、ユーザはノード化されたCBRC独自の解析ツール・ソフトウェアのプログラム群や外部ツール及びデータベース等をインタラクティブに接続し、選択的に組み合わせる事により、独自の解析ワークフローを構築することが可能である。またここで開発している解析プラットフォームはSOAPに対応しており、ローカルPCによる処理と計算機パワーが必要とされる計算処理の部分を切り分け、SOAP通信によりCBRC計算サーバにアクセスが可能であり、透過的に動作するプラットフォーム解析を可能としている。