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Web https://events.biosciencedbc.jp/

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第34回日本分子生物学会年会 

特別企画 「使ってみようバイオデータベース-つながるデータ、広がる世界」

会期:2011年12月13日(火)~16日(金)  9:00~17:00(最終日は14:00まで)
会場:パシフィコ横浜 展示ホール 特別企画コーナー (コーナーレイアウト)

出展者一覧:

No 所属名 ブース名
バイオDB1-3 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 使ってみようデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブ
バイオDB4

医薬基盤研究所

医薬基盤研究所のデータベースと横断検索システム

バイオDB5

大阪大学 蛋白質研究所

Protein Data Bank japan

バイオDB6

国立遺伝学研究所日本DNAデータバンク

日本DNAデータバンク(DDBJ) の次世代シークエンサ対応と取組み

バイオDB7-8

ライフサイエンス統合データベースセンター

知識発見につながるデータベース構築へ~DBCLSからの提案~

バイオDB9

科学技術振興機構 知識基盤情報部 専門情報担当

使ってみようJREC-IN -つながるデータ、広がる世界、みつかるキャリアパス

バイオDB10

科学技術振興機構 知識基盤情報部 情報連携基盤担当

使ってみようReaD&Researchmap -つながるデータ、広がる世界、みつかる仲間

バイオDB11

科学技術振興機構 知識基盤情報部 電子ジャーナル担当

使ってみようJ-STAGE -つながるデータ、広がる世界、みつかる成果

バイオDB12

理化学研究所 生命情報基盤研究部門

生命と環境の様々なフェノームデータを統合・共有するBioLOD.org

バイオDB13

東京工業大学、国立遺伝学研究所、基礎生物学研究所

微生物統合データベース:MicrobeDB.jp

バイオDB14

かずさDNA研究所、新潟大学

ゲノム情報に基づく植物データベースの統合

バイオDB15

東京大学大学院医学系研究科、日立製作所中央研究所、国立遺伝学研究所、東京大学医学部附属病院

ヒトゲノムバリエーションデータベース

バイオDB16

東京大学医学部、バイオテクノロジー開発技術研究組合

J-ADNI

バイオDB17-19

産業総合技術研究所、立命館大学、理化学研究所、野口研究所

日本糖鎖科学コンソーシアム・データベース(JCGGDB)

バイオDB20

奈良先端科学技術大学院大学  情報科学研究科

メタボロームDB:二次代謝物質の持続可能な利用をめざして!

 

出展情報:

バイオDB1~3 使ってみようデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブ
髙祖歩美,濱岡しのぶ,三橋信孝,櫛田達矢,坂東明日佳,畠中秀樹
科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

NBDCでは、生命科学分野の研究が活性化されることを目指してデータベース(DB)の統合化に取り組んでいます。具体的には、1)DBの戦略の立案、2)世界中のDBの情報を閲覧・検索できるカタログ、分子データベースと特許や文献を検索できる横断検索、国内のDBをダウンロードできる形で維持するアーカイブなどのサービスの提供、3)DBの統合化に必要な技術の開発やDBを分野ごとに取りまとめる研究開発へのファンディングを行っています。

URL: http://biosciencedbc.jp/

バイオDB4 医薬基盤研究所のデータベースと横断検索システム
増井徹1),水口賢司2),坂手龍一1),五十嵐芳暢2),長尾知生子2),森田瑞樹2),陳怡安2)
1医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部,2)医薬基盤研究所 創薬基盤研究部

医薬基盤研究所は創薬・疾患研究の促進を目的として、化合物毒性データベース“Open TG-GATEs”、創薬支援統合データウェアハウス“TargetMine”、疾患ゲノム統合データベース“GeMDBJ”、難病バンクや各種生物資源バンクのデータベース、疾患研究資源所在情報データベース“MBRDB”などの開発を行ってきた。さらに、これらを統合する横断検索システムを開発し、NBDCとの連携を進めている。

URL: http://www.nibio.go.jp/data/
     http://alldbs.nibio.go.jp/

バイオDB5  Protein Data Bank japan
中村春木,中川敦史,金城玲,藤原敏道,小林直宏
大阪大学蛋白質研究所

日本蛋白質構造データバンク(PDBj, http://pdbj.org/)ではJSTによる支援のもと、大阪大学蛋白質研究所にて、米国・RCSB-PDB、欧州・PDBe-EBI、米国・BMRB (BioMagResBank)との国際協力により、wwPDB(worldwide PDB)の一員として生体高分子構造データの受付・編集・公開と、独自のサービスや二次データベース(DB)の開発を行っている。

URL: http://www.pdbj.org/index_j.html(和)
         http://www.pdbj.org/index.html(英)

バイオDB6 日本DNAデータバンク(DDBJ) の次世代シークエンサ対応と取組み
日本DNAデータバンク(DDBJ)
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 日本DNAデータバンク

日本DNAデータバンク(DDBJ)では新型シークエンサ対応として、発現定量データベースDDBJ OmicsArchive(DOR)の受付を新規に開始した。DORは次世代シークエンサ由来の定量解析データだけでなく、従来のチップ解析による発現データも受け付ける。本ブースでは、DORと共にプロジェクトのデータベースBioProject、国際塩基配列データベースの新登録システム、更にDDBJ Pipelineの新規ワークフローのデモ展示を行う。

URLhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/

バイオDB7~8 知識発見につながるデータベース構築へ~DBCLSからの提案~
川本祥子,坊農秀雅,河野信,箕輪真理
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

ライフサイエンス分野は、解析手法等の革新的進歩により得られた多様かつ大量のデータをもとに、知識発見やイノベーションを実現する新たな研究スタイルを確立すべきフェーズにあります。私たちは、その実現のために、「統合DBプロジェクト」の成果を活かしながら、生命科学の膨大なデータから必要な情報を効率よく入手できる統合利用環境の提供、得られる情報をより有用にする特長あるコンテンツの作成・整備を行っています。

URL: http://lifesciencedb.jp/
         http://dbcls.rois.ac.jp/

バイオDB9 使ってみようJREC-IN -つながるデータ、広がる世界、みつかるキャリアパス
科学技術振興機構 知識基盤情報部 専門情報担当

JREC-IN(ジェイレックイン;研究者人材データベース)は大学・公的研究機関の求人情報を中心に提供する求人サイトです。企業、官公庁、地方自治体、専門学校などにおける多様な職種を提供し、研究者の皆様のキャリアパスを支援します。希望の求人をメール配信するマッチングメール、求人機関からの照会も無料でご利用いただけます。求人情報を掲載されたい機関の方もお気軽にお問い合わせください。

URL: http://jrecin.jst.go.jp/

バイオDB10 使ってみようReaD&Researchmap -つながるデータ、広がる世界、みつかる仲間
科学技術振興機構 知識基盤情報部 情報連携基盤担当

ReaD&Researchmap(研究者情報データベース)は大学・研究機関等に所属する研究者(約21万人)の情報を収集・提供するサイトです。研究者の皆様は、経歴、研究分野、論文リスト等を含む履歴書が簡便に作成でき、情報発信ができます。また、登載された情報から、「共同研究の相手探し」、「委員の人選、講演、査読の依頼者探し」などができます。

URL: http://researchmap.jp/

バイオDB11 使ってみようJ-STAGE -つながるデータ、広がる世界、みつかる成果
宮川 謹至,青山 幸太,土屋 江里,高橋 嘉栄,小倉 久男
科学技術振興機構 知識基盤情報部 電子ジャーナル担当

J-STAGEは、日本国内の科学技術情報関係の電子ジャーナル発行を支援するシステムです。J-STAGE上で公開されている論文は、ChemPort、PubMed、CrossRef等を経由し、海外の様々な電子ジャーナルサイト上の論文と相互にリンクされます。また、電子ジャーナル公開とともに投稿から査読・審査までをオンライン化するシステムを利用機関に提供します。

URLhttp://www.jstage.jst.go.jp/

バイオDB12 生命と環境の様々なフェノームデータを統合・共有するBioLOD.org
豊田哲郎,土井考爾,望月芳樹,西方公郎,豊島裕美,雪竹俊臣
理化学研究所 生命情報基盤研究部門

理研BASEでは、「理研サイネス」の開発と運用を通じ、多くの研究データを標準化・共有化してきた。今年度から、これらのデータのLOD(Linked Open Data)準拠形式での提供を開始した。ユーザーは、公開データを各種フォーマットで容易にダウンロードすることができ、各自が持つオリジナルサイトのデータを統合することもできる。2011年7月末時点で195のデータベースを統合し公開化している。

URL: http://BioLOD.org/

バイオDB13 微生物統合データベース:MicrobeDB.jp
黒川顕1),中村保一2),内山郁夫3),菅原秀明2)
1東京工業大学,2)国立遺伝学研究所,3)基礎生物学研究所

ゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできる「微生物エンサイクロペディア」です。これらデータの統合化は、微生物の体系的な理解を促進し、これまでの仮説検証型の研究のみならず、膨大なデータの中から新たな仮説を導くデータ駆動型の研究を強力に推進する事が可能となります。

URL: 準備中

バイオDB14 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合
平川英樹1),中村保一1),中谷明弘2),田畑哲之1)
1かずさDNA研究所植物ゲノム研究部,2)新潟大学研究推進機構超域学術院

本データベースでは、国内にある多数の植物関連データベースを、遺伝子やDNAマーカーなどのゲノム構造情報を基準として相互リンクすることによって統合化を図ります。また、さまざまな植物バイオリソース情報や大規模ゲノム機能情報を収集・整理し、検索可能なポータルサイトを構築します。これによって、既存データベースの利便性を高め研究の効率化を図るとともに、国内植物分子遺伝学研究のプレゼンスの向上をめざします。

URL: http://www.kazusa.or.jp/

バイオDB15 ヒトゲノムバリエーションデータベース
小池麻子1),西田奈央2),吉田真希子1),川嶋実苗2),井ノ上逸朗3),辻省次4),徳永勝士2)
1日立製作所中央研究所,2)東京大学大学院医学系研究科,3)国立遺伝学研究所,4)東京大学医学部附属病院

高速大容量のSNPタイピング技術および超並列シークエンシング技術の飛躍的向上により、ゲノム全域を対象とする疾患遺伝子探索研究が可能となり、多数の疾患関連変異が発見されている。これらデータの散逸を防ぎ、研究者間でのデータ共有化と半永続的な保管の仕組みを整えるとともに、日本人・アジア人の変異と疾患・表現型の関連情報を体系化するため、ヒトゲノムバリエーションデータベースを構築、運営している。

URL: https://gwas.lifesciencedb.jp/

バイオDB16  J-ADNI
岩坪威1槇野正2上野正孝2千田哲子2
1東京大学医学部,2)バイオテクノロジー開発技術研究組合

アルツハイマー病発症を予測する画像・バイオマーカーの確定を目指したJ-ADNI研究において参加臨床施設から画像・臨床情報を収集しDBの構築を進めている。本研究で東大岩坪チームとバイオ組合ではDBCLSとの連携のもと、J-ADNI 研究で得た脳画像(MRI、 PET)、臨床情報、遺伝情報、体液生化学データ等を連結統合し、包括脳ネットワークDBとあわせてヒト脳疾患画像DBとしての公開を目的とする。

URL: http://www.j-adni.org/index.html
         http://www.ra-bio.or.jp/

バイオDB17~19 日本糖鎖科学コンソーシアム・データベース(JCGGDB)
成松久1),鹿内俊秀1),澤木弘道1),鈴木芳典1),藤田典昭1),前田真砂子1),文紅玲1),川嵜敏祐2),奥田修二郎2),山口芳樹3),加藤雅樹3),吉田圭一3),水野真盛4),山田一作4)
1産業技術総合研究所,2)立命館大学,3)理化学研究所,4)野口研究所

科学技術の発展に伴い、信頼できる実験データが増えてきました。多種多様な糖鎖のデータがより多くの科学者に利用されていくように技術開発や情報整備を行う目的で、日本糖鎖科学コンソーシアムの枠組みの中で複数の研究機関からなる研究チームをつくりました。主体となる4研究機関とこれらを支える協力機関の科学者により、データベースを充実させて日本固有の糖鎖科学統合データベースとなるように発展を図ってまいります。

URL: http://jcggdb.jp/

バイオDB20 メタボロームDB:二次代謝物質の持続可能な利用をめざして!
金谷重彦1),櫻井望2),有田正則3),西岡孝明1)
1奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科,2)かずさDNA研究所産業基盤開発部,3理化学研究所植物科学研究センター

JST・NBDCプロジェクト「メタボローム・データベースの開発」の一環として、代謝物質に関する質量スぺクトル・データベース(MassBank)、植物・微生物における二次代謝物の統合情報DB(DB(KNApSAcK Family)の構築を進めており、現在までに、5万種を超える代謝物種、2万種を超える生物種、さらには、世界における植物利用、生物活性などの情報を公開している。本展示では、実際にアクセスすることにより、これらのデータベースを紹介するとともに、さらなるニーズを収集したい。

URL: http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/(生物種-二次代謝物DB KNApSAcK Family)
          http://www.massbank.jp/(MassBank、二次代謝物・質量スペクトルDB)