ポスター発表プログラム
11:10~12:30の間にライフサイエンス系データベースの統合に向けて4省の中でそれぞれの取り組みを実施している機関がその成果をポスターとして発表いたします。
発表者の方へ:ポスターのサイズ等の情報はこちらをご覧下さい。
ポスター番号 | 代表発表者 | 所属 | タイトル |
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1 | 増井徹 | 医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 | 医薬基盤研究所が公開する厚生労働省DBについて |
2 | 増井徹 | 医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 | ヒト由来の情報の取り扱いについて |
3 | 森田瑞樹 | 医薬基盤研究所,JST-BIRD | MultiCoMP:機能解明および創薬のための膜タンパク質ダイナミクス・データベース |
4 | Lokesh P. Tripathi | National Institute of Biomedical Innovation (NIBIO) | TargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation |
5 | 長村吉晃 | 農業生物資源研究所 | イネ遺伝子発現データベース“RiceXPro” |
6 | 田中剛 | 農業生物資源研究所 | イネアノテーション計画DB (RAP-DB): IRGSP/RAP Build 5 |
7 | 並木信和 | 三菱スペース・ソフ トウエア株式会社 | イネ遺伝・育種研究のためのイネ統合ブラウザの開発 |
8 | 三原基広 | 農業生物資源研究所 | “SALAD database” – 美味しくSALADを食べるには? |
9 | 村上勝彦 | バイオ産業情報化コンソーシアム | 経済産業省統合データベースプロジェクト:外部連携による統合の強化 |
10 | 山崎千里 | 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター | ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群 |
11 | 今西規 | 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター | リンク自動管理システムとID一括変換システム |
12 | 市川夏子 | NITE生物遺伝資源情報部門 | NITEにおける微生物ゲノム解析と微生物ゲノムデータベースDOGANのリニューアルについて |
13 | 櫻井望 | かずさディー・エヌ・エー研究所 | 植物オミックス統合データベース |
14 | 五斗進 | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター | ゲノムネットにおける医薬品・化合物データベースの開発 |
15 | 下川和郎 | 東京医科歯科大学 | IBMD : 統合医科学データベースの構築 |
16 | 山本洋一 | 大阪大学医学部附属病院臨床試験部 | 臨床情報データベース:構築の課題から今後の展望 |
17 | 小池麻子 | 日立製作所中央研究所 | 統合データベースプロジェクトにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース |
18 | 林健志 | 九州大学大学院農学研究院 | 我国におけるGWASデータの外部QCとその結果の開示 |
19 | 三橋信孝 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス |
20 | 小野浩雅 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』 |
21 | 鹿内俊秀 | 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター | 日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB) |
22 | 畠中秀樹 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | TogoProt による蛋白質関連データベースの統合検索 |
23 | 杉崎太一朗 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | ライフサイエンス統合データベースの横断検索サービスの現状 |
24 | 川本祥子 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 生命科学系データベース情報の収集とポータルサイト構築 |
25 | 白木澤佳子 | 科学技術振興機構 研究基盤情報 バイオインフォマティクス | メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro) |
26 | 坂東明日佳 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 「生命科学系データベースアーカイブ」の成果と今後 |
27 | 飯田啓介 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 統合データベースプロジェクトの新しい日本語コンテンツ「新着論文レビュー」 |
28 | 森山丈士 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 生物学名和名対訳辞書の構築と公開 |
29 | 原一夫 | 奈良先端科学技術大学院大学 | コーパスに出現するライフサイエンス分野の専門用語の同定とシソーラスへのマッピング |
30 | 山本泰智 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 論文執筆の際に役立つサービスの紹介 |
31 | 皿井明倫 | 九州工業大学 情報工学部 | 生体分子の熱力学データと構造データの統合 |
32 | 中尾光輝、山口敦子 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | ウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(1) |
33 | 中尾光輝、山口敦子 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | ウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(2) |
34 | 土井考爾 | 理化学研究所生命情報基盤研究部門 | セマンティックウェブ技術による理研データベース群の標準化と公開化 |
35 | 田代俊行 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター | ライフサイエンス統合DBプロジェクト ワークフロー 2010 |
36 | 岡本忍 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, かずさディー・エヌ・エー研究所 | 多様なゲノム注釈のためのツールと協働作業手法の開発 |
37 | 大山彰 | インシリコバイオロジー | 微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010 |
38 | 金子聡子 | お茶の水女子大学 生命情報学教育研究センター | 情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために:データベースからの知識発見 |
39 | 中谷洋一郎 | 東京大学大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 | バイオデータベース構築者養成コースの紹介 |
40 | 阿部貴志 | 長浜バイオ大学 | 次世代シーケンサーによる個人ゲノム解読を含む大量配列解析の時代に必要となる人材の育成、並びにシニア世代研究者との共同作業によるデータベースの高品質化 |
41 | 河野信 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 統合データベースの教育・人材育成活動〜統合TVとMotDB〜 |
42 | 髙祖歩美 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 文部科学省「統合データベースプロジェクト」の広報・普及活動 |
43 | 箕輪真理 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | データ・情報の円滑な利用に向けた権利関係の整理の試み |
44 | Yuichi Kodama | DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics | DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive |
ポスター情報
- (1) ポスター貼付、掲示、説明、撤去時間
- 貼付 9:30~10:30
- 掲示 10:30~15:30
- 説明 11:10~12:30
- 撤去 15:00~15:30 (休憩時間中)
*説明の時間は、ご自分のポスターの前に立ちポスターの説明をお願いいたします。 - (2) 掲示場所
- シンポジウム会場、武田ホールホワイエ内のポスターボードです。
ポスターボードの左上隅には、ポスター番号が貼ってありますので所定のボードに掲示してください。 - (3) 掲示スペース
- 掲示スペースはW85cm×H160cmです。A0サイズのポスターがちょうどよい大きさです。
- (4) ポスター撤去
- ポスターは、休憩時間(15:00~15:30)の間に撤去してください。
15:30以降に掲示されているポスターについては事務局が撤去いたします。あらかじめご了承ください。 - (5) デモについて
- ポスター発表の会場内には電源のご用意がございませんのでご注意ください。
- デモ用に無線LANの使用をお申し出になった発表者には事前に事務局より詳細をお知らせいたします。
- (6) その他
- ポスター上部には、演題名・発表者および所属を記してください。
- 代表発表者の氏名の前に〇印を付けて下さい。
- ポスター掲示に必要な押しピンは事務局で用意いたします。
- (7) ご質問等ございましたら事務局までお問い合わせください。
ポスター詳細
医薬基盤研究所が公開する厚生労働省DBについて | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 1 |
タイトル | 医薬基盤研究所が公開する厚生労働省DBについて |
発表者 | ○増井徹1), 竹村清1), 山田弘2), 水口賢司3), 古江美保4), 高橋一朗5), 松田潤一郎6), 亀岡洋祐5), 川原信夫7), 坂口由希1), 松下京子1) |
所属 | 1)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 政策・倫理研究室, 2)医薬基盤研究所 創薬基盤研究部 トキシコジェノミクスインフォマティクスP, 3)医薬基盤研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト, 4)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 培養資源研究室, 5)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 難病資源研究室, 6)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 疾患モデル小動物研究室, 7)医薬基盤研究所 薬用植物資源研究センター |
発表資料 | |
要旨 | 医薬基盤研究所は厚生労働省の研究機関である。そこが保有する公開可能なデータベースについて紹介するとともに、その統合の課題について検討する。以下にそのデータベースのリストを紹介する。
1.薬用植物資源研究センター 薬用植物データベース http://mpdb.nibio.go.jp/fmi/iwp/ 2.生物資源バンクホームページ http://bioresource.nibio.go.jp/ 2−1. 細胞バンクデータベース http://cellbank.nibio.go.jp/wwwjcrb2.htm 2−2. 遺伝子バンクデータベース http://genebank.nibio.go.jp/ 2−3. 疾患モデル小動物バンクデータベース http://animal.nibio.go.jp/ 3.トキシコゲノミックスデーターベース (今年度公開予定) 4.疾患ゲノムデータベース(GeMDBJ;Genome Medicine Database of Japan) https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/ChangeLocaleToJa.do 5.Medical Bioresource Database http://mbrdb.nibio.go.jp 6.難病研究資源バンクデータベース http://raredis.nibio.go.jp/index.html 7.新規創薬ターゲット同定支援データウェアハウス (今年度公開予定) |
ヒト由来の情報の取り扱いについて | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 2 |
タイトル | ヒト由来の情報の取り扱いについて |
発表者 | ○増井徹, 竹村清, 坂口由希, 松下京子 |
所属 | 医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 政策・倫理研究室 |
発表資料 | |
要旨 | 2009年度に発表された統合データベースのタスクフォースの報告書( http://johokanri.jp/stiupdates/contents/2009/06/003233.html )の中では、「人体に由来するデータ等の取り扱い」についての検討の必要性が 謳われている。人体に由来するデータのデータベース化、二次利用、第三者提供については、個人情報となり得る可能性によって論議されるわけである。現在の技術的な水準からすると、個体識別される可能性が高い。また、現在の医学・生物学研究は、臨床のデータを、それも追跡データも入手できる形での体制が重視されており、実際に海外ではそのような形の研究体制が組まれている。このように、研究用のデータベースと、臨床の電子カルテの距離が近くなる中で、政府は臨床のデータの保護の対策の充実を図っている。本発表では、ここで問題となる問題を整理して、その回答の可能性についての事案について発表する。 |
TargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 4 |
タイトル | TargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation |
発表者 | Yi-An Chen, ○Lokesh P. Tripathi, Kenji Mizuguchi |
所属 | National Institute of Biomedical Innovation (NIBIO) |
発表資料 | - |
要旨 | We have developed TargetMine, an integrated data warehouse for retrieval of target genes and proteins for experimental characterisation and drug discovery. TargetMine employs the flexible InterMine framework, which ensures that different types of biological data can be readily added and combinations of data analysed to generate new hypothesis. It enables complicated searches that are difficult to perform with existing tools and thus assists in efficient target prioritisation. We also propose an objective protocol for identification of candidate genes for further investigations. |
イネ遺伝子発現データベース“RiceXPro” | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 5 |
タイトル | イネ遺伝子発現データベース“RiceXPro” |
発表者 | 佐藤豊1), B. アントニオ1), 杉本和彦1), 竹久妃奈子1), 並木信和2), 本山立子1), ○長村吉晃1) |
所属 | 1)農業生物資源研究所, 2)三菱スペース・ソフ トウエア株式会社 |
発表資料 | - |
要旨 | 2004年12月、イネの全ゲノム塩基配列(約3.8億塩基のDNA配列)が解読され公開された。ゲノム解読の結果、イネの遺伝子は約3万2千個あると予測されたが、その約40%の遺伝子の機能は未知である。そこで我々は、茨城県つくば市の圃場で約1万個体の日本晴を育成して、イネの生育段階に合わせた根、穂、種子等の様々な組織・器官のサンプリングや6月から9月まで毎週48時間の連続サンプリング(2時間毎)を行い、すべての遺伝子がいつ、どこで、どれくらい発現しているか?マイクロアレイを使って調査した。6月〜9月における48時間/週の連続サンプリング結果から、1)多くの遺伝子は、1日の内の発現のピークが明け方、昼、夕方、深夜に存在する。2)多くの遺伝子は時間(時計)を正確に刻んでいる。3)時期特異的に発現する遺伝子が存在する。ことが明らかになった。また、遺伝子には、葯、根、胚乳等の特定の組織や器官で発現しているものもあり、新たな知見が集積されている。収集した遺伝子発現情報は、“RiceXPro”としてデータベース化している。 |
イネアノテーション計画DB (RAP-DB): IRGSP/RAP Build 5 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 6 |
タイトル | イネアノテーション計画DB (RAP-DB): IRGSP/RAP Build 5 |
発表者 | ○田中剛, 坂井寛章, 沼寿隆, 天野直己, 伊藤剛 |
所属 | 農業生物資源研究所 |
発表資料 | - |
要旨 | イネアノテーション計画データベース(RAP-DB、http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ )は国際イネゲノム解読プロジェクト(IRGSP)が決定したイネゲノム配列のアノテーションデータベースである。IRGSPによる2008年のゲノム配列更新に伴い(IRGSP Build 5)、新しいアノテーションデータ(IRGSP/RAP Build 5)を作成した。これまでの転写産物情報に基づく遺伝子構造の決定に加えて、異種単子葉植物の完全長cDNA(FLcDNA)やタンパク質情報を用いた遺伝子構造予測を新たに加え、転写・発現情報のある34,781遺伝子座を決定した。更に、転写産物の証拠がない9,974遺伝子座を予測遺伝子プログラムで予測した。これらのデータとゲノム配列の明らかになったソルガム・トウモロコシ・シロイヌナズナの遺伝子セットを利用してMCL法と相同性検索を利用した遺伝子ファミリー作成を行い公開している。現在インディカ種やソルガムとのゲノムアラインメントデータを作成・公開しており、RAP-DBが穀類の比較ゲノム解析を推進するデータベースとなることを目指している。 |
イネ遺伝・育種研究のためのイネ統合ブラウザの開発 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 7 |
タイトル | イネ遺伝・育種研究のためのイネ統合ブラウザの開発 |
発表者 | ○並木信和2), 宮尾安藝雄1), 佐藤豊1), B. アントニオ1), 清水裕司2), 長村吉晃1) |
所属 | 1)農業生物資源研究所, 2)三菱スペース・ソフ トウエア株式会社 |
発表資料 | - |
要旨 | 国際イネゲノム配列解読コンソーシアム(IRGSP,10の国と地域で構成)により、イネの全ゲノム塩基配列(約3.8億塩基のDNA配列)が解読され、2004年12月に公開された。このイネゲノム配列に詳細な遺伝子注釈をつけたゲノム情報がRAP-DB( http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ )より公開されている。このゲノムデータベースの他にも、主にRFLPマーカーにより作成されているイネ遺伝地図情報、BAC/PACによる物理地図情報、農業形質に関するQTL情報、イネ完全長cDNA情報等のデータベースが作成され、それぞれ独立した型で有効に利用されているが、利便性の観点から、改良の余地があった。さらに、これまでのデータベースは、利用者のターゲットを生命科学研究者を想定して作成されたものが多く、育種研究者の利用と言う視点で作成されたものはほとんど存在しなかった。本課題では、育種家の利用促進を考慮し、個々のデータベースとして公開されていたこれらの情報を有機的に連携し、ユーザーフレンドリーな統合ブラウザを開発・公開した。本ポスターでは、イネ統合ブラウザの機能、解析ツール等を紹介する。 |
経済産業省統合データベースプロジェクト:外部連携による統合の強化 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 9 |
タイトル | 経済産業省統合データベースプロジェクト:外部連携による統合の強化 |
発表者 | ○村上勝彦1), 松矢明彦1), 間宮健太郎1), 山崎千里2), 岸本晃彦1), 今西規2), 五條堀孝2), 3) |
所属 | 1)バイオ産業情報化コンソーシアム, 2)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター, 3) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | 我々は、2008年度から経済産業省「統合データベースプロジェクト」を実施している。まず経産省ライフサイエンス関連成果物のポータルサイトMEDALSを立ち上げ、データベース、ソフトウエア、プロジェクトの便覧を公開し、成果物等の詳細情報を載せた(成果物件数106件)。また、2010年5月には経産省関連の21 データベースを横断して検索できる機能を正規に公開すると同時に、文部科学省の統合データベースプロジェクトとデータを相互提供して合計250件以上を検索可能にし、省を超えた横断検索を実現した。MEDALS横断検索では独自に「追加キーワードの提案機能」や「同義語検索」の機能を加えている。また、データベースの関係を把握しやすくするため、相関図のページをつくっている。一方、ヒトの分子データ統合のためヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBに外部機関による新規情報を追加した。産総研・糖鎖医工学研究センターの糖鎖修飾の情報(糖タンパク質データベース)と、独立行政法人製品評価基盤機構(NITE)のヒトcDNAクローン情報をH-InvDBにのせた。 |
ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 10 |
タイトル | ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群 |
発表者 | ○山崎千里1), 武田淳一1), 羽原拓哉1), 世良実穂1), 原雄一郎1), 小川誠2), 3), 野田彰子1), 坂手龍一1), 村上勝彦2), 今西規1), 五條堀孝1), 4) |
所属 | 1)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター, 2)バイオ産業情報化コンソーシアム, 3)株式会社 ダイナコム, 4)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | H-Invitational Database (H-InvDB)はヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースである。ヒト遺伝子の構造、 選択的スプライシング、 機能性RNA、タンパク質としての機能、 機能ドメイン、 細胞内局在、 代謝経路、 立体構造、 疾病との関連、 遺伝子多型、 遺伝子発現、 分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用、遺伝子ファミリーなどの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供している。最新のH-InvDB release 7.5では、44,886のヒト遺伝子クラスター(遺伝子座)を定義し各種アノテーション情報を付与して http://www.h-invitational.jp/ より公開している。
H-InvDBではデータをプログラムから利用することができるwebサービスを公開し、糖鎖遺伝子、糖タンパク質、機能性RNAや多型等有用なヒト分子情報の統合化を行っている。更に、遺伝子構造・機能・発現・進化など16のコンテンツの任意の組み合わせで複合検索ができる検索ナビゲーションシステムや、データマイニングツール(HEAT)、テキストマイニング(LEGENDA)や自動アノテーションツール(TACT)等の関連データベース・ツール群も提供しており、さまざまな研究ニーズに応えることができる。 |
リンク自動管理システムとID一括変換システム | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 11 |
タイトル | リンク自動管理システムとID一括変換システム |
発表者 | 〇今西規 |
所属 | 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム |
発表資料 | - |
要旨 | 生命科学分野の公開データベースの間のリンクを自動で維持・更新するしくみ を開発し、「リンク自動管理システム Hyperlink Management System」として 公開している( http://biodb.jp/ )。ここでは、指定されたIDに対応するさま ざまなIDを一度に表示する「All Database Search」の機能をはじめ、「ID一括変換システム」や「ID対応表のダウンロード」などの便利なサービスを提供している。現在までに、ヒトおよびマウスの分子情報を扱う世界の18機関、 46種類のデータベースに対応した。本システムはデータベース構築に携わる開発者の負担を軽減するだけでなく、常に最新のデータへのリンクが保証されるため利用者にも大きなメリットがある。また、一般の研究者がデータベースやホームページを作成する際にも、本サイトが提供するCGIを呼び出すことによって「切れない」リンクを簡単に設定することができ、利用価値が高い。われわれは、本システムを発展させ、世界中に散在する生命情報関係の主要なデータベースをバーチャルに「統合化」してゆくことをめざしている。 |
NITEにおける微生物ゲノム解析と微生物ゲノムデータベースDOGANのリニューアルについて | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 12 |
タイトル | NITEにおける微生物ゲノム解析と微生物ゲノムデータベースDOGANのリニューアルについて |
発表者 | ○市川夏子, 澤野寿彦, 関川智洋, 山崎秀司, 藤田信之 |
所属 | NITE生物遺伝資源情報部門 |
発表資料 | |
要旨 | NITEでは日本を代表する微生物を中心とした中核的な生物遺伝資源機関として、NBRCから有用な生物遺伝資源を提供すると共に、ユーザーが微生物を利用しやすくするため、黄色ブドウ球菌や麹菌などの産業に有用な微生物や系統的に基準となる微生物を中心としてゲノム解析等を行いその情報を提供しています。現在では45種の微生物の解析を行い、この情報はDOGAN (Database of the Genomes Analyzed at NITE)で公開しています。
今夏、ユーザーからの要望等を反映し、より見やすく、より快適に、ゲノム情報や高精度なアノテーション情報をご利用頂くために、ゲノムマップやORF情報を中心としたDOGANのリニューアルを行いました。 一例として、ゲノムマップのAjaxの採用により快適性の向上を図り、ポップアップによるORFの詳細情報やクローン情報、発現解析(プロテオーム解析)により同定されたペプチドの情報、アノテーターがつけた詳細な遺伝子情報、NITEにおいて確認されたORFの活性残基の情報がご覧いただけます。 新DOGAN URL: http://www.bio.nite.go.jp/dogan/ |
植物オミックス統合データベース | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 13 |
タイトル | 植物オミックス統合データベース |
発表者 | 鈴木秀幸, ○櫻井望, 荒武, 尾形善之, 秋元奈弓, 柴田大輔 |
所属 | かずさディー・エヌ・エー研究所 |
発表資料 | - |
要旨 | かずさDNA研究所・産業基盤開発研究部・ゲノムバイテク研究室では、新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)より、“植物の物質生産プロセス制御基盤技術開発”プロジェクト(平成14年度から平成21年度まで)を受託し、工業原材料を効率よく植物に生産させるために、代謝産物解析の基盤となるリソースの整備を進め、工業生産に重要な代謝系の解析を進めてきた。かずさDNA研究所が所有している網羅的代謝産物解析(メタボローム解析)の技術及び遺伝子配列解析の技術を活用し、植物バイオ産業界の各企業と密に連携してそれぞれの研究を遂行した。本プロジェクト中の研究成果を集約して、「植物オミックス統合データベース」として構築したのでここに報告する。植物オミックス統合データベースは、メタボローム分析公開件数で世界最大級のMassBaseをはじめとするメタボローム解析データベースと植物由来の大量のDNAマイクロアレイデータから発現協調性の相関関係を集積したCoPをはじめとする代謝遺伝子の包括的解析データベースに大別される。さらに、遺伝子・代謝物を統合解析するための代謝マップ解析ツールKaPPA-View4を構築した。これらのデータベースは産業・基礎生物学への波及効果が期待される。 |
ゲノムネットにおける医薬品・化合物データベースの開発 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 14 |
タイトル | ゲノムネットにおける医薬品・化合物データベースの開発 |
発表者 | ○五斗進, 時松敏明, 小寺正明, 守屋勇樹, 薮崎純子, 中川善一, 服部正泰, 金久實 |
所属 | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター |
発表資料 | |
要旨 | 京都大学では、2007年度から文部科学省統合データベースプ ロジェクトにおいて、ゲノムネット医薬品データベースと化合物データベースを開発してきた。医薬品データベースでは日本医薬情 報センター(JAPIC)の医療用・一般用医薬品添付文書情報を ベースに、文献データベースへのリンクやKEGGの医薬品関連 データとの統合を実現してきた。また、化合物データベースでは、KEGG の化合物系データベースを核として、LinkDBの仕組みを用い て、無料のバイオ系化合物データベースに順次リンクを張ることに よって統合化を実現している。さらに、これらの化合物構造を解析するためのツールとして、類似構造検索システムやパスウェイ予測システムを実現し、公開している。本プロジェクトで開発したデータベースやツールは、すべてゲノムネット( http://www.genome.jp/ja/ )からアクセスできる。 |
IBMD : 統合医科学データベースの構築 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 15 |
タイトル | IBMD : 統合医科学データベースの構築 |
発表者 | ○下川和郎1), 井戸敬介1), 広井嘉栄1), 小田夏奈江1), 中谷純1), 古崎晃司2) , 山本洋一2), 田中博1) |
所属 | 1)東京医科歯科大学, 2)大阪大学 |
発表資料 | - |
要旨 | IBMD : 統合医科学データベースは、統合データベース中核機関との連携の下で、東京医科歯科大学と大阪大学とが分担機関となって作成が進められている。本データベースは、東京医科歯科大学がんデータベース、大阪大学神経難病データベースそして国立がんセンターデータベースを疾患横断的にセマンティック統合することにより意味的検索を可能にした統合データベースと、臨床、病理情報から分子オミックス情報までを軸として統合したデータベースによって成り立っている。 前者のデータベースでは、疾患横断的、分子階層ネットワーク横断的な統合データベースの構築とその有機的検索を可能としており、後者のデータベースでは、各患者の臨床症状やエックス線、超音波などによるイメージデータ、薬歴や、病理学的な調査結果から遺伝子発現プロフィールまでの包括的な病気情報を容易に閲覧、調査することができる Web インターフェースを備えている。 また本事業では統合情報医科学データベースの構築に必要となる情報倫理検討についても作業を進めており、この調査結果についても発表する。 |
統合データベースプロジェクトにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 17 |
タイトル | 統合データベースプロジェクトにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース |
発表者 | ○小池麻子1), 西田奈央2), 吉田真希子1), 井ノ上逸朗3), 辻省次4), 徳永勝士2) |
所属 | 1)日立製作所中央研究所, 2)東京大学大学院医学系研究科, 3)東海大学医学部, 4)東京大学医学部附属病院 |
発表資料 | |
要旨 | 近年の遺伝子多型・変異解析技術の発展に伴って表出したデータ管理の問題に応えるために、我々は、データの半永続的な一元管理と研究者間の情報共有による個別疾患研究、及び遺伝統計学研究の促進を目指し、ヒトゲノムバリエーションデータベースを構築し、データのサブミッションを広くお願いしている( https://gwas.lifesciencedb.jp/ )。本データベースは、GWASの研究を対象としたDBと個別の疾患を対象としたmutation DBからなる。前者として、健常対照群のSNPデータを登録した標準SNP DB、ゲノムワイドなSNP関連解析結果を登録したGWAS DB、健常対照群のコピー数変異を登録したCNVDB、及びコピー数変異の関連解析結果を登録したCNV関連解析DBを構築しており、GWAS研究者だけでなく個別疾患の研究者にも広く利用して頂けるDBを目指している。後者は筋萎縮性側索硬化症などの神経変性疾患について、疾患ごとに変異と臨床情報を登録しており、臨床現場でも役立つDBを目指している。
本発表では、これらのDBの概要とともにデータのサブミッションと再配布の手続きについて紹介する。 |
BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 19 |
タイトル | BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス |
発表者 | ○三橋信孝1), 藤枝香1) ,今井紫緒1), 田村卓郎2), 川本祥子1), 高木利久1), 3), 大久保公策1), 3) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)ビッツ株式会社, 3)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター |
発表資料 | |
要旨 | BodyParts3D(ボディパーツ3D、http://lifesciencedb.jp/bp3d )は、解剖学用語が示す人体の部品(臓器)の位置と形状を3次元モデル(ポリゴン)で記述したデータベースである。2010年8月現在、1,314モデルが登録済である。医療臨床現場で利用可能な分解度と精度を目指して、解剖学教科書やアトラス、模型を参照しながら、3次元CADを用いてモデルの追加や改良を行っている。2010年4月に胸部モデルを更新し、全身の筋肉を追加した。ポリゴンデータはダウンロード自由で、バイオインフォマティックス研究等で活用できる。一方、Anatomography(アナトモグラフィー)は、視点、臓器の色・透過度を自由に設定してBodyParts3Dの臓器モデルからなる人体のモデル図を描くためのツールである。モデル図からは、臓器の位置や形状だけでなく、他の臓器との包含(part-of)関係も木構造の解剖学オントロジーより直感的に理解できるため、Wikipedia等で利用されている。マウス操作だけで臓器の回転・移動・拡大縮小・選択可能な新GUIが利用可能になり、選択された臓器の名称だけでなくFMA(解剖学オントロジー)上でis-aやpart-of関係の解剖名称も表示できる。また医生物学研究で部位別に得られる定量データを色情報に変換してBodyParts3D上に表現したヒートマップも作成可能である。 |
遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 20 |
タイトル | 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』 |
発表者 | ◯小野浩雅1), 大久保公策1), 2), 高木利久1), 2), 坊農秀雅1) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | |
要旨 | RefEx (Reference Expression dataset; http://togoexp.dbcls.jp/RefEx/ )は、DBCLS が提供する4種類の異なる手法 (EST, GeneChip, iAFLP, CAGE)によるヒトおよびマウスの遺伝子発現データのリファレンスデータセットである。複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能となるウェブインターフェースが用意されていることに加えて、個々の遺伝子については染色体領域や遺伝子ファミリー(InterPro)、Gene Ontologyに基づく生物学的機能別に検索ができる他、発現パターンから探すことが可能になっている。
これまで蓄えられてきた臓器別の遺伝子発現データに加えて、実験で頻繁に用いられる各種細胞株のデータや、最近急速に蓄積しだしているRNA-seqによる遺伝子発現データも順次リファレンス化していく予定である。 今回の発表では、RefExの開発状況や今後の展望について紹介し、実験生物学者が真に必要とする遺伝子発現リファレンスDBを開発するために多くの意見や要望を得る機会としたい。 |
日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB) | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 21 |
タイトル | 日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB) |
発表者 | 〇鹿内俊秀, 鈴木芳典, 藤田典昭, 文紅玲, 前田真砂子, 新間陽一, 成松久 |
所属 | 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | 文部科学省ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの中で、糖鎖に関連するデータベースを保有している国内の研究機関や大学や企業などと協力しながらデータベースの統合を進めております。これまでに糖鎖関連キーワードによる横断検索と糖鎖構造による統合検索を公開しております。今年度は、糖鎖研究領域に接する研究領域の研究者が糖鎖研究を始められるように、オンラインプロトコルの整備を行い公開しました。また、感染分野では病原体と糖鎖のデータベースを、癌領域では腫瘍マーカーのデータベースを公開しました。我々の最終目標として、これまで開発してきたデータベースを融合し、直感的に利用できる統合検索の技術開発とインターフェースの開発を行っております。 |
TogoProt による蛋白質関連データベースの統合検索 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 22 |
タイトル | TogoProt による蛋白質関連データベースの統合検索 |
発表者 | ○畠中秀樹1), 平井信一1), 2), 多門啓子2), 大野忠2), 牧口大旭2), 奥村利幸2), 川本祥子1), 中村春木1), 3), 高木利久1) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)三井情報株式会社, 3)大阪大学 蛋白質研究所 |
発表資料 | |
要旨 | 今年度正式公開した「TogoProt」( http://lifesciencedb.jp/togoprot/ )は、散在する多数の蛋白質関連データベースの中を検索し、情報を蛋白質ごとにまとめて一覧できるサービスである。
現在TogoProtは、国内外の様々な蛋白質関連データベースを40件以上収録している。その中には立体構造、理論計算、物性・計測、相互作用、変異、機能・活性、局在・制御、事典・図鑑などのデータベースがあり、UniProtなどの先行サービスでカバーされていない情報も多数含まれている。 TogoProtでユーザが蛋白質ごとにまとめてデータを一覧できるのは、あらかじめデータの各々にUniProt accessionなどの蛋白IDを付加してあるからである。蛋白質ファミリーのIDやPDBIDも付加してあるので、ファミリーごとにデータをまとめて一覧したり、特定の立体構造に関連したデータに限って一覧したりすることもできる。 今後はこのTogoProtをさらに実用的なものにするために、他のサイトと広く連携していきたいと考えている。 |
メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro) | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 25 |
タイトル | メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro) |
発表者 | ○白木澤佳子1), 黒田雅子1), 小池俊行1), 安田絵美1), 佐藤早苗1), 藤田晶子1), 河村明子1), 内田信裕1), 西村佑介1), 大木章夫1), 飯田創治1), 西澤達也2), 谷口丈晃3) |
所属 | 1)科学技術振興機構 研究基盤情報 バイオインフォマティクス, 2)株式会社情報数理研究所, 3)三菱総合研究所 |
発表資料 | |
要旨 | ライフサイエンス分野の研究情報基盤整備のため整備しているサイトを紹介します。
統一的なデータの概念、表現、定義を提供することで、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用を可能とし、新たなデータセットに対するメタデータ要素の作成を支援するサイトをテストサイト「ライフサイエンス分野のメタデータ要素レポジトリ」(MDeR: http://mder.jst.go.jp/ )として提供しています。 また、WINGpro( http://wingpro.lifesciencedb.jp/ )は、利用者を最適なデータベースに案内するサイトです。これは、利用者からの書き込み追加が可能な「MediaWiki」を利用しており、コンテンツの充実と即時性が見込め、利用方法などの情報交換の場を提供できる仕組みです。 本成果は文部科学省ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業の一環として行われた研究開発によるものです。 |
「生命科学系データベースアーカイブ」の成果と今後 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 26 |
タイトル | 「生命科学系データベースアーカイブ」の成果と今後 |
発表者 | ○坂東明日佳, 熊谷禎洋, 八塚 茂, 西川哲夫, 畠中秀樹, 大久保公策, 高木利久 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | |
要旨 | 「生命科学系データベースアーカイブ」( http://dbarchive.lifesciencedb.jp/ )は、公的資金により産生されたデータを将来にわたり誰もが容易に活用できるよう、データベースを丸ごとダウンロード可能な形で維持するサービスである。2009年にサイトを始めて以来、33件のデータベースについてアーカイブを公開してきた(2010年7月現在)。サイトでは、分かりやすい利用許諾条件とデータの説明(メタデータ)を提示することで、データ生産者側と利用者側がともに安心してデータ共有できる場を実現した。さらに、データの一覧や部分ダウンロードも可能な簡易検索ページを併設することで、データの多目的利用の促進を図っている。現在は、文部科学省所管プロジェクト公募要領でのデータ提供の明文化や省庁の枠を超えたデータ共有の動きなどに対応して、データ生産者自身によるアーカイブ構築を支援するガイドラインの作成など、受け入れ態勢の強化を検討している。今後は関連プロジェクトとの連携をより一層深めながらこれらの取り組みを発展させていきたい。 |
生体分子の熱力学データと構造データの統合 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 31 |
タイトル | 生体分子の熱力学データと構造データの統合 |
発表者 | 〇皿井明倫, Shaji Kumar |
所属 | 九州工業大学 情報工学部 |
発表資料 | - |
要旨 | 生体分子は熱力学の支配するミクロな世界の実体なので、その機能を理解するには、配列や構造の情報だけでなく、構造安定性や分子間の相互作用などに関する熱力学の情報が不可欠である。熱力学データは、蛋白質の構造安定性や分子認識のメカニズムを理解するための基礎研究に重要であるだけでなく、蛋白質のデザイン、機能の予測、ドラッグデザインなどの応用研究にとっても必須である。熱力学データと構造データは相補的な関係にあり、それらを統合して解析するための基盤が必要である。しかし、これまでに熱力学に関するデータベースはほとんどなかったため、我々は蛋白質の安定性や核酸、リガンドとの相互作用に関する熱力学データベースの開発をすすめてきた。本プロジェクトでは、熱力学データと構造データの統合をすすめるため、双方のデータを対応づけるクロスリファレンスの作成、熱力学のオントロジーの整備、XMLなどのデータ交換フォーマットの整備、などをすすめている。また、熱力学データは文献から収集しているので、ライフサイエンス統合データベースセンターと連携して、テキストマイニングによる論文の自動収集やデータの自動抽出の方法を開発している。 |
ライフサイエンス統合DBプロジェクト ワークフロー 2010 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 35 |
タイトル | ライフサイエンス統合DBプロジェクト ワークフロー 2010 |
発表者 | ○田代俊行1), 矢葺幸光1), 2), 福井一彦1), 野口保1), 浅井潔1) |
所属 | 1)産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター, 2)株式会社情報数理研究所 |
発表資料 | - |
要旨 | 本ポスターでは、文科省が推進するライフサイエンス統合データベースプロジェクトにて開発済、または開発中のアクティブワークフロー及びWebベースのワークフローの紹介を致します。これらワークフローは、各々をそれぞれ独立に実行すると手間と時間が懸かるソフトウエアを多数組み合わせて構成されており、ユーザの利便性を向上させることを主目的として開発されています。アクティブワークフローは、KNIMEと呼ばれるワークフロープラットフォームを使用し構築しています。KNIMEを使うことでユーザは、ワークフローを新規に構築したり、既存ワークフローを目的に合わせ変更したりすることが可能です。Web・アクティブ共に、殆どのジョブはCBRCの多数の高速マシンで効率的に並列・分散処理され、より短時間で結果を返します。現在までに、遺伝子ネットワーク等のオブジェクト間関係推定、タンパク質のアノテーション補完、タンパク質立体構造解析、タンパク質立体構造比較、RNA2次構造予測等のワークフローを開発しています。 |
多様なゲノム注釈のためのツールと協働作業手法の開発 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 36 |
タイトル | 多様なゲノム注釈のためのツールと協働作業手法の開発 |
発表者 | ○岡本忍1), 2), 中尾光輝1), 2), 藤澤貴智2), 佐藤修正2), 金子貴一3), 吉村英尚4), 中平有香2), 阿久津智子2), 鐘ヶ江弘美2), 笠井誠2), 山本純子2), 作田千代子2), 眞板寛子2), 鹿島裕子2), 中村保一2), 5) |
所属 | 1) 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2) かずさディー・エヌ・エー研究所, 3) 京都産業大学, 4) 中央大学, 5) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | 近年の生物学者は、ゲノム規模の情報を理解するために、自分の専門分野外の情報も効率的に利用する必要があり、そのために、よく整備されたゲノムアノテーション(注釈)情報が重要である。しかし、文献情報にもとづく人手による注釈作業は、高コストな作業であり、公共データベース機関に網羅的な注釈の付与を期待するのは難しい。そこで、研究者自身が多様なスタイルの協働作業を通してゲノム注釈を高度化するための新しい技術や手法が提案されている。
我々は、Web技術を用いたゲノムアノテーションツール「かずさアノテーション( http://a.kazusa.or.jp )」を開発した。このシステムの有効性を検証するために、2つのタイプの異なる注釈作業を行った。1) 公開分散型で論文からの遺伝子名抽出作業である。平均5名、34ヶ月で植物関連生物14種に対して約7000報の論文全文から175,000以上の遺伝子名の記載情報を抽出した。2) 非公開ジャンボリー型の微生物ゲノム注釈である。30名で6900遺伝子に対して遺伝子注釈を行った。 その結果、我々のシステムで異なるタイプの注釈協働作業が支援できることが確かめられた。 |
微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 37 |
タイトル | 微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010 |
発表者 | ○大山彰1), 森宙史2), 黒川顕2), 菅原秀明3) |
所属 | 1) インシリコバイオロジー, 2) 東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | 我々は2008年に一定の品質のアノテーションを提供するMiGAPの開発に着手した。MiGAPにはb-MiGAP、s-MiGAPならびにg-MiGAPの3種類のモードを用意した。b-MiGAPは完全自動であり、利用者はアノテーションの予備知識を必要としない。一方、s-MiGAP以上はアノテーションに関する知識や経験を有するとし、広範囲なカスタマイズを可能とした。MiGAPはフィーチャー部位同定段階と機能同定段階の2段階に分離されており、部位同定段階から結果を閲覧可能で、閲覧中にも機能同定が同時進行する。結果の型式はDDBJ, EMBL, GenBankの規約に準拠している。複数コンティグからなるドラフト配列も投入可能であり、完全長配列の完成を待たずしてアノテーションを実行可能である。さらに、s-,g-MiGAPはカスタムパイプライン構築機能を有し、分岐や一時停止機能を加えて、利用者がフローを独自に設計し、繰返し利用可能である。
MiGAPは、2009年6月にバクテリア・アーケア対応版を公開後、2010年7月までに440件の解析に利用された。2010年9月には真核微生物対応版を公開した。 |
A course for biological knowledge discovery by handling genome-wide data 情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために:データベースからの知識発見 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 38 |
タイトル | A course for biological knowledge discovery by handling genome-wide data
情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために:データベースからの知識発見 |
発表者 | ○金子聡子1), 瀬々潤2) |
所属 | 1)お茶の水女子大学 生命情報学教育研究センター, 2)お茶の水女子大学 人間文化創成科学研究科 |
発表資料 | |
要旨 | 実験技術の進歩によって、データ解析が研究の律速段階となりつつある。増え続ける多様かつ大規模なデータを効率よく生命現象の解明へとつなげるには、データ管理だけでなく、様々なデータの整理・統合を行い、知識発見へとつなげる「データベース (DB) 高度利用者」の役割が重要になってきている。しかし、DB高度利用者には、生命科学の知識のみならず、情報科学の技術など、多様なスキルが要求されるため、人材養成はあまり進んでいなかった。この人材の欠如に対し、統合データベースプロジェクトではDB高度利用者を養成するために必要な教育課程の策定と実施をお茶の水女子大学に委託し、人材養成を実施している。平成19年度よりDB高度利用者の知識を体系的に扱うカリキュラムを策定し、現在は、学外からの受講者も交え、講義・演習を実施している。なお、本活動で作成した教材は http://togodb.sel.is.ocha.ac.jp/ で閲覧可能である。 |
バイオデータベース構築者養成コースの紹介 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 39 |
タイトル | バイオデータベース構築者養成コースの紹介 |
発表者 | 森下真一, 〇中谷洋一郎 |
所属 | 東京大学大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 |
発表資料 | - |
要旨 | バイオデータベース構築者養成コースの取り組みについて紹介する。養成コースでは、高性能演習用サーバーを用いた実習により基礎的なコンピュータースキルを身につけることを目標として、下記の項目を中心に週一回の演習を行った。
1.OSのインストール、ネットワーク設定、セキュリティー設定。 2.ウェブサーバー設置、データベースのインストール。 3.スクリプトプログラミング、CGIの作成。 4.データベースのミラーサイト構築。 5.独自のウェブサーバー構築のためのウェブプログラミング。 講習スケジュール、講義内容の詳細は次のページから公開している。 http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~nakatani/ensemblmirror/index.php |
統合データベースの教育・人材育成活動〜統合TVとMotDB〜 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 41 |
タイトル | 統合データベースの教育・人材育成活動〜統合TVとMotDB〜 |
発表者 | ○河野信, 小野浩雅, 坊農秀雅 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | |
要旨 | データベースやツールの高度化に伴って、それらを使いこなす人材の育成は急務である。統合TV( http://togotv.dbcls.jp/ )では、これら研究リソースの使い方を初学者でも容易に理解できるように、動画で解説したコンテンツを配信している。また、シンポジウムや講義、講習会などの動画も合わせて公開しており、現在350を越えるコンテンツを提供している。
講習会や講義の資料などはMotDB (Master of the DataBase、http://motdb.dbcls.jp/ )から提供している。次世代の統合データベースを利用する人材”AJACS” (All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)を育成するための講習会(これまでに22回開催)の開催情報や、講習で使用された資料が利用可能である。また、中核機関で実施している人材育成講義、アノテータ養成(長浜バイオ大学)・DB高度利用者養成(お茶の水女子大学)・DB構築者養成(東京大学)の講義資料も閲覧・ダウンロードが可能なので、ご活用いただきたい。 |
文部科学省「統合データベースプロジェクト」の広報・普及活動 | |
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種別 | ポスター発表 |
番号 | 42 |
タイトル | 文部科学省「統合データベースプロジェクト」の広報・普及活動 |
発表者 | 〇髙祖歩美, 箕輪真理 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | |
要旨 | ライフサイエンス統合データベースセンターでは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」の一環として開発・維持されている生命科学系データベース関連のサービスについて様々な広報・普及活動を行っている。
例えば、プロジェクトの一環として開発・維持されているサービスを広く知ってもらい、利用してもらうために関連する学会や展示会にてブースを出展し、シンポジウムやランチョンセミナー、フォーラムを開催している。また、サービスの使いやすさや必要性、開発の方向性についてユーザーからの意見を集めるユーザー評価を年に一度行っている。この評価は、各サービスや取り組みについて選択肢と自由記述欄に記入する専用のウェブサイト( http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=hyouka )を用いて行い、結果はウェブ上で公開して、サービス開発の参考にしている。 この他にもプロジェクトの成果やデータベースを取り巻く権利や倫理などの問題を扱ったシンポジウム( http://symposium.lifesciencedb.jp/ )を開催して生命科学系データベース統合に関する取り組みを紹介している。 |