ポスター発表プログラム

11:10~12:30の間にライフサイエンス系データベースの統合に向けて4省の中でそれぞれの取り組みを実施している機関がその成果をポスターとして発表いたします。

発表者の方へ:ポスターのサイズ等の情報はこちらをご覧下さい。

ポスター番号 代表発表者 所属 タイトル
1 増井徹 医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 医薬基盤研究所が公開する厚生労働省DBについて
2 増井徹 医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 ヒト由来の情報の取り扱いについて
3 森田瑞樹 医薬基盤研究所,JST-BIRD MultiCoMP:機能解明および創薬のための膜タンパク質ダイナミクス・データベース
4 Lokesh P. Tripathi National Institute of Biomedical Innovation (NIBIO) TargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation
5 長村吉晃 農業生物資源研究所 イネ遺伝子発現データベース“RiceXPro”
6 田中剛 農業生物資源研究所 イネアノテーション計画DB (RAP-DB): IRGSP/RAP Build 5
7 並木信和 三菱スペース・ソフ トウエア株式会社 イネ遺伝・育種研究のためのイネ統合ブラウザの開発
8 三原基広 農業生物資源研究所 “SALAD database” – 美味しくSALADを食べるには?
9 村上勝彦 バイオ産業情報化コンソーシアム 経済産業省統合データベースプロジェクト:外部連携による統合の強化
10 山崎千里 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群
11 今西規 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター リンク自動管理システムとID一括変換システム
12 市川夏子 NITE生物遺伝資源情報部門 NITEにおける微生物ゲノム解析と微生物ゲノムデータベースDOGANのリニューアルについて
13 櫻井望 かずさディー・エヌ・エー研究所 植物オミックス統合データベース
14 五斗進 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター ゲノムネットにおける医薬品・化合物データベースの開発
15 下川和郎 東京医科歯科大学 IBMD : 統合医科学データベースの構築
16 山本洋一 大阪大学医学部附属病院臨床試験部 臨床情報データベース:構築の課題から今後の展望
17 小池麻子 日立製作所中央研究所 統合データベースプロジェクトにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース
18 林健志 九州大学大学院農学研究院 我国におけるGWASデータの外部QCとその結果の開示
19 三橋信孝 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス
20 小野浩雅 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』
21 鹿内俊秀 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター 日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB)
22 畠中秀樹 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター TogoProt による蛋白質関連データベースの統合検索
23 杉崎太一朗 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター ライフサイエンス統合データベースの横断検索サービスの現状
24 川本祥子 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 生命科学系データベース情報の収集とポータルサイト構築
25 白木澤佳子 科学技術振興機構 研究基盤情報 バイオインフォマティクス メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro)
26 坂東明日佳 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 「生命科学系データベースアーカイブ」の成果と今後
27 飯田啓介 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 統合データベースプロジェクトの新しい日本語コンテンツ「新着論文レビュー」
28 森山丈士 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 生物学名和名対訳辞書の構築と公開
29 原一夫 奈良先端科学技術大学院大学 コーパスに出現するライフサイエンス分野の専門用語の同定とシソーラスへのマッピング
30 山本泰智 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 論文執筆の際に役立つサービスの紹介
31 皿井明倫 九州工業大学 情報工学部 生体分子の熱力学データと構造データの統合
32 中尾光輝、山口敦子 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター ウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(1)
33 中尾光輝、山口敦子 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター ウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(2)
34 土井考爾 理化学研究所生命情報基盤研究部門 セマンティックウェブ技術による理研データベース群の標準化と公開化
35 田代俊行 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター ライフサイエンス統合DBプロジェクト ワークフロー 2010
36 岡本忍 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, かずさディー・エヌ・エー研究所 多様なゲノム注釈のためのツールと協働作業手法の開発
37 大山彰 インシリコバイオロジー 微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010
38 金子聡子 お茶の水女子大学 生命情報学教育研究センター 情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために:データベースからの知識発見
39 中谷洋一郎 東京大学大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 バイオデータベース構築者養成コースの紹介
40 阿部貴志 長浜バイオ大学 次世代シーケンサーによる個人ゲノム解読を含む大量配列解析の時代に必要となる人材の育成、並びにシニア世代研究者との共同作業によるデータベースの高品質化
41 河野信 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 統合データベースの教育・人材育成活動〜統合TVとMotDB〜
42 髙祖歩美 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 文部科学省「統合データベースプロジェクト」の広報・普及活動
43 箕輪真理 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター データ・情報の円滑な利用に向けた権利関係の整理の試み
44 Yuichi Kodama DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive

ポスター情報

(1) ポスター貼付、掲示、説明、撤去時間
貼付 9:30~10:30
掲示 10:30~15:30
説明 11:10~12:30
撤去 15:00~15:30 (休憩時間中)
*説明の時間は、ご自分のポスターの前に立ちポスターの説明をお願いいたします。
(2) 掲示場所
シンポジウム会場、武田ホールホワイエ内のポスターボードです。
ポスターボードの左上隅には、ポスター番号が貼ってありますので所定のボードに掲示してください。
(3) 掲示スペース
掲示スペースはW85cm×H160cmです。A0サイズのポスターがちょうどよい大きさです。
(4) ポスター撤去
ポスターは、休憩時間(15:00~15:30)の間に撤去してください。
15:30以降に掲示されているポスターについては事務局が撤去いたします。あらかじめご了承ください。
(5) デモについて
ポスター発表の会場内には電源のご用意がございませんのでご注意ください。
デモ用に無線LANの使用をお申し出になった発表者には事前に事務局より詳細をお知らせいたします。
(6) その他
ポスター上部には、演題名・発表者および所属を記してください。
代表発表者の氏名の前に〇印を付けて下さい。
ポスター掲示に必要な押しピンは事務局で用意いたします。
(7) ご質問等ございましたら事務局までお問い合わせください。

ポスター詳細

医薬基盤研究所が公開する厚生労働省DBについて
種別ポスター発表
番号1
タイトル医薬基盤研究所が公開する厚生労働省DBについて
発表者○増井徹1), 竹村清1), 山田弘2), 水口賢司3), 古江美保4), 高橋一朗5), 松田潤一郎6), 亀岡洋祐5), 川原信夫7), 坂口由希1), 松下京子1)
所属1)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 政策・倫理研究室, 2)医薬基盤研究所 創薬基盤研究部 トキシコジェノミクスインフォマティクスP, 3)医薬基盤研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト, 4)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 培養資源研究室, 5)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 難病資源研究室, 6)医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 疾患モデル小動物研究室, 7)医薬基盤研究所 薬用植物資源研究センター
発表資料PDF
要旨医薬基盤研究所は厚生労働省の研究機関である。そこが保有する公開可能なデータベースについて紹介するとともに、その統合の課題について検討する。以下にそのデータベースのリストを紹介する。
1.薬用植物資源研究センター  薬用植物データベース    http://mpdb.nibio.go.jp/fmi/iwp/
2.生物資源バンクホームページ  http://bioresource.nibio.go.jp/
2−1. 細胞バンクデータベース  http://cellbank.nibio.go.jp/wwwjcrb2.htm
2−2. 遺伝子バンクデータベース  http://genebank.nibio.go.jp/
2−3. 疾患モデル小動物バンクデータベース   http://animal.nibio.go.jp/
3.トキシコゲノミックスデーターベース  (今年度公開予定)
4.疾患ゲノムデータベース(GeMDBJ;Genome Medicine Database of Japan) https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/ChangeLocaleToJa.do
5.Medical Bioresource Database http://mbrdb.nibio.go.jp
6.難病研究資源バンクデータベース http://raredis.nibio.go.jp/index.html
7.新規創薬ターゲット同定支援データウェアハウス (今年度公開予定)
ヒト由来の情報の取り扱いについて
種別ポスター発表
番号2
タイトルヒト由来の情報の取り扱いについて
発表者○増井徹, 竹村清, 坂口由希, 松下京子
所属医薬基盤研究所 難病・疾患資源研究部 政策・倫理研究室
発表資料PDF
要旨2009年度に発表された統合データベースのタスクフォースの報告書( http://johokanri.jp/stiupdates/contents/2009/06/003233.html )の中では、「人体に由来するデータ等の取り扱い」についての検討の必要性が 謳われている。人体に由来するデータのデータベース化、二次利用、第三者提供については、個人情報となり得る可能性によって論議されるわけである。現在の技術的な水準からすると、個体識別される可能性が高い。また、現在の医学・生物学研究は、臨床のデータを、それも追跡データも入手できる形での体制が重視されており、実際に海外ではそのような形の研究体制が組まれている。このように、研究用のデータベースと、臨床の電子カルテの距離が近くなる中で、政府は臨床のデータの保護の対策の充実を図っている。本発表では、ここで問題となる問題を整理して、その回答の可能性についての事案について発表する。
MultiCoMP:機能解明および創薬のための膜タンパク質ダイナミクス・データベース
種別ポスター発表
番号3
タイトルMultiCoMP:機能解明および創薬のための膜タンパク質ダイナミクス・データベース
発表者○森田瑞樹, KATTA AVSK Mohan, AHMAD Shandar, 水口賢司
所属医薬基盤研究所,JST-BIRD
発表資料PDF
要旨3万あるヒトの遺伝子のうち,膜タンパク質をコードしているものは3分の1程度と考えられている。一方で,これまでに上市された医薬品のターゲットの約半数を膜タンパク質が占めており,今後も膜タンパク質は創薬ターゲットとして重要であり続けると考えられている。膜タンパク質は生体膜内外の選択的な物質の透過・輸送を助け,この機能を発揮するために膜タンパク質立体構造のダイナミクスが大きな役割を果たしている。そこで,膜タンパク質の機能の解明を目指した研究および創薬研究のために,私たちは膜タンパク質ダイナミクスのデータベースを開発している。本データベースのWebインターフェースからは,キーワードやPDB IDなどを用いて立体構造が決定されている膜タンパク質を検索し,Webブラウザ上でその膜タンパク質の複数コンフォメーションの比較,解析結果の参照などができる。
TargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation
種別ポスター発表
番号4
タイトルTargetMine, an integrated data warehouse for candidate gene prioritisation
発表者Yi-An Chen, ○Lokesh P. Tripathi, Kenji Mizuguchi
所属National Institute of Biomedical Innovation (NIBIO)
発表資料-
要旨We have developed TargetMine, an integrated data warehouse for retrieval of target genes and proteins for experimental characterisation and drug discovery. TargetMine employs the flexible InterMine framework, which ensures that different types of biological data can be readily added and combinations of data analysed to generate new hypothesis. It enables complicated searches that are difficult to perform with existing tools and thus assists in efficient target prioritisation. We also propose an objective protocol for identification of candidate genes for further investigations.
イネ遺伝子発現データベース“RiceXPro”
種別ポスター発表
番号5
タイトルイネ遺伝子発現データベース“RiceXPro”
発表者佐藤豊1), B. アントニオ1), 杉本和彦1), 竹久妃奈子1), 並木信和2), 本山立子1), ○長村吉晃1)
所属1)農業生物資源研究所, 2)三菱スペース・ソフ トウエア株式会社
発表資料-
要旨2004年12月、イネの全ゲノム塩基配列(約3.8億塩基のDNA配列)が解読され公開された。ゲノム解読の結果、イネの遺伝子は約3万2千個あると予測されたが、その約40%の遺伝子の機能は未知である。そこで我々は、茨城県つくば市の圃場で約1万個体の日本晴を育成して、イネの生育段階に合わせた根、穂、種子等の様々な組織・器官のサンプリングや6月から9月まで毎週48時間の連続サンプリング(2時間毎)を行い、すべての遺伝子がいつ、どこで、どれくらい発現しているか?マイクロアレイを使って調査した。6月〜9月における48時間/週の連続サンプリング結果から、1)多くの遺伝子は、1日の内の発現のピークが明け方、昼、夕方、深夜に存在する。2)多くの遺伝子は時間(時計)を正確に刻んでいる。3)時期特異的に発現する遺伝子が存在する。ことが明らかになった。また、遺伝子には、葯、根、胚乳等の特定の組織や器官で発現しているものもあり、新たな知見が集積されている。収集した遺伝子発現情報は、“RiceXPro”としてデータベース化している。
イネアノテーション計画DB (RAP-DB): IRGSP/RAP Build 5
種別ポスター発表
番号6
タイトルイネアノテーション計画DB (RAP-DB): IRGSP/RAP Build 5
発表者○田中剛, 坂井寛章, 沼寿隆, 天野直己, 伊藤剛
所属農業生物資源研究所
発表資料-
要旨イネアノテーション計画データベース(RAP-DB、http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ )は国際イネゲノム解読プロジェクト(IRGSP)が決定したイネゲノム配列のアノテーションデータベースである。IRGSPによる2008年のゲノム配列更新に伴い(IRGSP Build 5)、新しいアノテーションデータ(IRGSP/RAP Build 5)を作成した。これまでの転写産物情報に基づく遺伝子構造の決定に加えて、異種単子葉植物の完全長cDNA(FLcDNA)やタンパク質情報を用いた遺伝子構造予測を新たに加え、転写・発現情報のある34,781遺伝子座を決定した。更に、転写産物の証拠がない9,974遺伝子座を予測遺伝子プログラムで予測した。これらのデータとゲノム配列の明らかになったソルガム・トウモロコシ・シロイヌナズナの遺伝子セットを利用してMCL法と相同性検索を利用した遺伝子ファミリー作成を行い公開している。現在インディカ種やソルガムとのゲノムアラインメントデータを作成・公開しており、RAP-DBが穀類の比較ゲノム解析を推進するデータベースとなることを目指している。
イネ遺伝・育種研究のためのイネ統合ブラウザの開発
種別ポスター発表
番号7
タイトルイネ遺伝・育種研究のためのイネ統合ブラウザの開発
発表者○並木信和2), 宮尾安藝雄1), 佐藤豊1), B. アントニオ1), 清水裕司2), 長村吉晃1)
所属1)農業生物資源研究所, 2)三菱スペース・ソフ トウエア株式会社
発表資料-
要旨国際イネゲノム配列解読コンソーシアム(IRGSP,10の国と地域で構成)により、イネの全ゲノム塩基配列(約3.8億塩基のDNA配列)が解読され、2004年12月に公開された。このイネゲノム配列に詳細な遺伝子注釈をつけたゲノム情報がRAP-DB( http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ )より公開されている。このゲノムデータベースの他にも、主にRFLPマーカーにより作成されているイネ遺伝地図情報、BAC/PACによる物理地図情報、農業形質に関するQTL情報、イネ完全長cDNA情報等のデータベースが作成され、それぞれ独立した型で有効に利用されているが、利便性の観点から、改良の余地があった。さらに、これまでのデータベースは、利用者のターゲットを生命科学研究者を想定して作成されたものが多く、育種研究者の利用と言う視点で作成されたものはほとんど存在しなかった。本課題では、育種家の利用促進を考慮し、個々のデータベースとして公開されていたこれらの情報を有機的に連携し、ユーザーフレンドリーな統合ブラウザを開発・公開した。本ポスターでは、イネ統合ブラウザの機能、解析ツール等を紹介する。
”SALAD database” - 美味しくSALADを食べるには?
種別ポスター発表
番号8
タイトル”SALAD database” - 美味しくSALADを食べるには?
発表者○三原基広, 伊藤剛, 井澤毅
所属農業生物資源研究所
発表資料PDF
要旨我々は、ゲノム情報からのプロテオーム情報がそろっている植物種を対象に、推定アミノ酸配列の類似性を指標にした比較ゲノムデータベースSALAD databaseを開発してきた(Mihara et al. NAR(database issue) 2010)。本ポスターでは、イネ・シロイヌナズナを含む10種の植物種の比較解析が簡単に行えるSALAD database(Ver.3)の基本的な機能から応用的な使い方までを紹介する。SALAD on ARRAYsは、類似遺伝子間の発現比較が一画面で簡単にできるという、他には無い特徴をもつマイクロアレイビュワーである。これまでに、シロイヌナズナとイネといったモデル植物の1000を超える公開マイクロアレイデータを搭載している。Blasting SALAD 解析は、ユーザの興味ある配列を使って幅広い生物種(phytozome等のデータベースを利用して17種以上の生物種を利用可能)から、相同性のある50個のアミノ酸配列セットをBLAST検索の結果から自動生成し、SALADと同じ比較解析ができるインタラクティブ解析機能である。特定のパラログ・オーソログの探索等を効率的に行える。
経済産業省統合データベースプロジェクト:外部連携による統合の強化
種別ポスター発表
番号9
タイトル経済産業省統合データベースプロジェクト:外部連携による統合の強化
発表者○村上勝彦1), 松矢明彦1), 間宮健太郎1), 山崎千里2), 岸本晃彦1), 今西規2), 五條堀孝2), 3)
所属1)バイオ産業情報化コンソーシアム, 2)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター, 3) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
発表資料-
要旨我々は、2008年度から経済産業省「統合データベースプロジェクト」を実施している。まず経産省ライフサイエンス関連成果物のポータルサイトMEDALSを立ち上げ、データベース、ソフトウエア、プロジェクトの便覧を公開し、成果物等の詳細情報を載せた(成果物件数106件)。また、2010年5月には経産省関連の21 データベースを横断して検索できる機能を正規に公開すると同時に、文部科学省の統合データベースプロジェクトとデータを相互提供して合計250件以上を検索可能にし、省を超えた横断検索を実現した。MEDALS横断検索では独自に「追加キーワードの提案機能」や「同義語検索」の機能を加えている。また、データベースの関係を把握しやすくするため、相関図のページをつくっている。一方、ヒトの分子データ統合のためヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBに外部機関による新規情報を追加した。産総研・糖鎖医工学研究センターの糖鎖修飾の情報(糖タンパク質データベース)と、独立行政法人製品評価基盤機構(NITE)のヒトcDNAクローン情報をH-InvDBにのせた。
ヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群
種別ポスター発表
番号10
タイトルヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBと関連データベース・ツール群
発表者○山崎千里1), 武田淳一1), 羽原拓哉1), 世良実穂1), 原雄一郎1), 小川誠2), 3), 野田彰子1), 坂手龍一1), 村上勝彦2), 今西規1), 五條堀孝1), 4)
所属1)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター, 2)バイオ産業情報化コンソーシアム, 3)株式会社 ダイナコム, 4)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
発表資料-
要旨H-Invitational Database (H-InvDB)はヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースである。ヒト遺伝子の構造、 選択的スプライシング、 機能性RNA、タンパク質としての機能、 機能ドメイン、 細胞内局在、 代謝経路、 立体構造、 疾病との関連、 遺伝子多型、 遺伝子発現、 分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用、遺伝子ファミリーなどの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供している。最新のH-InvDB release 7.5では、44,886のヒト遺伝子クラスター(遺伝子座)を定義し各種アノテーション情報を付与して http://www.h-invitational.jp/ より公開している。
H-InvDBではデータをプログラムから利用することができるwebサービスを公開し、糖鎖遺伝子、糖タンパク質、機能性RNAや多型等有用なヒト分子情報の統合化を行っている。更に、遺伝子構造・機能・発現・進化など16のコンテンツの任意の組み合わせで複合検索ができる検索ナビゲーションシステムや、データマイニングツール(HEAT)、テキストマイニング(LEGENDA)や自動アノテーションツール(TACT)等の関連データベース・ツール群も提供しており、さまざまな研究ニーズに応えることができる。
リンク自動管理システムとID一括変換システム
種別ポスター発表
番号11
タイトルリンク自動管理システムとID一括変換システム
発表者〇今西規
所属産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム
発表資料-
要旨生命科学分野の公開データベースの間のリンクを自動で維持・更新するしくみ を開発し、「リンク自動管理システム Hyperlink Management System」として 公開している( http://biodb.jp/ )。ここでは、指定されたIDに対応するさま ざまなIDを一度に表示する「All Database Search」の機能をはじめ、「ID一括変換システム」や「ID対応表のダウンロード」などの便利なサービスを提供している。現在までに、ヒトおよびマウスの分子情報を扱う世界の18機関、 46種類のデータベースに対応した。本システムはデータベース構築に携わる開発者の負担を軽減するだけでなく、常に最新のデータへのリンクが保証されるため利用者にも大きなメリットがある。また、一般の研究者がデータベースやホームページを作成する際にも、本サイトが提供するCGIを呼び出すことによって「切れない」リンクを簡単に設定することができ、利用価値が高い。われわれは、本システムを発展させ、世界中に散在する生命情報関係の主要なデータベースをバーチャルに「統合化」してゆくことをめざしている。
NITEにおける微生物ゲノム解析と微生物ゲノムデータベースDOGANのリニューアルについて
種別ポスター発表
番号12
タイトルNITEにおける微生物ゲノム解析と微生物ゲノムデータベースDOGANのリニューアルについて
発表者○市川夏子, 澤野寿彦, 関川智洋, 山崎秀司, 藤田信之
所属NITE生物遺伝資源情報部門
発表資料PDF
要旨 NITEでは日本を代表する微生物を中心とした中核的な生物遺伝資源機関として、NBRCから有用な生物遺伝資源を提供すると共に、ユーザーが微生物を利用しやすくするため、黄色ブドウ球菌や麹菌などの産業に有用な微生物や系統的に基準となる微生物を中心としてゲノム解析等を行いその情報を提供しています。現在では45種の微生物の解析を行い、この情報はDOGAN (Database of the Genomes Analyzed at NITE)で公開しています。
 今夏、ユーザーからの要望等を反映し、より見やすく、より快適に、ゲノム情報や高精度なアノテーション情報をご利用頂くために、ゲノムマップやORF情報を中心としたDOGANのリニューアルを行いました。
 一例として、ゲノムマップのAjaxの採用により快適性の向上を図り、ポップアップによるORFの詳細情報やクローン情報、発現解析(プロテオーム解析)により同定されたペプチドの情報、アノテーターがつけた詳細な遺伝子情報、NITEにおいて確認されたORFの活性残基の情報がご覧いただけます。
 新DOGAN URL: http://www.bio.nite.go.jp/dogan/
植物オミックス統合データベース
種別ポスター発表
番号13
タイトル植物オミックス統合データベース
発表者鈴木秀幸, ○櫻井望, 荒武, 尾形善之, 秋元奈弓, 柴田大輔
所属かずさディー・エヌ・エー研究所
発表資料-
要旨かずさDNA研究所・産業基盤開発研究部・ゲノムバイテク研究室では、新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)より、“植物の物質生産プロセス制御基盤技術開発”プロジェクト(平成14年度から平成21年度まで)を受託し、工業原材料を効率よく植物に生産させるために、代謝産物解析の基盤となるリソースの整備を進め、工業生産に重要な代謝系の解析を進めてきた。かずさDNA研究所が所有している網羅的代謝産物解析(メタボローム解析)の技術及び遺伝子配列解析の技術を活用し、植物バイオ産業界の各企業と密に連携してそれぞれの研究を遂行した。本プロジェクト中の研究成果を集約して、「植物オミックス統合データベース」として構築したのでここに報告する。植物オミックス統合データベースは、メタボローム分析公開件数で世界最大級のMassBaseをはじめとするメタボローム解析データベースと植物由来の大量のDNAマイクロアレイデータから発現協調性の相関関係を集積したCoPをはじめとする代謝遺伝子の包括的解析データベースに大別される。さらに、遺伝子・代謝物を統合解析するための代謝マップ解析ツールKaPPA-View4を構築した。これらのデータベースは産業・基礎生物学への波及効果が期待される。
ゲノムネットにおける医薬品・化合物データベースの開発
種別ポスター発表
番号14
タイトルゲノムネットにおける医薬品・化合物データベースの開発
発表者○五斗進, 時松敏明, 小寺正明, 守屋勇樹, 薮崎純子, 中川善一, 服部正泰, 金久實
所属京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
発表資料PDF
要旨京都大学では、2007年度から文部科学省統合データベースプ ロジェクトにおいて、ゲノムネット医薬品データベースと化合物データベースを開発してきた。医薬品データベースでは日本医薬情 報センター(JAPIC)の医療用・一般用医薬品添付文書情報を ベースに、文献データベースへのリンクやKEGGの医薬品関連 データとの統合を実現してきた。また、化合物データベースでは、KEGG の化合物系データベースを核として、LinkDBの仕組みを用い て、無料のバイオ系化合物データベースに順次リンクを張ることに よって統合化を実現している。さらに、これらの化合物構造を解析するためのツールとして、類似構造検索システムやパスウェイ予測システムを実現し、公開している。本プロジェクトで開発したデータベースやツールは、すべてゲノムネット( http://www.genome.jp/ja/ )からアクセスできる。
IBMD : 統合医科学データベースの構築
種別ポスター発表
番号15
タイトルIBMD : 統合医科学データベースの構築
発表者○下川和郎1), 井戸敬介1), 広井嘉栄1), 小田夏奈江1), 中谷純1), 古崎晃司2) , 山本洋一2), 田中博1)
所属1)東京医科歯科大学, 2)大阪大学
発表資料-
要旨IBMD : 統合医科学データベースは、統合データベース中核機関との連携の下で、東京医科歯科大学と大阪大学とが分担機関となって作成が進められている。本データベースは、東京医科歯科大学がんデータベース、大阪大学神経難病データベースそして国立がんセンターデータベースを疾患横断的にセマンティック統合することにより意味的検索を可能にした統合データベースと、臨床、病理情報から分子オミックス情報までを軸として統合したデータベースによって成り立っている。 前者のデータベースでは、疾患横断的、分子階層ネットワーク横断的な統合データベースの構築とその有機的検索を可能としており、後者のデータベースでは、各患者の臨床症状やエックス線、超音波などによるイメージデータ、薬歴や、病理学的な調査結果から遺伝子発現プロフィールまでの包括的な病気情報を容易に閲覧、調査することができる Web インターフェースを備えている。 また本事業では統合情報医科学データベースの構築に必要となる情報倫理検討についても作業を進めており、この調査結果についても発表する。
臨床情報データベース:構築の課題から今後の展望
種別ポスター発表
番号16
タイトル臨床情報データベース:構築の課題から今後の展望
発表者○山本洋一1), 古崎晃司2), 溝口理一郎2), 下條真司3), 濱崎俊光4)
所属1)大阪大学医学部附属病院臨床試験部, 2)大阪大学産業科学研究所, 3)大阪大学サイバーメディアセンター, 4)大阪大学大学院医学系研究科
発表資料PDF
要旨我々は、平成17年より阪大病院とその関連病院が参加した、パーキンソン病患者の臨床経過、使用薬剤等の一般診療情報を収集する臨床情報データベース(DB)に取り組んできた。また、「ライフサイエンス分野の統合DB整備事業」の一環として、「統合医科学DB」(分担機関:東京医科歯科大学)と統合するための、統合技術開発を行ってきた。臨床情報DBは、医療現場での日常診療における様々な疑問に答え、患者に還元されることを目的としている。臨床情報DBの特異性として、情報が固定されず入力済みの情報に追加記載していくこと、長期間の多数のデータを収集することで、そのDBの有用性が示されるなどが挙げられる。ここでは、臨床情報DBの必要性と、取り組みの中で我々が直面した臨床情報DB構築・維持・利用・公開の問題点と解決策、統合に関わる課題について整理する。そして、臨床情報DBが発展していくための課題を示し、今後の展望を考察する。
統合データベースプロジェクトにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース
種別ポスター発表
番号17
タイトル統合データベースプロジェクトにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース
発表者○小池麻子1), 西田奈央2), 吉田真希子1), 井ノ上逸朗3), 辻省次4), 徳永勝士2)
所属1)日立製作所中央研究所, 2)東京大学大学院医学系研究科, 3)東海大学医学部, 4)東京大学医学部附属病院
発表資料PDF
要旨近年の遺伝子多型・変異解析技術の発展に伴って表出したデータ管理の問題に応えるために、我々は、データの半永続的な一元管理と研究者間の情報共有による個別疾患研究、及び遺伝統計学研究の促進を目指し、ヒトゲノムバリエーションデータベースを構築し、データのサブミッションを広くお願いしている( https://gwas.lifesciencedb.jp/ )。本データベースは、GWASの研究を対象としたDBと個別の疾患を対象としたmutation DBからなる。前者として、健常対照群のSNPデータを登録した標準SNP DB、ゲノムワイドなSNP関連解析結果を登録したGWAS DB、健常対照群のコピー数変異を登録したCNVDB、及びコピー数変異の関連解析結果を登録したCNV関連解析DBを構築しており、GWAS研究者だけでなく個別疾患の研究者にも広く利用して頂けるDBを目指している。後者は筋萎縮性側索硬化症などの神経変性疾患について、疾患ごとに変異と臨床情報を登録しており、臨床現場でも役立つDBを目指している。
本発表では、これらのDBの概要とともにデータのサブミッションと再配布の手続きについて紹介する。
我国におけるGWASデータの外部QCとその結果の開示
種別ポスター発表
番号18
タイトル我国におけるGWASデータの外部QCとその結果の開示
発表者○林健志
所属九州大学大学院農学研究院
発表資料PDF
要旨DNAマイクロアレイを用いた疾患のゲノムワイド関連解析(GWAS)研究は我が国においても公的資金を投じて数多く行われ、一部の結果が公開データベース化されている。しかしこれらデータベースにあるデータの質に関する透明化が十分であるとは言い難い。そこで我々は、当該公開データベースにあるGWASデータの品質管理(データQC)を第三者的立場から標準的且つ一貫した方法で行い、その結果をWEB上で公開する。これにより我が国のGWAS研究の透明化の促進を図る。GWASデータは試料の遺伝的背景に関する膨大な情報を含み、関連解析以外にも人類遺伝学、法医学等の研究分野での利用価値が高い。外部研究者によるこれらのデータの再利用時の判断材料としてもここに提供する情報が役立つことを期待している。ここに提供する情報は各疾患のGWASで記載されたジェノタイプデータに関する以下の5項目である。
1.試料のコールレートによるQC
2.SNPマーカーのコールレートによるQC
3.コールレートの疾患・対照群間での偏りの検定
4.試料間での血縁関係の有無
5.集団内階層化の検討
BodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス
種別ポスター発表
番号19
タイトルBodyParts3DとAnatomography: 3次元人体構造データベースと人体解剖図作成サービス
発表者○三橋信孝1), 藤枝香1) ,今井紫緒1), 田村卓郎2), 川本祥子1), 高木利久1), 3), 大久保公策1), 3)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)ビッツ株式会社, 3)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
発表資料PDF
要旨BodyParts3D(ボディパーツ3D、http://lifesciencedb.jp/bp3d )は、解剖学用語が示す人体の部品(臓器)の位置と形状を3次元モデル(ポリゴン)で記述したデータベースである。2010年8月現在、1,314モデルが登録済である。医療臨床現場で利用可能な分解度と精度を目指して、解剖学教科書やアトラス、模型を参照しながら、3次元CADを用いてモデルの追加や改良を行っている。2010年4月に胸部モデルを更新し、全身の筋肉を追加した。ポリゴンデータはダウンロード自由で、バイオインフォマティックス研究等で活用できる。一方、Anatomography(アナトモグラフィー)は、視点、臓器の色・透過度を自由に設定してBodyParts3Dの臓器モデルからなる人体のモデル図を描くためのツールである。モデル図からは、臓器の位置や形状だけでなく、他の臓器との包含(part-of)関係も木構造の解剖学オントロジーより直感的に理解できるため、Wikipedia等で利用されている。マウス操作だけで臓器の回転・移動・拡大縮小・選択可能な新GUIが利用可能になり、選択された臓器の名称だけでなくFMA(解剖学オントロジー)上でis-aやpart-of関係の解剖名称も表示できる。また医生物学研究で部位別に得られる定量データを色情報に変換してBodyParts3D上に表現したヒートマップも作成可能である。
遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』
種別ポスター発表
番号20
タイトル遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』
発表者◯小野浩雅1), 大久保公策1), 2), 高木利久1), 2), 坊農秀雅1)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
発表資料PDF
要旨RefEx (Reference Expression dataset; http://togoexp.dbcls.jp/RefEx/ )は、DBCLS が提供する4種類の異なる手法 (EST, GeneChip, iAFLP, CAGE)によるヒトおよびマウスの遺伝子発現データのリファレンスデータセットである。複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能となるウェブインターフェースが用意されていることに加えて、個々の遺伝子については染色体領域や遺伝子ファミリー(InterPro)、Gene Ontologyに基づく生物学的機能別に検索ができる他、発現パターンから探すことが可能になっている。
これまで蓄えられてきた臓器別の遺伝子発現データに加えて、実験で頻繁に用いられる各種細胞株のデータや、最近急速に蓄積しだしているRNA-seqによる遺伝子発現データも順次リファレンス化していく予定である。
今回の発表では、RefExの開発状況や今後の展望について紹介し、実験生物学者が真に必要とする遺伝子発現リファレンスDBを開発するために多くの意見や要望を得る機会としたい。
日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB)
種別ポスター発表
番号21
タイトル日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB)
発表者〇鹿内俊秀, 鈴木芳典, 藤田典昭, 文紅玲, 前田真砂子, 新間陽一, 成松久
所属産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
発表資料-
要旨文部科学省ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの中で、糖鎖に関連するデータベースを保有している国内の研究機関や大学や企業などと協力しながらデータベースの統合を進めております。これまでに糖鎖関連キーワードによる横断検索と糖鎖構造による統合検索を公開しております。今年度は、糖鎖研究領域に接する研究領域の研究者が糖鎖研究を始められるように、オンラインプロトコルの整備を行い公開しました。また、感染分野では病原体と糖鎖のデータベースを、癌領域では腫瘍マーカーのデータベースを公開しました。我々の最終目標として、これまで開発してきたデータベースを融合し、直感的に利用できる統合検索の技術開発とインターフェースの開発を行っております。
TogoProt による蛋白質関連データベースの統合検索
種別ポスター発表
番号22
タイトルTogoProt による蛋白質関連データベースの統合検索
発表者○畠中秀樹1), 平井信一1), 2), 多門啓子2), 大野忠2), 牧口大旭2), 奥村利幸2), 川本祥子1), 中村春木1), 3), 高木利久1)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)三井情報株式会社, 3)大阪大学 蛋白質研究所
発表資料PDF
要旨 今年度正式公開した「TogoProt」( http://lifesciencedb.jp/togoprot/ )は、散在する多数の蛋白質関連データベースの中を検索し、情報を蛋白質ごとにまとめて一覧できるサービスである。
 現在TogoProtは、国内外の様々な蛋白質関連データベースを40件以上収録している。その中には立体構造、理論計算、物性・計測、相互作用、変異、機能・活性、局在・制御、事典・図鑑などのデータベースがあり、UniProtなどの先行サービスでカバーされていない情報も多数含まれている。
 TogoProtでユーザが蛋白質ごとにまとめてデータを一覧できるのは、あらかじめデータの各々にUniProt accessionなどの蛋白IDを付加してあるからである。蛋白質ファミリーのIDやPDBIDも付加してあるので、ファミリーごとにデータをまとめて一覧したり、特定の立体構造に関連したデータに限って一覧したりすることもできる。
 今後はこのTogoProtをさらに実用的なものにするために、他のサイトと広く連携していきたいと考えている。
ライフサイエンス統合データベースの横断検索サービスの現状
種別ポスター発表
番号23
タイトルライフサイエンス統合データベースの横断検索サービスの現状
発表者○杉崎太一朗1), 2), 牧口大旭2), 高橋順子2), 平井信一1), 2), 奥村利幸 2), 谷口仁1), 畠中秀樹1), 川本祥子1), 高木利久1)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)三井情報株式会社
発表資料PDF
要旨ライフサイエンス統合データベースプロジェクトでは、インターネット上に公開されている生命科学系データベースを対象としたキーワード検索システムを開発し、検索サービスとして提供している。専門性の高いデータベースを検索対象とすることで、利用者である研究者が知りたい情報を迅速に取得出来、研究の現場で活用することを目的としている。2010年7月時点で、国内を中心とする約250件以上のデータベースが検索可能で、特に経産省との協力体制の下、データベースの相互利用を可能とする機能を追加公開した。
生命科学系データベース情報の収集とポータルサイト構築
種別ポスター発表
番号24
タイトル生命科学系データベース情報の収集とポータルサイト構築
発表者〇川本祥子
所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
発表資料PDF
要旨生命科学分野のデータベース(DB)について問題点としてまずあげられるのが、DBが散在し所在情報や利用方法が分からないということである。網羅的なデータ解析をともなう研究の増加とともにWWW上で公開されるDBの数も年々増加する一方で、しかも、それぞれ形式が異なるため、データの統合的な利用の妨げとなっている。
このような状況を打開するため、統合DBプロジェクトでは、国内のDB所在情報を調査収集し、利用者からDBが発見しやすくなるよう、生命科学系DBカタログを提供している。集められた情報はカタログのインタフェースを利用して、分類のツリーやサムネイルなどから予備知識無しに検索、閲覧することが可能である。
課題はデータベース調査の網羅性の確保、メタデータの信頼性確保、メタデータの統一、である。現在、平成23年度から開始される4省合同のデータベース作製のため、それらの課題を克服するべく、データベースの統合と見直しを進めている。
メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro)
種別ポスター発表
番号25
タイトルメタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro)
発表者○白木澤佳子1), 黒田雅子1), 小池俊行1), 安田絵美1), 佐藤早苗1), 藤田晶子1), 河村明子1), 内田信裕1), 西村佑介1), 大木章夫1), 飯田創治1), 西澤達也2), 谷口丈晃3)
所属1)科学技術振興機構 研究基盤情報 バイオインフォマティクス, 2)株式会社情報数理研究所, 3)三菱総合研究所
発表資料PDF
要旨ライフサイエンス分野の研究情報基盤整備のため整備しているサイトを紹介します。
統一的なデータの概念、表現、定義を提供することで、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用を可能とし、新たなデータセットに対するメタデータ要素の作成を支援するサイトをテストサイト「ライフサイエンス分野のメタデータ要素レポジトリ」(MDeR: http://mder.jst.go.jp/ )として提供しています。
また、WINGpro( http://wingpro.lifesciencedb.jp/ )は、利用者を最適なデータベースに案内するサイトです。これは、利用者からの書き込み追加が可能な「MediaWiki」を利用しており、コンテンツの充実と即時性が見込め、利用方法などの情報交換の場を提供できる仕組みです。
本成果は文部科学省ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業の一環として行われた研究開発によるものです。
「生命科学系データベースアーカイブ」の成果と今後
種別ポスター発表
番号26
タイトル「生命科学系データベースアーカイブ」の成果と今後
発表者○坂東明日佳, 熊谷禎洋, 八塚 茂, 西川哲夫, 畠中秀樹, 大久保公策, 高木利久
所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
発表資料PDF
要旨「生命科学系データベースアーカイブ」( http://dbarchive.lifesciencedb.jp/ )は、公的資金により産生されたデータを将来にわたり誰もが容易に活用できるよう、データベースを丸ごとダウンロード可能な形で維持するサービスである。2009年にサイトを始めて以来、33件のデータベースについてアーカイブを公開してきた(2010年7月現在)。サイトでは、分かりやすい利用許諾条件とデータの説明(メタデータ)を提示することで、データ生産者側と利用者側がともに安心してデータ共有できる場を実現した。さらに、データの一覧や部分ダウンロードも可能な簡易検索ページを併設することで、データの多目的利用の促進を図っている。現在は、文部科学省所管プロジェクト公募要領でのデータ提供の明文化や省庁の枠を超えたデータ共有の動きなどに対応して、データ生産者自身によるアーカイブ構築を支援するガイドラインの作成など、受け入れ態勢の強化を検討している。今後は関連プロジェクトとの連携をより一層深めながらこれらの取り組みを発展させていきたい。
統合データベースプロジェクトの新しい日本語コンテンツ「新着論文レビュー」
種別ポスター発表
番号27
タイトル統合データベースプロジェクトの新しい日本語コンテンツ「新着論文レビュー」
発表者〇飯田啓介, 中尾光輝, 川本祥子, 高木利久
所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
発表資料PDF
要旨統合データベースプロジェクトにおける日本語コンテンツとして新たに、Nature、Science、Cellなどのトップジャーナルに掲載された日本人を著者とする論文について、著者自身の手により日本語のレビューを執筆いただいてWeb上にて無料で公開する「新着論文レビュー」を開始する。広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、とくに生命科学において専門分野の異なる人を読者として意識する。論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果や結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯やバックグラウンド、および、将来の展望などもあわせて示す。また、よりわかりやすいものとするため、用字・用語の統一にくわえて、生命科学専門の編集者の視点から一文一文を吟味して大胆な修正を行っている。論文の出版から1か月以内、毎週1本以上、年間50本以上の公開を目標とする。サイエンスコミュニティの共有物として、出典およびクレジットの明記を条件に転載・改変・再利用(営利目的での二次利用も含め)を自由に行えるものとし、図に関してはPowerPointファイルとしてダウンロードして自由に利用できるようにする。
生物学名和名対訳辞書の構築と公開
種別ポスター発表
番号28
タイトル生物学名和名対訳辞書の構築と公開
発表者〇森山丈士1), 栗原英輔1), 小笠原理2), 川本祥子1), 大久保公策1), 2)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
発表資料PDF
要旨ライフサイエンス関連の論文や教科書、分子データに対するアノテーション情報等のテキスト量は膨大で、現在も指数関数的に増加している。これらのテキストを人手で扱うことには限界があり、大量データの解析とともに、ライフサイエンスにおける大きな課題となっている。
テキスト情報を解析する方法として、自然言語処理技術やテキストマイニング技術が用いられるが、それには適切な辞書やオントロジーが必要である。特に日本語による情報提供が求められている本プロジェクトにおいては、日本語の辞書を整備し、MeSHやUMLS、FMAなどの海外の辞書やオントロジーとあわせて利用することが求められる。
統合データベースプロジェクトでは、日英の翻訳情報がそれぞれの出典においてどのように記載されているかを記述したメタ用語集を作成した。情報源としては学会の作成する学術用語や図鑑などを用いている。メタ用語集は人間が見て理解可能でありつつ、機械的な読み取りが可能なテキストにしている。さらに、メタ用語集を整理して、生物の学名−和名の対訳辞書を作成した。これを利用することにより、和名による文献の検索などが可能となる。
コーパスに出現するライフサイエンス分野の専門用語の同定とシソーラスへのマッピング
種別ポスター発表
番号29
タイトルコーパスに出現するライフサイエンス分野の専門用語の同定とシソーラスへのマッピング
発表者○原一夫, 鈴木郁美, 新保仁, 松本裕治
所属奈良先端科学技術大学院大学
発表資料PDF
要旨ライフサイエンス分野の文献の特徴として、新しい専門用語(蛋白質/遺伝子名、病名等)が日々出現すること、そして、複雑な内部構造を持つ専門用語が多いことが挙げられる。このため、ライフサイエンス分野の文献に対して情報検索や情報抽出等を行うためには、新しい専門用語の同定(固有表現抽出)、専門用語シソーラスの拡張、専門用語内部部分文字列の構造解析といった自然言語処理の技術が重要となる。本研究ではまず、固有表現抽出の精度向上のために並列構造解析を利用する。例えばコーパス中で“A and B”という並列構造が同定できれば、並列項目の対称性から“A”と“B”はどちらも固有表現である(またはどちらも固有表現でない)可能性が高くなる。さらに、シソーラス拡張は、各々の専門用語がコーパス中で出現する文脈(周辺の単語)の類似度(分布類似度)に基づいて行うのが標準的であるが、本研究では専門用語周辺の係り受け構造や専門用語内部部分文字列の構造を用いるなどして、分布類似度の改良を試みる。
論文執筆の際に役立つサービスの紹介
種別ポスター発表
番号30
タイトル論文執筆の際に役立つサービスの紹介
発表者〇山本泰智, 山口敦子, 坊農秀雅, 高木利久
所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
発表資料PDF
要旨ライフサイエンス統合データベースセンターでは論文を執筆する際 に役立つことを目指したサービスを提供しています。本ポスターではそのうち次の4つを紹介します。
1. 文献中に記載された、オンラインでアクセス可能な資源 (データベース、ツール、ウェブサービス等) を検索するOReFiL (オレフィル)。検索結果には検索語にマッチした資源の URLだけでなく、当該資源を紹介している文献情報などの関連情報も含まれます。
2. 文献中に記載された略語からその正式名称を検索する Allie (アリー)。検索結果には正式名称と共に当該略語・正式名称の組が記載されている文献情報や主に使われる研究分野などが含まれます。
3. 文献中に書かれている表現を高速に検索する inMeXes (インメクセズ)。英文を書く際に簡単に前置詞の使われ方などを 調べられるよう、4文字以上の表現を入力するとその場でマッチした表現を頻度順に表示します。
4. 文献情報を簡単、効率的に管理し、また、利用者毎に次に読むべ き論文を推薦するシステムTogoDoc (統合ドック)。論文全文のPDFファイルを保存することもできます。
生体分子の熱力学データと構造データの統合
種別ポスター発表
番号31
タイトル生体分子の熱力学データと構造データの統合
発表者〇皿井明倫, Shaji Kumar
所属九州工業大学 情報工学部
発表資料-
要旨生体分子は熱力学の支配するミクロな世界の実体なので、その機能を理解するには、配列や構造の情報だけでなく、構造安定性や分子間の相互作用などに関する熱力学の情報が不可欠である。熱力学データは、蛋白質の構造安定性や分子認識のメカニズムを理解するための基礎研究に重要であるだけでなく、蛋白質のデザイン、機能の予測、ドラッグデザインなどの応用研究にとっても必須である。熱力学データと構造データは相補的な関係にあり、それらを統合して解析するための基盤が必要である。しかし、これまでに熱力学に関するデータベースはほとんどなかったため、我々は蛋白質の安定性や核酸、リガンドとの相互作用に関する熱力学データベースの開発をすすめてきた。本プロジェクトでは、熱力学データと構造データの統合をすすめるため、双方のデータを対応づけるクロスリファレンスの作成、熱力学のオントロジーの整備、XMLなどのデータ交換フォーマットの整備、などをすすめている。また、熱力学データは文献から収集しているので、ライフサイエンス統合データベースセンターと連携して、テキストマイニングによる論文の自動収集やデータの自動抽出の方法を開発している。
ウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(1)
種別ポスター発表
番号32
タイトルウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(1)
発表者○中尾光輝1), ○山口敦子1), 山本泰智1), 片山俊明2), 川島秀一2)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
発表資料PDF
要旨日々生産される多種多様な生物学データを統合的に扱い、生物学研究者にとって容易な利用を可能とするため、(i)異なるデータベースのデータを相互運用可能とし、(ii)相互運用可能となったデータを組み合わせて解析可能とし、さらに、(iii) 生産したデータや解析したデータを適切に保持可能とすることが、重要な課題である。本発表では課題(i)と課題(ii)に対する取り組みとして開発・提供しているサービスについて紹介する。
課題(i)に対し、ウェブサービスTogoWS (TogoWS.dbcls.jp)を開発した。TogoWSは、相互運用性の向上のための分析に基づき、主要公共データベースの検索と取得の統合ウェブサービスインターフェイスを提供している。統合インターフェイスはRESTに基づいて設計されている。また、主要公共データベースのSOAPウェブサービスの統合WSDLを提供している。さらに、各種ファイルフォーマット変換ウェブサービスを提供している。
課題(ii)については、ワークフローやデータ共有のフレームワーク DBCLS Galaxy を紹介する。DBCLS Galaxyは生物学研究者、特にゲノム研究者の必要とするDBCLSの提供する基盤リソースと公共データベースのリソースを組み合わせた高度なデータ解析が容易に可能なインターフェイスを提供するものである。
ウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(2)
種別ポスター発表
番号33
タイトルウェブサービス相互運用、 ワークフロー、 データ共有のための基盤技術開発(2)
発表者○中尾光輝1), ○山口敦子1), 山本泰智1), 片山俊明2), 川島秀一2)
所属1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2)東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
発表資料PDF
要旨日々生産される多種多様な生物学データを統合的に扱い、生物学研究者にとって容易な利用を可能とするため、(i)異なるデータベースのデータを相互運用可能とし、(ii)相互運用可能となったデータを組み合わせて解析可能とし、さらに、(iii) 生産したデータや解析したデータを適切に保持可能とすることが、重要な課題である。本発表では、課題 (iii)に対する取り組みと、課題(i)-(iii)に対するサービス開発過程での活動などを紹介する。
課題 (iii) に対し、誰でも5分でデータベースが構築できるウェブアプリケーションTogoDB (TogoDB.dbcls.jp) を開発した。表形式(CSV形式)のファイルをアップロードし、初期設定を終えれば、すぐに検索、取得、ブラウズ可能なウェブデータベースが構築できる。
また、課題(i)-(iii)に取り組む過程で、高度な利用を視野に入れたデータベース統合には、国際的な技術連携と情報収集が必要なため、国際開発者会議バイオハッカソンを3年に亘って開催した。
さらに、シングルサインオンサービスDBCLS OpenID を提供している。ユーザアカウントの提供は、ユーザに即したサービスに有効だが、その一方で個人情報保持のリスクとコストをもつ。DBCLS OpenID サービスは、これらのリスク・コストを軽減する目的で提供されている。
セマンティックウェブ技術による理研データベース群の標準化と公開化
種別ポスター発表
番号34
タイトルセマンティックウェブ技術による理研データベース群の標準化と公開化
発表者○土井考爾1), 国島直樹2), 横山茂之3), 豊田哲郎1)
所属1)理化学研究所生命情報基盤研究部門, 2)理化学研究所放射光科学総合研究センター, 3)理化学研究所生命分子システム基盤研究領域
発表資料PDF
要旨理研における研究活動によって、シロイヌナズナのオミックス情報、蛋白質構造データ及び付随する実験データが大量に蓄積されている。我々は、そうした情報のキュレーションやアノテーション、統合データベース化を進めている。また、本事業の基盤としてのバイオインフォマティクス用連携システム「理研サイネス」を活用し、データのアノテーションや標準化・共有化を進めてきた。公開データ利用のためのAPIとツール、データベースの検索機能などを提供し、理研外部者でもデータやプログラム公開ができるオープンな参加型システムの構築を図っている。最近の拡張項目は以下のとおりである。
1.シロイヌナズナオミックス情報の注釈付けと公開化。特にフェノーム情報の統合。
2.タンパク3000プロジェクトで得られた高等動植物等由来の蛋白質構造データのアノテーションと、回折実験データ・結晶観察データのデータベース標準化。
3.理研播磨研究所における微生物由来の蛋白質構造データに付随する実験データ・重原子導入蛋白質に関わる情報のデータベース標準化。
4.理化学研究所のデータベース統合化のための基盤構築。
ライフサイエンス統合DBプロジェクト ワークフロー 2010
種別ポスター発表
番号35
タイトルライフサイエンス統合DBプロジェクト ワークフロー 2010
発表者○田代俊行1), 矢葺幸光1), 2), 福井一彦1), 野口保1), 浅井潔1)
所属1)産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター, 2)株式会社情報数理研究所
発表資料-
要旨本ポスターでは、文科省が推進するライフサイエンス統合データベースプロジェクトにて開発済、または開発中のアクティブワークフロー及びWebベースのワークフローの紹介を致します。これらワークフローは、各々をそれぞれ独立に実行すると手間と時間が懸かるソフトウエアを多数組み合わせて構成されており、ユーザの利便性を向上させることを主目的として開発されています。アクティブワークフローは、KNIMEと呼ばれるワークフロープラットフォームを使用し構築しています。KNIMEを使うことでユーザは、ワークフローを新規に構築したり、既存ワークフローを目的に合わせ変更したりすることが可能です。Web・アクティブ共に、殆どのジョブはCBRCの多数の高速マシンで効率的に並列・分散処理され、より短時間で結果を返します。現在までに、遺伝子ネットワーク等のオブジェクト間関係推定、タンパク質のアノテーション補完、タンパク質立体構造解析、タンパク質立体構造比較、RNA2次構造予測等のワークフローを開発しています。
多様なゲノム注釈のためのツールと協働作業手法の開発
種別ポスター発表
番号36
タイトル多様なゲノム注釈のためのツールと協働作業手法の開発
発表者○岡本忍1), 2), 中尾光輝1), 2), 藤澤貴智2), 佐藤修正2), 金子貴一3), 吉村英尚4), 中平有香2), 阿久津智子2), 鐘ヶ江弘美2), 笠井誠2), 山本純子2), 作田千代子2), 眞板寛子2), 鹿島裕子2), 中村保一2), 5)
所属1) 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2) かずさディー・エヌ・エー研究所, 3) 京都産業大学, 4) 中央大学, 5) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
発表資料-
要旨近年の生物学者は、ゲノム規模の情報を理解するために、自分の専門分野外の情報も効率的に利用する必要があり、そのために、よく整備されたゲノムアノテーション(注釈)情報が重要である。しかし、文献情報にもとづく人手による注釈作業は、高コストな作業であり、公共データベース機関に網羅的な注釈の付与を期待するのは難しい。そこで、研究者自身が多様なスタイルの協働作業を通してゲノム注釈を高度化するための新しい技術や手法が提案されている。
我々は、Web技術を用いたゲノムアノテーションツール「かずさアノテーション( http://a.kazusa.or.jp )」を開発した。このシステムの有効性を検証するために、2つのタイプの異なる注釈作業を行った。1) 公開分散型で論文からの遺伝子名抽出作業である。平均5名、34ヶ月で植物関連生物14種に対して約7000報の論文全文から175,000以上の遺伝子名の記載情報を抽出した。2) 非公開ジャンボリー型の微生物ゲノム注釈である。30名で6900遺伝子に対して遺伝子注釈を行った。
その結果、我々のシステムで異なるタイプの注釈協働作業が支援できることが確かめられた。
微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010
種別ポスター発表
番号37
タイトル微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP2010
発表者○大山彰1), 森宙史2), 黒川顕2), 菅原秀明3)
所属1) インシリコバイオロジー, 2) 東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
発表資料-
要旨我々は2008年に一定の品質のアノテーションを提供するMiGAPの開発に着手した。MiGAPにはb-MiGAP、s-MiGAPならびにg-MiGAPの3種類のモードを用意した。b-MiGAPは完全自動であり、利用者はアノテーションの予備知識を必要としない。一方、s-MiGAP以上はアノテーションに関する知識や経験を有するとし、広範囲なカスタマイズを可能とした。MiGAPはフィーチャー部位同定段階と機能同定段階の2段階に分離されており、部位同定段階から結果を閲覧可能で、閲覧中にも機能同定が同時進行する。結果の型式はDDBJ, EMBL, GenBankの規約に準拠している。複数コンティグからなるドラフト配列も投入可能であり、完全長配列の完成を待たずしてアノテーションを実行可能である。さらに、s-,g-MiGAPはカスタムパイプライン構築機能を有し、分岐や一時停止機能を加えて、利用者がフローを独自に設計し、繰返し利用可能である。
MiGAPは、2009年6月にバクテリア・アーケア対応版を公開後、2010年7月までに440件の解析に利用された。2010年9月には真核微生物対応版を公開した。
A course for biological knowledge discovery by handling genome-wide data 情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために:データベースからの知識発見
種別ポスター発表
番号38
タイトルA course for biological knowledge discovery by handling genome-wide data
情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために:データベースからの知識発見
発表者○金子聡子1), 瀬々潤2)
所属1)お茶の水女子大学 生命情報学教育研究センター, 2)お茶の水女子大学 人間文化創成科学研究科
発表資料PDF
要旨実験技術の進歩によって、データ解析が研究の律速段階となりつつある。増え続ける多様かつ大規模なデータを効率よく生命現象の解明へとつなげるには、データ管理だけでなく、様々なデータの整理・統合を行い、知識発見へとつなげる「データベース (DB) 高度利用者」の役割が重要になってきている。しかし、DB高度利用者には、生命科学の知識のみならず、情報科学の技術など、多様なスキルが要求されるため、人材養成はあまり進んでいなかった。この人材の欠如に対し、統合データベースプロジェクトではDB高度利用者を養成するために必要な教育課程の策定と実施をお茶の水女子大学に委託し、人材養成を実施している。平成19年度よりDB高度利用者の知識を体系的に扱うカリキュラムを策定し、現在は、学外からの受講者も交え、講義・演習を実施している。なお、本活動で作成した教材は http://togodb.sel.is.ocha.ac.jp/ で閲覧可能である。
バイオデータベース構築者養成コースの紹介
種別ポスター発表
番号39
タイトルバイオデータベース構築者養成コースの紹介
発表者森下真一, 〇中谷洋一郎
所属東京大学大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
発表資料-
要旨バイオデータベース構築者養成コースの取り組みについて紹介する。養成コースでは、高性能演習用サーバーを用いた実習により基礎的なコンピュータースキルを身につけることを目標として、下記の項目を中心に週一回の演習を行った。
1.OSのインストール、ネットワーク設定、セキュリティー設定。
2.ウェブサーバー設置、データベースのインストール。
3.スクリプトプログラミング、CGIの作成。
4.データベースのミラーサイト構築。
5.独自のウェブサーバー構築のためのウェブプログラミング。
講習スケジュール、講義内容の詳細は次のページから公開している。
http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~nakatani/ensemblmirror/index.php
次世代シーケンサーによる個人ゲノム解読を含む大量配列解析の時代に必要となる人材の育成、並びにシニア世代研究者との共同作業によるデータベースの高品質化
種別ポスター発表
番号40
タイトル次世代シーケンサーによる個人ゲノム解読を含む大量配列解析の時代に必要となる人材の育成、並びにシニア世代研究者との共同作業によるデータベースの高品質化
発表者○阿部貴志1), 上原啓史1), 中泉友紀1), 池田俊2), 金谷重彦2), 池村淑道1)
所属1)長浜バイオ大学, 2)奈良先端科学技術大学院大学
発表資料PDF
要旨次世代シーケンサーの進歩により、個人ゲノム解読が予防医学・テーラーメイド医療の観点からも注目を受け、「生物の多様性」と同時に「ゲノム配列の多様性」が人類にとって重要であるとの認識も深まっている。この新状況に対応できる人材を育成するための以下の実習を開始した。
250名の学生の各自が関心のある病気を設定し、多様なDBを用いてその病気を十分に理解した後にJabion等のポータルサイトを利用し、国際塩基配列データベースから着目の病気に関わる遺伝子の塩基配列、タンパク質のアミノ酸配列を収集し、OMIMとdbSNPを参照して疾患と関係する変異部位を収集し、変異部位の前後約100塩基をも収集・DB化している。個人ゲノムが解読された際に、その人の罹りやすい病気を効率的に推定するための手法の習得となる。並行して、次世代シーケンサーで解読された数百万件の断片配列を各学生に与え、近縁生物種のゲノム上にマッピングを行っている。シニア世代研究者と協同で“tRNA遺伝子”や“健康への貢献遺伝子データベース”等の構築を行っているが、シニア世代の協力を得ることで、DBの高度化と高品質化が可能になっている。
統合データベースの教育・人材育成活動〜統合TVとMotDB〜
種別ポスター発表
番号41
タイトル統合データベースの教育・人材育成活動〜統合TVとMotDB〜
発表者○河野信, 小野浩雅, 坊農秀雅
所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
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要旨データベースやツールの高度化に伴って、それらを使いこなす人材の育成は急務である。統合TV( http://togotv.dbcls.jp/ )では、これら研究リソースの使い方を初学者でも容易に理解できるように、動画で解説したコンテンツを配信している。また、シンポジウムや講義、講習会などの動画も合わせて公開しており、現在350を越えるコンテンツを提供している。
講習会や講義の資料などはMotDB (Master of the DataBase、http://motdb.dbcls.jp/ )から提供している。次世代の統合データベースを利用する人材”AJACS” (All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)を育成するための講習会(これまでに22回開催)の開催情報や、講習で使用された資料が利用可能である。また、中核機関で実施している人材育成講義、アノテータ養成(長浜バイオ大学)・DB高度利用者養成(お茶の水女子大学)・DB構築者養成(東京大学)の講義資料も閲覧・ダウンロードが可能なので、ご活用いただきたい。
文部科学省「統合データベースプロジェクト」の広報・普及活動
種別ポスター発表
番号42
タイトル文部科学省「統合データベースプロジェクト」の広報・普及活動
発表者〇髙祖歩美, 箕輪真理
所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
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要旨ライフサイエンス統合データベースセンターでは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」の一環として開発・維持されている生命科学系データベース関連のサービスについて様々な広報・普及活動を行っている。
例えば、プロジェクトの一環として開発・維持されているサービスを広く知ってもらい、利用してもらうために関連する学会や展示会にてブースを出展し、シンポジウムやランチョンセミナー、フォーラムを開催している。また、サービスの使いやすさや必要性、開発の方向性についてユーザーからの意見を集めるユーザー評価を年に一度行っている。この評価は、各サービスや取り組みについて選択肢と自由記述欄に記入する専用のウェブサイト( http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=hyouka )を用いて行い、結果はウェブ上で公開して、サービス開発の参考にしている。
この他にもプロジェクトの成果やデータベースを取り巻く権利や倫理などの問題を扱ったシンポジウム( http://symposium.lifesciencedb.jp/ )を開催して生命科学系データベース統合に関する取り組みを紹介している。
データ・情報の円滑な利用に向けた権利関係の整理の試み
種別ポスター発表
番号43
タイトルデータ・情報の円滑な利用に向けた権利関係の整理の試み
発表者○箕輪真理, 髙祖歩美, 中尾光輝, 河野信, 八塚茂, 畠中秀樹, 川本祥子, 永井啓一, 大久保公策, 高木利久

所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
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要旨文科省の統合データベースプロジェクト(PJ)はライフサイエンスに関するデータや情報の流通を改善するためであったが、PJに先立つ連携施策群補完課題 「生命科学データベース統合に関する調査研究」(代表:大久保公策)でも指摘されたように、流通の改善には技術的な課題解決のみならず制度面・権利面の問題を解決するための方策が必要であることが、次第に明らかになってきた。
そのために本PJでは、データや情報の利用に際して考えられる問題点やそれらへの対処法について専門家を交えた検討を重ね、クリエイティブ・コモンズ(CC)・ライセンスを採用した。中核機関で作成した情報に関しては『CC表示(クレジット表示のみを要求)』とする一方、生命科学系データベースアーカイブにおいては『CC 表示-継承(クレジット表示と同条件での配布を要求)』とすることでデータ・情報提供者及び利用者双方のメリットとなる方式を提案してきた。
また、PJで実施したシンポジウムや講演会等の内容を後から参照するための録画・配信においてもポリシーをまとめ、講演者等へのご協力をお願いしている。
本ポスターでは、これらの活動内容をまとめてご紹介する。
DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive
種別ポスター発表
番号44
タイトルDDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive
発表者○Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Eli Kaminuma, Hideaki Sugawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo and Yasukazu Nakamura
所属DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics, Japan
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要旨Next generation sequencing platforms are producing biological sequencing data in unprecedented amounts. The DNA Data Bank of Japan (DDBJ) has established the DDBJ Sequence Read Archive (DRA) and the DDBJ Omics Archive (DOR). The DRA is intended to be a repository for data from the primary analysis phase of next-generation sequencing. The DOR is an archival database for quantitative genomics data both from microarray and high-throughput sequencing platforms. The DOR archives MIAME- and MINSEQE-compliant data with the MAGE-TAB metadata and export data to the ArrayExpress. The DOR register companion raw data to the DRA instead of submitters. These two public databases of the DDBJ work collaboratively with the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and the European Bioinformatics Institute (EBI).