文部科学省
統合データベースプロジェクトシンポジウム
6/12(Fri)
東大本郷キャンパス
武田ホールにて
ポスター発表プログラム
セッション2「データベース勢ぞろい」においてポスター発表を募集します。この機会にあなたが構築・維持・管理しているデータベース(サービス)を紹介してみませんか?データベースに特有の問題点を共有する、解決策を探る、参加者との会話から新しい展開が見つかるかもしれません。
発表者の方へ
ポスターのサイズ等の情報はこちらをご覧下さい
- (1) ポスター発表お申し込み
- ポスター発表の募集を終了しました。たくさんのご応募ありがとうございました。5月19日
- ポスター発表のお申し込みも参加登録フォームよりお願いします。ポスタータイトルと要旨(500字以内)を登録してください。なお、タイトルおよび要旨は要旨集として配布するほか、 統合ホームページからも公開する可能性があります。
- 締め切りは5月18日です
- (2) ポスター貼付、掲示、説明、撤去時間
- 貼s付 9:30~10:30
- 掲示 10:30~15:30
- 説明 末尾偶数番号 11:40~12:30、末尾奇数番号 12:40~13:30
- 撤去 15:30~15:45 (休憩時間中)
- *説明の時間は、ご自分のポスターの前に立ちポスターの説明をお願いいたします。
- (3) 展示場所
-
シンポジウム会場、武田ホールホワイエ内のポスターボードにて。
ポスターボードの左上隅には、事務局よりお知らせした演題番号が貼ってありますので所定のボードに掲示してください。 - (4) 展示スペース
- 展示スペースはW85cm×H160cmです。A0サイズのポスターがちょうどよい大きさです。
- (5) ポスター撤去
- ポスターは、休憩時間(15:30~15:45)の間に撤去してください。15:45以降に掲示されているポスターについては事務局が撤去いたします。あらかじめご了承ください。
- (6) その他
- ポスター上部には、演題名・発表者および所属を記してください。
- 代表発表者の氏名の前に○印を付けて下さい。
- ポスター掲示に必要な押しピンは事務局で用意いたします。
- (7) ご質問等ございましたら事務局までお問い合わせください。
- DBCLSシンポジウム事務局
- e-mail:symposium09@dbcls.rois.ac.jp
- ファックスでのお問い合せ: 03-5841-8091
- 〒113-0032 東京都文京区弥生2-11-16 東京大学工学部12号館
ライフサイエンス統合データベースセンター
ポスター発表詳細
人体に由来するデータ等の取り扱いの問題点 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-1 |
タイトル | 人体に由来するデータ等の取り扱いの問題点 |
名前 | ○増井徹,竹村清 |
所属 | (独)医薬基盤研究所 生物資源研究部 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 医学・生物学研究において、人体に由来するデータを利用せざるを得ない。そして、ゲノム研究や他の分析手法の進歩に伴い、個人々のデータを大量に、場合によっては追跡しながら、或いはカルテに遡及できる形で研究に利用する必要が生じている。このような活動を行う場合に、研究の過程でデータベースの作成は必須である。そこでは、個人情報保護の問題が大きな課題となる。2005年に施行されたわが国の個人情報保護法体制は1980年のOECDの個人情報保護8原則を基本としている。しかし、この8原則は金融情報の取り扱いを基本として設計されたものであり、医学・生物学研究という未知の将来に属する活動を支えることに向いていないという大きな問題が存在する。本発表では、わが国の指針上の問題点、個人情報保護体制の問題点、海外での対処などを紹介し、人体に由来する情報のデータベース構築の問題点と解決策を探る。 |
統合医科学データベース Integrated BioMedical DataBase (IBMDB) | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-2 |
タイトル | 統合医科学データベース Integrated BioMedical DataBase (IBMDB) |
名前 | ○中谷純1),井戸敬介1),佐古田三郎2),溝口理一郎2),古崎晃司2),下川和郎1),田中博1) |
所属 | 1)東京医科歯科大学,2)大阪大学 |
発表資料 | - |
要旨 | 統合データベース中核機関との連携の元、分担機関として作成を行っている統合医科学データベースを紹介する。本データベースは、東京医科歯科大学がんDB、大阪大学神経難病DB、国立がんセンター研究所癌DBを、分子オミックス情報も含め、セマンティック統合したDBである。セマンティックバックボーンとしてオントロジーと情報モデルを有し、それらをアーキタイプと呼ぶ共有テンプレートで連結することにより、意味的連結と意味的検索を可能にした「データベース3階層統合方式」を開発採用している。この統合方式は、多階層の疾患横断的・分子階層ネットワーク縦断的な統合データベースの構築とその有機的検索を可能とする。また、本事業では、臨床医学データベースに必須の情報倫理検討も行っており、この調査結果についても発表する。IBMDBの統合方式と要素技術は、ISO-GSVML (Genomic Sequence Variation Markup Language)国際標準, WHO-ICD11などで検討され、国際的にも注目されている医科学データベースである。 |
パーキンソン病の臨床データベースの構築と課題 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-3 |
タイトル | パーキンソン病の臨床データベースの構築と課題 |
名前 | ○山本洋一 |
所属 | 大阪大学臨床試験部 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 大阪大学神経内科が中心となり、関連病院を含めたパーキンソン病患者を対象として、臨床調査個人票の記載内容に薬剤の使用量を加えた臨床情報のデータベースの作成を実施している。患者データは、個人情報保護法に定義される個人情報とその他の臨床情報に分け、臨床情報には個人情報と対応可能な匿名化IDを付して、物理的に別のサーバコンピュータに保存される。また、システムへのアクセスには指紋認証とパスワード入力を必要とするため、個人情報は、厳重に管理されている。現時点で、約700例のデータが蓄積されており、患者の重症度による薬剤使用や経年変化などの解析が可能である。現在、疾患・臨床医科学データベースの本格統合に向けて,「データ移動型統合方式」から「インターフェイス型統合方式」への移行について検討し、実施していく予定としている。 |
疾患解析から医療応用を実現するDB 開発 -ゲノムワイド関連解析データベースの構築- | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-4 |
タイトル | 疾患解析から医療応用を実現するDB 開発 -ゲノムワイド関連解析データベースの構築- |
名前 | ○小池麻子1),西田奈央2),井ノ上逸朗3),辻省次4),徳永勝士2) |
所属 | 1)日立製作所中央研究所,2)東京大学大学院医学系研究科,3)東海大学医学部,4)東京大学医学部附属病院 |
発表資料 | - |
要旨 | 近年の高速大容量なSNPタイピング技術の確立により、ゲノム全体から疾患関連SNPを探索するゲノムワイド関連解析(GWAS)が可能となった。現在では、数百縲恊柏迪汨フを対象としたコホート研究やケースコントロール研究が次々と計画・実施され、膨大なGWASデータが産出されつつありデータ管理や情報共有のあり方も問題となってきている。我々分担機関はデータの半永続的な集約管理と研究者間の情報共有を目指し、ケースコントロール研究を登録したGWAS-DB、健常者のSNP情報を登録した標準SNP-DB、コピー数多型(CNV)情報を登録したCNV-DBを構築し、データのサブミッションを広くお願いしている。(https://gwas.lifesciencedb.jp/) 本DBは、研究概要情報、品質管理情報、各種頻度情報や遺伝統計解析結果を登録・表示するだけでなく、CNVやエクソン情報などの解析に有効な他情報と重ね合わせて可視化する機能も備えている。また、疾患関連SNPの候補を多面的に選択できるよう、複数機関が産出した同一疾患のデータ、及び、異なるプラットフォームの解析結果の比較やメタ解析も可能である。 |
疾患解析から医療応用を実現するDB 開発 -リシークエンスデータベースの構築- | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-5 |
タイトル | 疾患解析から医療応用を実現するDB 開発 -リシークエンスデータベースの構築- |
名前 | ○吉田真希子1),高橋 祐二2),小池 麻子1),福田 陽子2),後藤 順2),辻 省次2) |
所属 | 1)日立製作所中央研究所,2)東京大学医学部付属病院 |
発表資料 | - |
要旨 | 多様な遺伝子変異が原因となる疾患においては、変異の種類とそれに対応する臨床情報の違いを俯瞰できることが、疾患発症機序の解明および個別化医療実現の観点から重要である。本プロジェクトではこれらの問題に対応するべく、神経変性疾患である筋萎縮性側索硬化症 (ALS)、パーキンソン病などについて網羅的な遺伝子変異情報とそれに付随する臨床情報を搭載したデータベース(DB)を構築している。本発表では構築したALSのDB概要を紹介する。DBには、リシークエンスによって独自に得た配列情報と付随する臨床情報とともに、文献から網羅的に収集した情報を蓄積している。現在では、疾患原因・関連遺伝子の32遺伝子に関し、非冗長な200種の変異を含む600の症例について、発症部位、罹患期間などの臨床情報を登録している。また、変異部位の機能や生物学的重要性が推測できるよう、配列のドメイン情報や蛋白質立体構造、進化的な保存情報などを登録している。データベースはhttps://reseq.lifesciencedb.jp/resequence/SearchDisease.do?targetId=1 からアクセス可能である。 |
統合的ヒト遺伝子アノテーションデータベース H-InvDB | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-6 |
タイトル | 統合的ヒト遺伝子アノテーションデータベース H-InvDB |
名前 | ○山崎千里1),村上勝彦2),武田淳一1),佐藤慶治1),野田彰子1),坂手龍一1),羽原拓哉1),中岡源2,3),富所布紗乃2,4),松矢明宏2,5),今西規1),五條堀孝1,6) |
所属 | 1)産総研・バイオメディシナル情報研究センター,2)バイオ産業情報化コンソーシアム,3)株)シーズラボ,4)株)ダイナコム,5)株)日立製作所,6)遺伝研 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | H-Invitational Database (H-InvDB) はヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースである。2004年4月20日の一般公開開始以来、約5年が経過した。この5年間にH-InvDB release 1.0, 2.0, 3.0, 4.0, 5.0, 6.0の6回のメジャーリリースを公開し、Evola(分子進化アノテーション)、 PPI view(ヒトタンパク質間相互作用)、Gene family/group(遺伝子ファミリー)、H-DBAS(選択的スプライシング)、VarySysDB(多型アノテーション)、LEGENDA(テキストマイニング)などのサブ・関連データベースを新規に公開するなど、精査されたアノテーション(注釈付け)情報の追加を行ってきた。最新のH-InvDB release 6では、合計219,765本のヒトmRNA配列をヒトゲノム(NCBI b36)上にマップし、43,159のヒト遺伝子クラスター(遺伝子座)を定義したアノテーション結果を、 http://www.h-invitational.jp/ より公開している。 |
H-DBAS:ヒトの選択的スプライシングデータベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-7 |
タイトル | H-DBAS:ヒトの選択的スプライシングデータベース |
名前 | ○武田淳一1),鈴木穣2),今西規1),菅野純夫2),五條堀孝1,3) |
所属 | 1)産総研 バイオメディシナル情報研究センター,2)東大 新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻,3)遺伝研 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | H-DBAS(Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing)はヒト選択的スプライシングの解析に特化したデータベースである。H-InvDBのサテライトデータベースでもあり、オリジナルデータはH-InvDBに登録されているものを用いている。H-DBAS独自のデータ特徴として、1)不完全長転写物候補の除去、2)RASV(Representative Alternative Splicing Variant)の定義によるバリアント冗長性の排除、3)タンパク機能に影響を与えるRASVの同定、4)比較ゲノム解析によるマウスと保存されたRASVの同定が挙げられる。H-DBASにはゲノム情報・タンパク機能情報・AS情報から絞り込みを行う詳細検索画面と、配列情報からRASVとの相同性判定を行うBLAST検索画面がある。また、Javaアプレットで動作するビューワもあり、遺伝子座単位でのRASVの構造図やマウスとのゲノムアラインメント結果が表示される。H-DBASへは http://h-invitational.jp/h-dbas/ からアクセスできる。 |
Evola:全転写産物解析に基づくヒト遺伝子の分子進化データベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-8 |
タイトル | Evola:全転写産物解析に基づくヒト遺伝子の分子進化データベース |
名前 | ○坂手龍一1),松矢明宏2,3),五條堀孝1,4),今西規1) |
所属 | 1)産総研・バイオメディシナル情報研究センター,2)バイオ産業情報化コンソーシアム,3)日立製作所,4)遺伝研・生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | Evola ( http://hinv.jp/evola/ )はヒトとチンパンジーやマウスなど13の脊椎動物種とのオルソログ情報を解析・提供している。ヒト遺伝子の理解にはモデル動物との種間比較が不可欠であり、種間比較には種分化によって分かれた遺伝子であるオルソログ(ortholog)情報が必要である。Evolaではゲノムアラインメントの作成と全転写産物(RNA)のゲノム配列へのマッピングを独自に行い、種間でのゲノム保存領域と遺伝子エキソンとの重なりを調べ、アミノ酸配列のアラインメントを行ってオルソログの同定を行っている。分子進化データベースとしてEvolaは、ヒトの22,496遺伝子についてのオルソログ情報を格納し(2009年3月更新のrelease 6)、アミノ酸配列のアラインメントや系統樹、スプライシングバリアントなどの種間比較情報を提供している。また、"Gene family view"ではヒトとチンパンジー、マカクザル、マウス、ラットについて、遺伝子ファミリーごとにオルソログとパラログのゲノム上の位置分布を比較可能としている。 |
CELLPEDIA/CellMontage 細胞統合解析データベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-9 |
タイトル | CELLPEDIA/CellMontage 細胞統合解析データベース |
名前 | ○千葉啓和1),幡野晶子2),永家聖2),山根木康嗣3),Larisa Kiseleva 1),谷口丈晃4),Paul Horton 1),藤渕航1) |
所属 | 1)産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター,2)東京医科歯科大学,3)兵庫医科大学,4)三菱総合研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 我々は、細胞情報を扱うデータベースやツールの開発を行っている。本発表では、CELLPEDIAおよびCellMontageについて紹介する。CELLPEDIAは、ヒト正常細胞に関する情報を統合的に整備したデータベースである。ヒト成人細胞、幹細胞と成熟前の先駆細胞約2300種類について、独自に開発したノイズ画像に強い細胞形態測定ツールを用いて形態を測定し、また、物理的位置や機能、遺伝子発現、オントロジー等、細胞に関する情報を網羅的に集めて、細胞情報の系統的検索や可視化が可能な辞書を作成した。将来的には、細胞分化や再生医療等の細胞医療をサポートする情報を提供することを目的としている。CellMontageは、巨大な遺伝子発現データベースから発現パターンが類似した細胞を検索する世界初のシステムである。検索にはRaPiDS(Rapid Profile Database Search)アルゴリズムが使用され、1秒間に数千データとの類似度計算を行うことができる。この方法を用いることで、正常/疾病細胞の遺伝子発現パターンが、過去のどの細胞/症例に近いのかという知見を、瞬時に得る事が可能になっている。 |
BodyParts3D/Anatomography:3次元人体構造DBと人体モデル図作成ツール | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-10 |
タイトル | BodyParts3D/Anatomography:3次元人体構造DBと人体モデル図作成ツール |
名前 | ○三橋信孝1),藤枝香1),田村卓郎2),川本祥子1),高木利久1),大久保公策1,3) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)ビッツ株式会社,3)国立遺伝学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | BodyParts3D(ボディパーツ3D、 http://lifesciencedb.jp/ag/bp3d )は、解剖学用語が示す人体の部品(臓器)の位置と形状を3次元モデル(ポリゴン)で記述したデータベースである。2009年5月現在、642モデルが登録済である。医療臨床現場で利用可能な分解度と精度を目指して、解剖学教科書やアトラス、模型を参照しながら、3次元CADを用いてモデルの追加や改良を行っている。ポリゴンデータは、自由にダウンロードでき、バイオインフォマティックス研究等で活用できる。一方、Anatomography(アナトモグラフィー、 http://lifesciencedb.jp/ag )は、BodyParts3Dの臓器モデルを選択し、視点、臓器の色・透過度を自由に設定して人体のモデル図(アナトモグラム)を描くためのツールである。アナトモグラムからは、臓器の位置や形状だけでなく、他の臓器との包含(part-of)関係も、木構造の解剖学オントロジーより直感的に理解できる。また、医生物学研究で人体部位別に得られる定量的、定性的データを色情報に変換し、人体上にヒートマップ表示もできる。 |
理研次世代ジーンターゲッティングシステム公開利用のためのマウスミュータジェネシスデータベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-11 |
タイトル | 理研次世代ジーンターゲッティングシステム公開利用のためのマウスミュータジェネシスデータベース |
名前 | ○権藤洋一 |
所属 | 理化学研究所バイオリソースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 標的遺伝子に点突然変異をもつマウス系統を複数提供できる次世代版ジーンターゲッティングシステムを整備した(Nat. Rev. Genet. 9: 803-810, 2008)。2002年より公開し誰でも利用できる( http://www.brc.riken.go.jp/lab/mutants/genedriven.htm )。例えば遺伝子コーディング配列2000bpにPCRプライマーを設計するだけで様々な塩基置換変異を20系統近く入手し詳細に解析できる。すでに利用者の成果例も出始め、Clapcoteら(Neuron 54: 387-402, 2007)のDisc1塩基置換によるうつ病モデルおよび統合失調症モデルや、Ericksonら(BBRC 370: 285-288, 2008)による結核治療薬イソニアジドの薬理代謝多型モデルなどがある。理研変異マウスライブラリーにはゲノムの1%強を占めるコーディング配列上だけで18万系統のアミノ酸置換変異と3万系統のノックアウト型変異が蓄積された膨大なリソースであり、一般利用のより一層の拡充促進を目指して、公開WEBサイトおよびデータベースのさらなる充実化が急務となっている。 |
マウス小脳発達トランスクリプトームデータベースCDT-DB | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-12 |
タイトル | マウス小脳発達トランスクリプトームデータベースCDT-DB |
名前 | ○古市貞一1),西部弘純1),佐藤明2) |
所属 | 1)理化学研究所脳科学総合研究センター,2)理化学研究所基幹研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | Cerebellar Development Transcriptome Database (CDT-DB)は、マウス小脳の生後発達の遺伝子発現の全容(トランスクリプトーム)にフォーカスした神経情報科学(ニューロインフォマティクス)データベースである。CDT-DBには、マイクロアレイやin situハイブリダイゼーションなどによって得られた遺伝子発現の発達時系列、脳空間分布、組織分布などの膨大な解析データが登録されている。独創的で平易なインターフェイスによってデータ検索や解析ができる。脳画像のビューアやグラフ解析ツールも搭載している。また、すべてのデータは有用な関連生命情報サイト(オントロジー、ゲノム、タンパク質、代謝、神経科学、文献などのサイト)とリンクしているので、関連情報を検索するポータルとしても有益である。既に、神経回路形成や発達障害・自閉症の病因に関連する重要な脳遺伝子のマイニングなどで実績をあげて学術的価値の高さは実証されており、国内外の専門研究者からは高い評価を得ている。CDT-DB http://www.cdtdb.brain.riken.jp |
マウスを用いた脳機能表現型データベースの開発 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-13 |
タイトル | マウスを用いた脳機能表現型データベースの開発 |
名前 | ○高雄啓三1),中西和男2),宮川剛2) |
所属 | 1)京都大学 医学研究科,2)藤田保健衛生大学 総合医科学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | マウスの遺伝子の99%はヒトにもホモログ(対応する遺伝子)があり、さらに遺伝子ターゲティングなどの技術を応用することで、遺伝子を自由自在に操作することが出来ます。マウスでは心理学的な解析をはじめとして、個体レベルでの多彩な解析技術が適用でき、ヒト脳の統合的理解のためのモデル動物として最適であると考えられます。全ての遺伝子の80%以上は脳で発現していると言われており、脳で発現する遺伝子の機能を調べるためにはその最終アウトプットである行動を調べることが必要だと考えられます。我々はこれまで各種の遺伝子改変マウスに対して、知覚・感覚、運動機能、情動性などから記憶学習や注意能力など高次認知機能まで、幅広い領域をカバーした行動テストバッテリーを行い、各種遺伝子の新規機能を見出してきました。このようにして得られた各種遺伝子改変マウスの行動データをデータベース化し、インフォマティクスの方法を用いての解析・利用が出来るようにしています。 |
NIG Mouse Functional Genomics Database | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-14 |
タイトル | NIG Mouse Functional Genomics Database |
名前 | ○高田豊行1),江端俊伸2),小原雄治2),城石俊彦1) |
所属 | 1)国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室,2)国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報研究室 |
発表資料 | - |
要旨 | 我々は、西ヨーロッパ産マウス亜種と日本産マウス亜種由来の二つの系統間で染色体を1本ずつ置換したコンソミック系統を用いて、個体レベルの高次表現型を制御する単一因子や多因子を体系的にゲノム上にマップし、原因遺伝子を単離・同定するための解析系を開発している。NIG Mouse Functional Genomics Databaseは、おもに上記コンソミック系統を用いた各種表現型収集プロジェクトにより得られる観測データを目的のゲノムデータと対応させるための基盤であり、公共データベースとして公開している( http://molossinus.lab.nig.ac.jp/ )。各種表現型は国際的に統一されたMammalian Phenotype Ontologyに基づいた記載をおこない、将来、世界中の研究コミュニティーと相互に連携して利用することを前提にしている。本データベースは特定領域「ゲノム」支援班の支援を受け構築・公開をおこなったが、今後も各種解析やゲノムデータへのリンク機能の向上など、さらなるバージョンアップをおこない、マウスを用いた機能ゲノム学を効率的に推進しうるデータベースを目指している。 |
SilkBase~カイコ完全長cDNAデータベース~の機能と未来への展望 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-15 |
タイトル | SilkBase~カイコ完全長cDNAデータベース~の機能と未来への展望 |
名前 | ○川本宗孝1),伊藤克彦1),山本公子2),三田和英2),勝間進1),嶋田透1) |
所属 | 1)東京大学大学院農学生命科学研究科,2)農業生物資源研究所 |
発表資料 | - |
要旨 | 家蚕であるカイコ及び野蚕の一種であるエリサンはわが国独自のモデル生物であり、鱗翅目(絹糸昆虫および農業害虫の多くがここへ入る)の代表として世界の昆虫研究をリードする研究対象である。我々がこれらカイコとエリサン(将来的に野蚕のクワコを追加)のゲノム情報を使って構築したデータベース「SilkBase」には、ショウジョウバエや蚊類のゲノムデータベースなどでは得られない鱗翅目昆虫に特異的な遺伝子情報が大量に登録されている。登録データは具体的には比較ゲノム解析や農薬開発・品種育成に応用可能な完成度の高いゲノムアノーテーションに必須の完全長cDNAやその他small RNA、SAGE、GeneModel(予測転写産物情報)といった計約35万クローンで、これにヒトやイネなど他生物との相同性及びGene OntologyやScaffoldとの対応付けを行う事で、モチーフ検索のような機能推定や系統解析による進化プロセスの推定など応用的な利用ができる。昆虫学者だけでなく広く世界の医学・薬学・農学・工学に関わる生物学者にとって利用価値がある、蚕糸学と昆虫ゲノム解析の発展した日本ならではのデータベースである。 |
zTrap: zebrafish gene trap and enhancer trap database | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-16 |
タイトル | zTrap: zebrafish gene trap and enhancer trap database |
名前 | ○川上浩一 |
所属 | 国立遺伝学研究所初期発生研究部門 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | We created a large number of transgenic zebrafish that express GFP or Gal4 in specific cells and organs by gene trap and enhancer trap methods using the Tol2 transposon. To make the best use of them, we developed a web-based database, zTrap, that integrates the expression patterns and the genomic information of the transposon insertions. These fish are maintained in our lab as livestocks or frozen sperms. Thus, zTrap is a useful tool to study vertebrate development and genomics. |
ホヤから発信する生命原理―ホヤプロテイン統合データベースCIPRO | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-17 |
タイトル | ホヤから発信する生命原理―ホヤプロテイン統合データベースCIPRO |
名前 | ○遠藤俊徳1),峯田克彦1),上野恵介1),米澤弘毅1),中島綾子2),中地美都2),野村守2),堀田耕司3),小笠原道生4),佐藤ゆたか5),山田力志6),谷口寿章6),高橋弘樹7),笹倉靖徳2),稲葉一男2) |
所属 | 1)北海道大学情報科学研究科,2)筑波大学下田臨海実験センター,3)慶応義塾大学理工学部,4)千葉大学理学部,5)京都大学理学研究科,6)徳島大学疾患酵素学研究センター,7)基礎生物学研究所 |
発表資料 | - |
要旨 | 海産無脊椎動物であるホヤは、我々ヒトと同じ脊索動物に属し、脊椎動物の祖先にあたる動物である。幼生はオタマジャクシ幼と呼ばれ、脳、眼、脊索、神経管、筋肉をもっているにも関わらず、全細胞数が2,600と非常にシンプルな構造である。このことから、ヒトの形作りを理解する上で進化系統学上、極めて重要な生物である。本データベースCIPRO(Ciona intestinalis protein database; http://cipro.ibio.jp/2.0/ )は、ホヤにおけるポストゲノム研究の成果を集結し、ホヤタンパク質に関する分子情報、発現情報、オルソログ情報など提供することを目的とする。また、既存のゲノミクスデータベースとの新たな統合をはかり、発生の3次元細胞情報や細胞内局在情報を盛り込むことにより、ホヤで発現しているタンパク質情報を統合的に提供することを目指している。さらに、多くの実験研究者が有用なデータを引き出すことができるユーザビリティ重視のデータベースを目指し、ホヤが有するユニークな研究成果と情報をライフサイエンスに携わる広範な研究者に提供したいと考えている。 |
シロイヌナズナオミックスに関する統合データベースの開発 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-18 |
タイトル | シロイヌナズナオミックスに関する統合データベースの開発 |
名前 | ○土井考爾,原田えりみ,神坂紀久子,吉田有子,豊田哲郎 |
所属 | 理研生命情報基盤研究部門 |
発表資料 | - |
要旨 | シロイヌナズナは古くから植物科学研究のモデル植物として広く用いられており、特に近年では、高速シークエンサーやタイリングアレイを用いた研究などの本格化に伴い、トランスクリプトーム、フェノームなどの膨大なオーミックス情報が蓄積されるに至っている。これらを今後のゲノム科学・植物科学の発展に生かすためには、様々なバイオインフォマティクス解析や、他の植物由来データとの比較解析を実施し、アノテーション情報を作成し、それらを統合的に解析する仕組みが必要である。我々は、アノテーションシステムの開発運用をすすめ、シロイヌナズナの発現、表現型、リソースに関するデータベース9件、すなわちトランスクリプトーム4件(RAFL cDNA, Cassava cDNA, Tiling Array 2件)、リソース2件(Ds Line, Activation Line)、フェノームの3件(RAPID, Activation, Fox Arabidopsis)を統合化して公開を開始した。これらは理研サイネス( http://database.riken.jp/ )から参照できる。 |
The Plant Organelles Database 2 (PODB2) の開発 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-19 |
タイトル | The Plant Organelles Database 2 (PODB2) の開発 |
名前 | ○真野昌二1),三輪朋樹2),西川周一3),三村徹郎4),西村幹夫1) |
所属 | 1)基生研・細胞生物,2)基生研・電子計算機室,3)名大・院・理,4)神戸大・理・生物 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 本データベースは、2005年発足の特定領域研究「植物の環境適応戦略としてのオルガネラ分化」の共同プロジェクトの1つとして構築・運営されている( http://podb.nibb.ac.jp/Organellome/ )。2006年9月にVersion 1を公開し、2008年10月にはVersion 2へとアップデートを行った。PODB2は4つのカテゴリーから構成されている。可視化されたオルガネラの画像を集めた「Organellome Database」と動画を集めた「Organelles Movie Database」では、様々な成長段階や組織における種々のオルガネラの動態を調べることができる。「Functional Analysis Database」は植物オルガネラ研究のプロトコール集である。これらの登録データは、実際の実験データや各研究室で確立されたプロトコールから構成されている。「External Links」には他のデータベースへのリンクが収集されている。今後、インタフェースの改善や登録データ数の増大により、植物オルガネラ研究支援ツールとして広く有効活用されることを目指している。 |
イネアノテーション計画データベース(RAP-DB) | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-20 |
タイトル | イネアノテーション計画データベース(RAP-DB) |
名前 | ○田中剛,沼寿隆,坂井寛章,天野直己,伊藤剛 |
所属 | 農業生物資源研究所 基盤研究領域 ゲノム情報研究ユニット |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 我々は、国際イネゲノム解読プロジェクト(IRGSP)の成果であるジャポニカイネ(Oryza sativa ssp. japonica)ゲノム配列決定をうけて、2004年からイネアノテーション計画(RAP)を遂行している。高精度のゲノムアノテーションデータを作成・公開することを本計画の目的として、データ作成とデータ公開用のデータベースの開発(RAP-DB)及び運営をこれまで行ってきた。遺伝子ごとの機能情報は精度向上のため、文献調査を手動で実行中である。また、遺伝子ファミリーデータを作成して公開したり、様々な研究機関によって作成されたリピート情報や、突然変異株情報などを随時RAP-DBから公開したりすることでイネ研究者がゲノム情報を基盤として、それぞれが必要な情報をRAP-DBから取得できるようにしている。現在は、イネゲノムの新バージョンが公開されたことを受け、新規アノテーションデータを作成しており、更にゲノムアラインメント・異種間転写産物マッピングを実行し種間ゲノム比較データ作成を行っている。これらのデータはα版としてRAP-DBから公開している。 |
SALAD database -アミノ酸配列の類似性を基準にした比較ゲノムデータベース- | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-21 |
タイトル | SALAD database -アミノ酸配列の類似性を基準にした比較ゲノムデータベース- |
名前 | ○三原基広,伊藤剛,井澤毅 |
所属 | 農業生物資源研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | SALAD database( http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/ )は、ゲノム内・ゲノム間で進化上保存された様々なアミノ酸配列(モチーフ)を期待値最大化法(MEME)で抽出し、その抽出モチーフの類似性・組み合わせでアノテーションを分類した比較ゲノムデータベースである(特許出願済)。任意のモチーフの組み合わせでアライメントを作り、NJ樹(アミノ酸、核酸ともに)も作れる。また、クレードごとに配列ロゴを作成し、アミノ酸座位の保存性も比較できる。現在のデータセットは7つの生物種(イネ、ソルガム、シロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ、紅藻、緑藻、酵母)の全ゲノムアノテーション情報を内包している。これらを使えば種を超えて似た機能を持つ遺伝子を推定することもでき、シロイヌナズナ等の先行知見を、他の植物の研究に効率的に反映させられる。また、本データベースの類似性クラスタリングとマイクロアレイデータを組み合わせた新しいビュワー(SALAD on ARRAYs)を開発しており(特許出願済)、データも公開している。これを使えばアレイデータ上のパラログ間の発現比較が簡単に行える。 |
Gene Indexing:植物と関連微生物におけるオープンゲノム注釈実証実験 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-22 |
タイトル | Gene Indexing:植物と関連微生物におけるオープンゲノム注釈実証実験 |
名前 | ○岡本忍1),中尾光輝1),藤澤貴智2),中村保一3) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)かずさDNA研,3)DDBJ |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 次世代シーケンサー本格稼働の時代を迎え、個別生物のゲノムに対する注釈を維持、充実させるための方法論やツールの必要性が高まっている。我々は、インターネットを介して遺伝子注釈を蓄積、編集、表示、共有することができるKazusaAnnotation( http://a.kazusa.or.jp/ )システムを開発した。その実証実験として、このシステムを用い、光合成細菌、マメ科植物根粒菌、マメ科モデル植物の入手可能な関連論文、約四千報の全文からの人手による遺伝子情報抽出:Gene Indexing(GI)を試みた。GIは、論文などの文献中の遺伝子名やタンパク質名を人手でセクション単位に抽出し、ゲノムデータベースの遺伝子情報と関連づける遺伝子注釈である。GIは遺伝子と文献の対応というファクトデータであるので、今後研究がいかに進展しても廃れることはない。したがって、遺伝子注釈を深めるときの起点データになるだけでなく、大規模遺伝子文献ネットワークデータとしても利用可能である。GIを基盤とした遺伝子注釈の量的質的な解析統合化により、実験生物学者の発見的な仮説デザインを支援できると期待している。 |
KazusaMart: 植物関連生物ゲノムデータの統合と管理 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-23 |
タイトル | KazusaMart: 植物関連生物ゲノムデータの統合と管理 |
名前 | ○藤澤貴智1),中尾 光輝2),岡本忍2),中村保一3) |
所属 | 1)かずさDNA研究所,2)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,3)DDBJ |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 我々は、 EBIとCSHLが共同開発したクエリー指向型のデータ管理システムBioMartを導入し、国内の植物・関連微生物ゲノム情報の統合基盤の構築に向けたゲノムデータの統合、整備を行っている。KazusaMartでは、さまざまなユーザのデータ解析における問い合わせからの視点でデータを再構築し、ゲノムスケールデータへの横断的なアクセスを可能にしている。これまで問い合わせることのできなかったが価値のあるデータの組み合わせや、高度で有用な絞り込みが可能なフィルター機能をユーザに対して提供している。本発表では、光合成細菌34生物種のゲノムデータベースを中心とした遺伝子情報をインポートしたテスト公開サーバ http://mart.kazusa.or.jp を紹介する。また、理化学研究所の植物オーミクス情報との連携や今後のさらなるデータ統合、管理の仕様、利用の枠組みについての整備の取り組みを議論したい。 |
Dicty_cDB:細胞性粘菌cDNAデータベースの意義と課題 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-24 |
タイトル | Dicty_cDB:細胞性粘菌cDNAデータベースの意義と課題 |
名前 | ○漆原秀子1),清水裕司2),牧野和佳2),大柳一2),杉岡功一2),古川茂豊2),川合浩之3),田仲可昌1) |
所属 | 1)筑波大学大学院生命環境科学研究科,2)三菱スペース・ソフトウエア株式会社,3)筑波大学大学院システム情報工学研究科 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | Dicty_cDBは、社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報にさまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースであり、WISHによる発現部位データベースATLASも内蔵している。EST解析は文科省科研費、JSPS未来開拓事業のサポートを得てDictyostelium cDNAプロジェクトチームによって実施されたもので、DB作製自体も8年間にわたって研究成果公開促進費によりサポートされた。Dicty_cDBの最大の特徴は最新版情報の公開を目指していることであり、当初から配列の即時公開とアノテーション内容の継続的更新を実施している。プロジェクト終了後のデータベース管理に必要な人的・予算的ソースの捻出が大きな課題であったが、現在は筑波大学のレンタルサーバシステムを利用することによってセキュリティを損なわず公開にかかるコストを抑えるとともに、永続的公開を保証するために統合データベースに登録している。ポスターではDicty_cDBの機能、意義、問題点について説明する。 |
tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-25 |
タイトル | tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース |
名前 | ○阿部貴志1),小原康雄1),上原啓史1),平野晋也1),木ノ内誠2),金谷重彦3),菅原潤一4),金井明夫4),山田優子1),武藤昱5),井口八郎1),池村淑道1) |
所属 | 1)長浜バイオ大学,2)山形大学,3)奈良先端大,4)慶応義塾大学,5)弘前大学 |
発表資料 | - |
要旨 | 我々は、統合データベース(DB)整備事業の人材養成プログラムの一環として、シニア世代研究者の専門知識を活用して、DBの高度化と学部学生等への知識継承を図っている。タンパク質合成で重要なtRNA遺伝子に着目し、公開されている原核生物の737の完全長ゲノム、616のドラフトゲノム、ならびに約1500万の環境由来ゲノム断片配列を対象に網羅的な探索を行いDB化した( http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp )。遺伝子探索を完全なものにするため3種のtRNA遺伝子領域予測プログラム(tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder)を併用して探索した。プログラムにより予測結果が一致しない場合が全予測tRNA遺伝子の約5%あったが、これらについてはシニア世代のtRNA研究者がマニュアルにて精査を行った。本DBは世界最大規模の登録件数で、信頼性の高いDBであり、tRNAの分子生物学的な研究や微生物の進化を研究するための新規情報と解析手法を提供している(Nucl. Acids Res., 37 DB Issue, D163-168, 2009)。 |
NITEにおける微生物ゲノム解析へのとりくみと微生物ゲノムデータベースDOGAN | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-26 |
タイトル | NITEにおける微生物ゲノム解析へのとりくみと微生物ゲノムデータベースDOGAN |
名前 | ○市川夏子,澤野寿彦,関川智洋,山崎秀司,藤田信之 |
所属 | NITEバイオテクノロジー本部 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | NITEではNBRCから微生物株やDNAクローン等の有用な資源を提供すると共に、ユーザーが微生物を利用しやすくするため、麹菌等の産業に有用な微生物や系統的に基準となる微生物を中心としてゲノム解析等を行いその情報を提供している。現在までに14の微生物門にわたる45種の微生物の解析を手がけ、この情報は順次DOGAN (Database of the Genomes Analyzed at NITE)で公開している。DOGANはゲノム情報の他に2006年からプロテオーム解析や比較ゲノム解析の結果を、2007年から遺伝子のカバークローンの情報と多様な情報を公開している。ユーザーは微生物のもつ特徴や遺伝子の機能に関する解析データの利用が可能であり、この情報を元にNBRCから目的のORFを含むクローンの分譲も受けられる。NITEでは解析したゲノムにアノテーターによるマニュアルアノテーションを実施しており、信頼に足る実験情報・相同遺伝子の情報を付与し情報の信頼性を高めている。自動アノテーションによる誤ったデータが蔓延する中、リファレンスとして有用な高精度アノテーションの提供に貢献している。 |
NBRCの微生物資源活用のためのデータベースとネットワーク | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-27 |
タイトル | NBRCの微生物資源活用のためのデータベースとネットワーク |
名前 | ○田中敏広,市原正巳,鈴木健一朗 |
所属 | NITEバイオテクノロジー本部 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | NBRCは、微生物材料を保存・供給する生物遺伝資源センター(BRC)として、国内では最大級の規模と多様性を持っている。微生物は生命科学のモデル生物から発酵産業の主役まで幅広く利用されているが、ユーザーが目的に合った材料を選定し、活用するためには優れたデータベース(DB)が要求される。NBRCは微生物の学名、分離源、培養法、特性、文献情報などを中心としたカタログデータを中心に、分類指標として自ら決定した遺伝子塩基配列データも公開し、利用者による同一性確認など品質管理にも役に立つように配慮している。一方、内部では在庫管理、顧客管理などの機能も持ち、円滑な受け入れ、分譲に貢献している。NBRCでは国内最大級の微生物材料を有しているが、微生物の多様性は1機関ではカバーできるものではないので、国内外のBRCとのネットワーク構築を積極的に推進している。さらに、資源としての活用と言う観点から、塩基配列情報、文献情報などの学術的DBとのリンクのほか、病原性、植物防疫、特許情報など各種法令・規制に関する情報との連携が今後の最重要な課題と考え、関連情報の収集や関連機関との連携を強化していく。 http://www.bio.nite.go.jp/ |
CSML記述形式によるマクロファージ動的パスウェイデータベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-28 |
タイトル | CSML記述形式によるマクロファージ動的パスウェイデータベース |
名前 | ○宮野悟,長崎正朗,斉藤あゆむ,藤田アンドレ,植野和子,池田恵美,関谷弥生,李晨,鄭恩娥 |
所属 | 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | CSML (Cell System Markup Language) は、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係を、システムダイナミクスを含め記述するためのXMLフォーマットです。CSML形式で作成されたデータは、データベースCSMLDBに登録することで検索、統合、抽出が可能です。また、CSMLはOWLで記述したオントロジー言語 CSO (Cell System Ontology) を利用して定義しており、生体内パスウェイで必要となる語彙をあらかじめ定義するとともに、これらの語彙の情報を使い、モデルの整合性検査を行えます。さらに、アプリケーション間で視覚情報をも標準形式でやりとりできるよう、各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。我々は、マクロファージの分化・増殖にかかわるLPS,PMA刺激に関連する文献を精読し、219個のマクロファージ動的パスウェイをCSML形式で作成・公開しました( http://gnp.hgc.jp/ )。これらのパスウェイは統合プラットフォームCell Illustrator Online (CIO)上で表示や編集が可能です。 |
転写開始点データベースDBTSSの拡張 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-29 |
タイトル | 転写開始点データベースDBTSSの拡張 |
名前 | ○山下理宇1),鈴木穣2),菅野純夫2),中井謙太1) |
所属 | 1)東京大学医科学研究所,2)東京大学新領域メディカルゲノム |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 完全長cDNA技術(Suzuki and Sugano, Methods in Mol Biol, 2003; Ota et al, Nat Genet, 2004)を基盤として我々の構築した転写開始点データベースDBTSSには、現在までにヒトおよびマウスのほとんどの遺伝子について転写開始点とプロモーター情報をカタログ化している。近年、一般にゲノム中には多くの選択的プロモーターが存在し、遺伝子間領域からも転写が行われることが明らかとなった。これらの生物学的意義の解析を進めるためには、雑多な細胞種から恣意的に抽出した静的なカタログだけでなく、それぞれの細胞間でどの程度転写されているか、動的な変化に着目したデータベースの構築が必須である。我々は、次世代シークエンサー・ソレクサと完全長cDNA技術を融合し、1ランあたり数十万円で数百万の転写開始点データを収集する方法を確立した(Tsuchihara et al NAR 2009)。収集された転写開始点の配列数はある程度、遺伝子発現量と対応すると考えられ、従来のマイクロアレイ等と同様かそれ以上の感度で発現解析にも用いることができると考えられる。 |
新規RNA遺伝子発見を支援する機能性RNAデータベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-30 |
タイトル | 新規RNA遺伝子発見を支援する機能性RNAデータベース |
名前 | ○光山統泰1),山田浩一郎2),服部恵美2),沖田弘明3),小野幸輝2),寺井悟朗3),小嶋亜耶3),浅井潔4) |
所属 | 1)産総研・生命情報工学,2)情報数理研究所,3)インテックシステム研究所,4)東大・新領域・情報生命科学 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 新規RNA遺伝子の発見を支援するための機能性RNAデータベースを開発した( http://www.ncrna.org/ )。このデータベースは、ゲノムブラウザと配列データベースによって構成される。ゲノムブラウザであるUCSC GenomeBrowser for Functional RNAは、UCSC Genome Browserに、RNAに特化したトラック追加と、機能拡張を行ったものである。miRNAやsnoRNAといった既知RNA配列をヒト、マウス、ラットのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなど、56のトラックが追加されている。未知ncRNA配列のアノテーションを行うための膨大な情報を提供する。配列データベースであるfRNAdbは、既存のRNA配列データベースから収集した既知RNA配列と、既存の予測RNAの配列情報を網羅的に集積したものである。登録配列には、関連文献の情報、ゲノム上のマップ位置等の情報が関連付けられている。未知ncRNA配列と類似のncRNAの検索や、標的遺伝子や遺伝子座と関連するncRNAの検索に有用である。 |
PDBj: 日本蛋白質構造データバンクの活動 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-31 |
タイトル | PDBj: 日本蛋白質構造データバンクの活動 |
名前 | ○金城玲1),PDBjメンバー1) ,中村春木1) |
所属 | 1)大阪大学蛋白質研究所,(独)科学技術振興機構・バイオインフォマティクス推進センター |
発表資料 | - |
要旨 | 日本蛋白質構造データバンク:PDBj(Protein Data Bank Japan, http://www.pdbj.org/ )は、2000年7月より現在に至るまで、大阪大学蛋白質研究所にて、(独)科学技術振興機構による支援のもと、アジア・オセアニアを主とした地域の生体高分子立体構造データの登録・編集・公開を行っている。PDBjは米国・RCSB-PDB、欧州・PDBe-EBIと協力して2003年にwwPDBを設立し、2006年には、生体分子NMRデータベースであるBMRB (BioMagResBank)を新しいメンバーに加え、国際協力によって、生体高分子構造データベースの維持・運営を行っている。PDBjは登録された構造データを絶えず編集・維持・管理し、その品質を保っており、Gridなど最新の情報技術を応用して、類似フォールドや類似分子表面、類似基質結合構造などのアナログ検索を高速で行う工夫をするとともに、XMLによるPDBMLの活用を進め、より使いやすく情報提供のできるデータベースを構築している。ポスターでは、データベースの概要と最新のサービスを紹介する。 |
SEVENS: 7回膜貫通ヘリックス型受容体の総合的機能解析データベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-32 |
タイトル | SEVENS: 7回膜貫通ヘリックス型受容体の総合的機能解析データベース |
名前 | 小野幸輝1),○諏訪牧子2) |
所属 | 1)(株)情報数理研究所,2)(独)産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 7本の膜貫通ヘリックス型受容体(主にGPCR)は内分泌系、神経系など多様な生命現象の起点となるため、創薬の最重要な研究対象である。創薬の観点からは、これらの遺伝子を全て保有し、機能情報を網羅的に解析することが求められるが、実験ではコストと時間が膨大で極めて困難であり、予め計算手法で機能を解析・予測してDB化する必要がある。SEVENS( http://sevens.cbrc.jp )は、これを目的としたDBである。高精度な遺伝子同定・解析パイプラインを基に数十種の真核生物のゲノム配列からGPCR遺伝子を網羅的に同定し、ゲノム上の座標、タンパク質の構造・機能情報などを視覚的なインターフェースで表現した総合DBになっている。実験で発現が確認されずとも、ゲノム上に確かに存在し発現可能性のある遺伝子を全て含むのが大きな特徴で、GPCRの総合的な理解や関連創薬に大きく貢献できる。現在、所属組織、国際雑誌、文科省や経産省の統合DB整備事業のポータルにもリンクし、国内外から月に1万件以上のページアクセス数がある。今後、機能解析・予測情報をさらに充実させ、世界的なDBとして定着させることを目指す。 |
生体分子の熱力学データと構造データの統合 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-33 |
タイトル | 生体分子の熱力学データと構造データの統合 |
名前 | ○皿井明倫,Shaji Kumar |
所属 | 九州工業大学・情報工学部 |
発表資料 | - |
要旨 | 生体分子は熱力学の支配するミクロな世界の実体なので、その機能を理解するには、配列や構造の情報だけでなく、構造安定性や分子間の相互作用などに関する熱力学の情報が不可欠である。熱力学データは、蛋白質の構造安定性や分子認識のメカニズムを理解するために重要であるだけでなく、配列や構造情報とあいまって、蛋白質のデザイン、機能の予測、ドラッグデザインなどの応用研究にとっても必須である。熱力学データと構造データは相補的な関係にあり、それらを統合して解析するための基盤が必要である。しかし、これまでに熱力学に関するデータベースはほとんどなかったため、我々は蛋白質の安定性や核酸、リガンドとの相互作用に関する熱力学データベースの開発をすすめてきた。本プロジェクトでは、熱力学データと構造データの統合をすすめるため、熱力学データと構造データを対応づけるクロスリファレンスの作成、熱力学のオントロジーの整備、XMLなどのデータ交換フォーマットの整備、などをすすめている。また、ライフサイエンス統合データベースセンターと連携して、テキストマイニングによる論文の自動収集やデータの自動抽出の方法を開発している。 |
脂質データベースLipidBank(日本脂質生化学会) | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-34 |
タイトル | 脂質データベースLipidBank(日本脂質生化学会) |
名前 | ○八杉悦子1),有田正規2),西島正弘3) |
所属 | 1)東京大学大学院医学系研究科メタボローム講座,2)東京大学大学院新領域創成科学研究科,3)国立医薬品食品衛生研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ポストゲノムの時代に、生体内で代謝される化合物の網羅的解析メタボロームが脚光を浴びている。そのなかでタンパク質や糖と共に脂質は重要な位置を占めている。日本の脂質研究は先端的な研究者が多く輩出した長い歴史があり、これを背景に日本脂質生化学研究会の有志はLIPIDBANK for Web(生理活性脂質データベース)を1999年にWeb上に公開した( http://lipidbank.jp 英語版のみ)。世界で初めて脂質を網羅したデータベースを日本から発信する事ができた。LIPIDANK for Webは2006年に日本脂質生化学会公認のデータベースとなり、2007年には名称をLipidBank(URLは同じ)に改めた。2008年にはライフサイエンス統合データベースの「生命科学データベース横断検索」から検索が可能になったので、英語のみならず日本語から検索が可能になった。これは日本のユーザーに便利なツールであり、幅広い分野から利用されることを期待している。 |
ゲノムネット化合物・医薬品データベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-35 |
タイトル | ゲノムネット化合物・医薬品データベース |
名前 | ○五斗進,服部正泰,時松敏明,小寺正明,守屋勇樹,中川善一,金久實 |
所属 | 京都大学 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 文科省統合データベースプロジェクトにおいて、京都大学は主に医薬品・化合物データベースの開発を担当している。京都大学ではKEGGプロジェクトにおいてDRUGとCOMPOUNDデータベースを既に構築しているため、これらを核として無料のバイオ系データベースに順次リンクを張り、LinkDBの仕組みを使い統合化を実現している。現在、KEGG以外に9種類のデータベースを検索できる。また、医薬品に関しては医療用・一般用医薬品の添付文書情報が日本医薬情報センター(JAPIC)によりデータベース化されているので、これらを再構成してゲノムネットで公開している。KEGGや米国で承認されている医薬品の情報ともリンクを張ることにより統合的に検索できるようにしている。化合物データベースを有用なものとするためには、構造検索やより高度な解析をウェブ上で簡単にできることも重要であるため、各種ツールの開発も同時に進めている。ポスターではデータベース間のリンクをつける際の核となっているKEGGについても紹介する予定である。ゲノムネットには http://www.genome.jp/ja/ からアクセスできる。 |
リサーチツール特許データベースの運用開始 −ライフサイエンス分野のイノベーション創出へ− | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-36 |
タイトル | リサーチツール特許データベースの運用開始 −ライフサイエンス分野のイノベーション創出へ− |
名前 | ○小林英司 |
所属 | 特許庁総務部企画調査課 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ライフサイエンス分野の研究を行うために必要なリサーチツールの特許には、汎用性が高く広範に使用されて研究の推進に資するものが多いことから、我が国の競争力強化の上でも、リサーチツール特許使用の円滑化を図る必要性は非常に高い。このような背景の下、内閣府総合科学技術会議において、「ライフサイエンス分野におけるリサーチツール特許の使用の円滑化に関する指針」がとりまとめられた。同指針には、大学等や民間企業が所有し供与可能なリサーチツール特許や特許に係る有体物等について、その使用促進につながる情報を公開し、一括して検索を可能とする統合データベースを構築することが示されている。この指針を受けて特許庁は、リサーチツール特許の種類、出願・特許番号及びライセンス(実施許諾)条件等の検索・照会をインターネット上で可能とする『リサーチツール特許データベース』を構築し、平成21年4月1日より運用を開始した。【リサーチツール特許データベース】 http://www.ryutu.inpit.go.jp/RTPatents/ |
GENPAC:ネットワーク解析が可能な文献由来の相互作用データベース | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-37 |
タイトル | GENPAC:ネットワーク解析が可能な文献由来の相互作用データベース |
名前 | ○櫛田達矢1),浅沼孝夫1),奥田喜弘1),仕田原容1),吉野巌1),高木利久2) |
所属 | 1)ナラプロ・テクノロジーズ株式会社,2)ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | - |
要旨 | GENPACは、PubMedに登録された1,800万件以上の論文を情報源に、ライフサイエンスの専門用語辞書と自然言語処理技術を用いて、遺伝子・タンパク質、化合物、疾患間の相互作用情報を収集し、無料で公開されている情報抽出システムおよびデータベースである( http://www.genpac-nalapro.com/ )。ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、シロイヌナズナ、分裂酵母、出芽酵母、枯草菌、大腸菌の11種類の生物種に対応し、100万件以上の相互作用情報を持っている。各データにはMeSH termの情報が付与され、特定の疾患や生物学的現象との関係が指摘される相互作用情報を検索することが可能である。さらにGENPACの相互作用データは、Cytoscape上でネットワーク、パスウェイ表示や解析が可能であり、マイクロアレイや質量分析実験で導き出された発現変動遺伝子・タンパク質群に対する機能アノテーションなども活用することができる(http://www.nalapro.com/example/)。 |
生物種ごとの日本の分子生物学研究一覧の構築に向けて ~「生物アイコン」の現状と今後 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-38 |
タイトル | 生物種ごとの日本の分子生物学研究一覧の構築に向けて ~「生物アイコン」の現状と今後 |
名前 | ○坂東明日佳1),仲里猛留1),川本祥子1),大久保公策2) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 「生物アイコン」( http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=resource_icon )は、真性細菌から動物界までの様々な生物種の画像を生物学的分類に従って閲覧し、無償で入手・再利用することが可能な画像レポジトリである(登録件数:202)。それと同時に、プロジェクト型研究を含む日本で生産された研究成果を生物種ごとに一望できるポータルサイトの入り口となることも念頭に置いて開発を行っている。分子生物学分野では、ショウジョウバエや線虫などモデル生物ごとに整備されたポータルサイトが既に数多く存在する。しかし日本独自の分子生物学研究の現状を見渡し、それらがヒトを含む生物の生命現象の理解にどのように結びつくのか知ろうとすると、新たな情報整理の必要性が生じてくる。そこで現在メダカなどの日本で詳細に解析が進められているモデル生物を中心に、研究成果の報告文書の収集と、それら相互の関連性を強調した記述内容の編集を行っている。その具体例の紹介を通じて、複雑な生命現象を成り立たせるしくみの解明を目指す日本の分子生物学コミュニティにおける、統合データベースの役割について議論したい。 |
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-39 |
タイトル | DNA Data Bank of Japan (DDBJ) |
名前 | ○中村保一,神沼英里,高木利久,大久保公策 |
所属 | 国立遺伝学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | DNA Data Bank of Japan (DDBJ) はInternational Nucleotide Sequence Databases Collaboration (INSDC) の一員として、欧州EBIが運営するEMBLと米国NCBIが運営するGenBankとのデータの相互交換による国際塩基配列データベースを構築運営している。本発表ではまず5/12-14に開催された直近のINSDCの実務者会議とそれに続くShort Read Archive (SRA)会議での討議を紹介する。ここでは超高速シーケンサ由来情報のアーカイブであるSRAを国際協調のもと推進することが確認され、DDBJでのシステムの構築に向けた素早い対応が必要とされている。また、INSDCの配列特徴情報記載システム (Feature Table) や、配列データの内訳から観察される分子生物学の動向をレポートし、今後DDBJがどのように発展しなければならないかについてを議論したい。 |
次世代シークエンサの出力データのためのアーカイブについて | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-40 |
タイトル | 次世代シークエンサの出力データのためのアーカイブについて |
名前 | ○児玉悠一,猿橋智,五條堀孝,舘野義男,中村保一,菅原秀明 |
所属 | 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 大量並列配列決定法により性能が桁違いに向上した次世代シークエンサは、ゲノム、転写、染色体構造解析といった生物学分野で使用され、従来を大幅に上回るペースでデータを産み出している。次世代シークエンサから産み出される膨大なデータをアーカイブすべく、NCBIは2007年にShort Read Archiveをスタートさせた。DDBJ、EMBL/EBI、GenBank/NCBIの3極は、20年以上に渡り国際塩基配列データベース(INSDC)を共同事業として構築、運営してきた実績があり、次世代シークエンサの出力データのためのアーカイブも、国際共同事業として推進していく計画である。昨年度末の時点で、NCBI SRAには、総計6兆塩基対のデータが登録されている。 DDBJは2008年秋からデータ受付を開始しており、2009年5月までに10件のデータ登録に取組んできた。本報告では、SRAのデータ構造、データ登録の手順を中心にご紹介することによってDDBJへのデータ登録を促進したい。また、あわせてSRAデータの利用形態、データベースへの要望についても情報を収集したい。 |
生命科学系データベースアーカイブサービス | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-41 |
タイトル | 生命科学系データベースアーカイブサービス |
名前 | ○西川哲夫1),八塚茂1),熊谷禎洋1),片山俊明2),大久保公策1),高木利久1) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)東大医科研 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | データ共有化の実現を目的として、各研究機関が保有する生命科学系データベースに対し、データ利用者が簡単にアクセスして検索やダウンロードを行うことのできるサービス「生命科学系データベースアーカイブサービス」を公開した。本サービスでは、各研究機関が寄託したデータベースをアーカイブ化し、 各データベースの詳細情報(メタデータ)と利用許諾条件と共に公開し、ダウンロード可能にした。 詳細なメタデータの提供と利用許諾条件の開示により、適切にかつ安心してデータを利用することができる。また、ダウンロードしたデータは、データマイニングや統合化などより深く利用することが可能である。さらに、アーカイブ化により、データベース関連プロジェクトの終了後も長期にわたるデータの保全が可能になる。現在は、DBCLS、及び「統合データベースプロジェクト」の関連機関において産生されたデータベースを中心に公開している。 また、文部科学省所管のライフサイエンス関連のプロジェクトから今後産生されるデータベースは公開が義務付けられており、 それらのデータベースは本サービスで公開される予定である。 |
海洋研究開発機構における海洋生物系の統合情報システムについて | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-42 |
タイトル | 海洋研究開発機構における海洋生物系の統合情報システムについて |
名前 | ○齋藤秀亮1),田中克彦1),荻堂盛誉1),久積正具2),齋藤暢之2),藤倉克則1),山本啓之1),園田朗1),丸山正1) |
所属 | 1)独立行政法人海洋研究開発機構,2)マリン・ワーク・ジャパン |
発表資料 | - |
要旨 | 海洋研究開発機構では、保有する船舶等により取得したデータ・サンプルについて統合ポータル機能や各種DBを構築し、機構内外の利用者に向け公開・提供を行っている。特に潜水調査船等を用いた深海調査で得られた深海生物に関わる情報を広く外部の利用に供するために体系的に整理し、関連した情報を統合的に提供する統合情報システム「海洋生命情報バンク」として各種情報システム群の整備を進めている。本年5月より公開した「BISMaL(Biological Information System for Marine Life)」は、利用者がインターネット経由でアクセスし、学名・和名、採取・観察位置等から各生物群・種を検索できるほか、分類群名を階層的にたどって検索することが可能な機能を有している。現在、約400種の深海生物情報(画像、解説、サンプル情報、文献情報等)登録と、関連DBとの連携により約1600件の関連映像の閲覧が可能となっている。本報告では、このBISMaLに加えて、6月中に公開を予定している海洋生物サンプルデータベース等についても紹介する。 |
日本における生物多様性データベースの活動展開:博物館および大学からの情報発信 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-43 |
タイトル | 日本における生物多様性データベースの活動展開:博物館および大学からの情報発信 |
名前 | ○神保宇嗣1),松浦啓一2),菅原秀明3),伊藤元己1) |
所属 | 1)東京大学大学院総合文化研究科,2)国立科学博物館,3)国立遺伝学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 地球規模生物多様性情報機構(GBIF)などのプロジェクトによって莫大な生物多様性情報の電子化が進み、我々はそれらを様々な形で利用できるようになりつつある。国立科学博物館と東京大学総合文化研究科はGBIF日本ナショナルノードのブランチであるが、それぞれの組織が中心となって国内の関係機関と連携してデータベースを構築し、ウェブサイトを通じて国内向けに公開するとともに、GBIFデータポータルを通じて全世界に発信を行っている。国立科学博物館では、自然史系博物館の連携を目的としたサイエンスミュージアムネット(S-net)を運営し、参加機関の所蔵する112万件以上の標本情報を公開している。東京大学総合文化研究科では、標本情報と塩基配列をまとめて保存できる汎用データベースシステムRugaを開発しており、このシステムを用いた様々なデータベースと日本産生物の学名と和名を網羅した日本産生物名辞書の構築を進めている。本発表ではこれらの活動の現状と今後の展開について発表する。本活動は文部科学省による「ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)」の「情報センター整備プログラム」として構築運用が行われている。 |
ターゲットタンパク研究プログラムの知的基盤「情報プラットフォーム(情報PF)」 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-44 |
タイトル | ターゲットタンパク研究プログラムの知的基盤「情報プラットフォーム(情報PF)」 |
名前 | ○菅原秀明1),中村春木2),金子明人3),大野美恵4) |
所属 | 1)国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター,2)大阪大学蛋白質研究所,3)日立製作所中央研究所,4)東京大学農学部 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムは、基本的生命、医学・薬学、食品・環境の3つの領域におけるターゲットタンパク研究と、タンパクの生産と解析、化合物による制御、そして情報の4つの技術開発研究における43課題で構成されている。情報PFは、こうしたプログラム内の多様なグループの間での情報共有をもたらし、またターゲットタンパク研究プログラムの研究成果を一般に広く公開することを目的としている。情報PFの開発と運用は、中核機関である国立遺伝学研究所と分担機関である大阪大学蛋白質研究所、日立製作所中央研究所ならびに東京大学大学院農生命科学研究科が協力して行っている。今回は、公開ポータルサイト、プログラム内で利用される共有ポータルサイト、配列データベース、構造データベース、実験情報マネージメントシステム、ターゲットタンパクリンク集、進捗情報マネージメントシステムなど、情報PFの機能を紹介する。 |
地球規模生物多様性情報機構(GBIF)日本のデータポータルサイトは何を提供しているか | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-45 |
タイトル | 地球規模生物多様性情報機構(GBIF)日本のデータポータルサイトは何を提供しているか |
名前 | ○重元康昌1),桑名義和2),菅原秀明3) |
所属 | 1)富士通,2)東海ソフトウェア,3)国立遺伝学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | GBIFは生物多様性にかかわる様々な問題を解決する情報環境を提供することを目的としている。このため、第1に、自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを、地球規模で網羅しようとしている。第2に、標本情報と観測データと、塩基配列データなどの分子データや文献情報、さらに地理情報や環境情報などの非生物情報を組み合わせてモデリングやシミュレーションに利用できる環境創出に取り組んでいる。GBIFは、2003縲鰀2006年の第1期試行期間の後、2007年から第2期に入っている。第2期終了時の2011年には、既知の生物種を100%網羅する180万種10億件のデータを提供することを目指している2009年5月の時点では、GBIFのデータポータルサイト(data.gbif.org)から、各国に分散した285のデータ提供機関が提供するータ1億7,400万件余りを一括検索することが可能になっている。我々は、GBIF日本ノードの一員とてGBIF日本のデータポータルを構築・運用しており、今回はその現状を報告する。 |
ヒトゲノムネットワーク・プラットフォーム | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-46 |
タイトル | ヒトゲノムネットワーク・プラットフォーム |
名前 | ○池尾一穂1),河合純2),林崎良英2),五條堀孝1) |
所属 | 1)国立遺伝学研究所,2)理化学研究所 |
発表資料 | - |
要旨 | ゲノムネットワーク・プロジェクトは、細胞内の転写制御を中心としたゲノムワイドなネットワークを枚挙的な方法でデータ産生を行い、統合的なデータベースの作成と関連の情報解析をプラットフォームとして構築して、利用に供することを目的とした文科省のプロジェクトであった。このプロジェクトは、平成16年度から平成20年度までの5年間にわたって遂行され、データ生産は理化学研究所を中心としたいわゆる「横軸」研究機関が担当し、国立遺伝学研究所がプラットフォームの構築の開発とその公開を担当して、プロジェクト内の個別研究であるいわゆる「縦軸」研究機関はもちろんのこと、一般の研究者にも広く使えるようにした。今回、このようにして構築されたヒトゲノムネットワークプラットフォームについて、特にデータベースを中心に紹介する。ゲノムネットワーク・プラットフォームは、プロジェクトとしての成果を公開するとともに、個別生命現象における転写制御を中心とした生体ネットワークを解明するための解析基盤を提供している。 |
ナショナルバイオリソースプロジェクト情報整備プログラムの成果と展望 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-47 |
タイトル | ナショナルバイオリソースプロジェクト情報整備プログラムの成果と展望 |
名前 | ○山崎由紀子 |
所属 | 国立遺伝学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)の活動によって国内における研究用バイオリソースの収集・保存・提供体制の整備が進み、インターネット上の情報公開を通してバイオリソースへのアクセスは格段に進歩した。各生物を代表する27のリソース中核機関と1つの情報センターが強力に連携することによって情報公開100%を達成し、プロジェクトのホームページ( http://www.nbrp.jp/ )はバイオリソースのハブとして機能している。27種の公開データベースは当該生物の特性や研究コミュニテイのニーズを反映した特徴のある構造をもち、大部分のリソースはオンライン上での分譲手続きが可能である。更に情報センターでは、情報の高次利用による新たな価値創出を目指している。生物種横断的なリソース探索機能の提供もその1つであり、これまでに「キーワード検索」「配列の相同性検索」「遺伝子オントロジー検索」サービスを実現している。このほか、リソースを使った成果論文の収集と公開によってリソースの付加価値を高めるとともに、ゲノムデータベースや海外の関連データベースとの相互運用を通してリソース利用の拡大を図っている。 |
The FANTOM web resource | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-48 |
タイトル | The FANTOM web resource |
名前 | ○Hideya Kawaji, Jessica Severin, Marina Lizio, Andrew Waterhouse, Shintaro Katayama, Alistair Forrest |
所属 | RIKEN Omics Science Center |
発表資料 | ポスター |
要旨 | In FANTOM4, an international collaborative research project, we collected a wide range of genome-scale data, including 24 million mRNA 5'-reads (CAGE tags) and microarray expression profiles along a differentiation time course of the human THP-1 cell line and under 52 systematic siRNA perturbations. In addition, data regarding chromatin status derived from ChIP-chip. Here we present these data to the research community as an integrated web resource. |
経済産業省ライフサイエンス統合DBプロジェクトのポータルサイトMEDALSとMEDALSツール | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-49 |
タイトル | 経済産業省ライフサイエンス統合DBプロジェクトのポータルサイトMEDALSとMEDALSツール |
名前 | ○松矢明宏1,2),村上勝彦1),富所布紗乃1,3),小川誠1,3),中岡源1,4),五十嵐由美子1,5),岸本晃彦1,5),今西規6),五條堀孝6,7) |
所属 | 1)バイオ産業情報化コンソーシアム,2)日立公共システムエンジニアリング,3)ダイナコム,4)シーズ・ラボ,5)日立製作所,6)産総合研・バイオメディシナル情報研究センター,7)遺伝研・生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | - |
要旨 | 経済産業省関連のライフサイエンス分野研究成果等の整備・連携・統合による研究開発促進を目的とした「経済産業省統合データベースプロジェクト」(2008-2011予定)において、データベース等の情報を提供するポータルサイトMEDALS[メダルズ](METI Database portal for Life Science)を構築した( http://medals.jp/ )。MEDALSのコンテンツには、成果物便覧や関連プロジェクト情報、成果物アーカイブ、および本プロジェクト開発の「MEDALSツール」がある。便覧では、各成果物を説明する情報を19項目、プロジェクトに関しては12項目を提供しており、データ更新頻度などの詳細な情報が特徴である。また、MEDALSツールの「新規文献お知らせツールPubMedScan」は、手持ちの文献(PubMed ID)リストで論文情報を定期的に自動収集できる点が大きな特徴である。「リンク自動管理システム」はデータベースへのリンクを簡単に設定できる。これらはDB利用者・開発者の負荷を軽減し、持続可能な統合データベースの実現に寄与すると思われる。 |
メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro) | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-50 |
タイトル | メタデータ要素レポジトリ(MDeR)とMediaWiki利用データベースポータル(WINGpro) |
名前 | ○黒田雅子1),小池俊行1),安田絵美1),佐藤早苗1),藤田晶子1),河村明子1),西村佑介1),大木章夫1),西澤達也2),谷口丈晃3) |
所属 | 1)JST・研究基盤情報・バイオインフォマティクス,2)情報数理研究所,3)三菱総合研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ライフサイエンス分野の研究情報基盤整備のため整備しているサイトを紹介します。統一的なデータの概念、表現、定義を提供することで、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用を可能とし、新たなデータセットに対するメタデータ要素の作成を支援するサイトをテストサイト「ライフサイエンス分野のメタデータ要素レポジトリ」(MDeR: http://mder.jst.go.jp/ )として提供しています。また、WINGpro( http://wingpro.lifesciencedb.jp/ )は、利用者を最適なデータベースに案内するサイトです。これは、利用者からの書き込み追加が可能な「MediaWiki」を利用しており、コンテンツの充実と即時性が見込め、利用方法などの情報交換の場を提供できる仕組みです。 本成果は文部科学省ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業の一環として行われた研究開発によるものです。 |
製品情報を統合する「バイオの買物.com」の試み | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-51 |
タイトル | 製品情報を統合する「バイオの買物.com」の試み |
名前 | ○加々美直史 |
所属 | Castle104合同会社 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 生命科学研究を行うにあたって、いまや制限酵素、PCR酵素、DNAシークエンサー、抗体などの研究用試薬・機器は欠かせない存在です。これらの製品の性能・品質・価格はピンからキリまであり、製品選択が研究の進捗やコストに大きな影響をもたらします。しかし製品数は軽く百万点を超え、販売メーカーも優に百を超えます。すべての製品を調べることが不可能なため、研究者は知り合いに相談したり、論文での使用実績などを調べるなど、範囲の狭い方法に頼りがちです。幅広い視野で製品を選択することは難しく、残念ながら最適な選択が行われないケースも多くあります。バイオの買物.comではこの問題を解決するため、ウェブに散らばっている研究用試薬・機器の情報を統合し、一つのウェブサイトにまとめる試みを行っています。主なものとして1) メーカー縦断的な抗体検索、2) メーカー縦断的な製品比較、3) メーカーが実施するセミナーやキャンペーンの一元的な情報管理、を用意しています。本発表ではこれらの機能を紹介し、方法論や今後の発展の可能性、意外な難しさ、メーカーとの関係について議論したいと考えています。 |
J-GLOBAL(科学技術総合リンクセンター)の紹介 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-52 |
タイトル | J-GLOBAL(科学技術総合リンクセンター)の紹介 |
名前 | ○松邑勝治 |
所属 | 独立行政法人科学技術振興機構 研究基盤情報部情報整備課 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 独立行政法人科学技術振興機構(JST)は、平成21年3月30日にJ-GLOBAL(科学技術総合リンクセンター)試行版(β版)のサービスを開始した( http://jglobal.jst.go.jp/ )。J-GLOBALは、「つながる、ひろがる、ひらめく」をキャッチフレーズに、科学技術全分野を対象にこれまでバラバラに存在していた情報をつなぎ、発想を支援する新しいWebサービスである。遺伝子名や思いつくキーワード、研究者の名前等をもとに、関連する文献、特許などを次々とたどり、連携する外部サイトの詳細等を入手することができる。文献は、2003年以降に発行された国内外の主要な科学技術・医学・薬学文献の書誌約600万件を英文タイトルには和訳を付して収録している。また、文献の書誌からJDreamII(有料)の日本語抄録や電子ジャーナルサイトの全文等をシームレスに参照することが可能である。なお、JDreamIIは日本最大の科学技術文献情報データベースで、収録文献は科学技術の全分野にわたる5、000万件で、学協会誌、会議・論文集/予稿集、企業技報、公共資料などを対象としている。 |
生命科学をわかりやすく伝える日本語バイオポータルサイト「Jabion」 | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-53 |
タイトル | 生命科学をわかりやすく伝える日本語バイオポータルサイト「Jabion」 |
名前 | ○薦田多恵子1),小林悟志1),荒木次郎5),隈啓一1), ○川本祥子3), 藤山秋佐夫1,2) |
所属 | 1)国立情報学研究所,2)国立遺伝学研究所,3)ライフサイエンス統合データベースセンター, 4)東京理科大学,5)(株)三菱総合研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 日本語バイオポータルサイト「Jabion」< http://www.bioportal.jp/ >は平成16年に開設され国立情報学研究所を中心に運営している生物学や生命科学のバイオポータルサイトです。日本語で研究情報をわかりやすく解説することを目指し、コラムやニュースでは生物学や生命科学研究の進展をイラストや解説とともに紹介しています。また独自で生物学用語辞書を作成し公開しています。ゲノムビューワーではゲノムに関する専門的な情報を日本語で利用できます。今回のポスターではJabionの新しいインタフェースを紹介します。 |
日本糖鎖科学コンソーシアムデータベース ~JCGGDB~ | |
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種別 | ポスター |
番号 | A-54 |
タイトル | 日本糖鎖科学コンソーシアムデータベース ~JCGGDB~ |
名前 | ○鹿内俊秀1),新間陽一1),鈴木芳典1),藤田典昭1),梶裕之1),佐藤隆1),栂谷内晶1),亀山昭彦1),舘野浩章1),平林淳1),奥田修二郎2),川嵜敏祐2,10),高橋禮子3),加藤晃一3),古川鋼一4,10),八杉悦子5),西島正弘5),木下聖子6),西原祥子6,10),山田一作7),水野真盛7),白井孝7),加藤雅樹8),山口芳樹8),萩谷恵里子9),吉田圭一9,10),谷口直之8,10),成松久1,10) |
所属 | 1)産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター,2)立命館大学,3)名古屋市立大学,4)名古屋大学,5)日本脂質生化学会脂質データベース構築委員会,6)創価大学,7)野口研究所,8)理化学研究所,9)生化学工業,10)JCGG |
発表資料 | - |
要旨 | 文部科学省ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの中で、日本に散在している糖鎖に関連するデータベースを可能な限り多くのDBを集約して統合化を目標にプロジェクトを推進しております。我々は、これまでの成果として、キーワード検索による横断検索と糖鎖構造による横断検索を公開しております。統合に必要な基盤となる技術を開発しながら統合化を図り、糖鎖に関連する周辺の研究領域のDBと連携できるように推進して参ります。今後は、専門的な糖鎖の知識を糖鎖以外の研究分野の方でも直観的に利用できるようにやさしいインターフェースの開発を併せて行って参ります。 |
糖鎖構造解析のためのリソース:RINGS | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-1 |
タイトル | 糖鎖構造解析のためのリソース:RINGS |
名前 | ○阿久根幸恵1),細田正恵1),木下聖子2) |
所属 | 1)創価大学大学院工学研究科生命情報工学専攻木下研究室,2)創価大学工学部生命情報工学科 |
発表資料 | - |
要旨 | 糖鎖構造はタンパク質やDNAのような直鎖構造とは異なり、複雑な分岐構造を保有し、各糖鎖と受容体との間の結合様式や認識機構の複雑性が存在する。近年、バイオインフォマティクス分野において糖鎖構造を包括するデータベースが増加してきた。様々なデータベースから、糖鎖生物学者が自由に糖鎖構造を解析できるツールを包括したリソースの一つとしてRINGS (Resource for INformatics of Glycomes at Soka)が開発された。例えば、糖鎖表示形式を相互変換するユーティリティや、ProfilePSTMM及びDrawRINGS等の様々な解析ツールを提供している。DrawRINGSでは糖鎖の分岐構造を考慮したアライメントアルゴリズム(KCaM)を用いて、ユーザーが描画したクエリ構造から類似した構造をKEGG Glycan及びGlycosciences.deから検索しスコアの高い順に表示する。また、ProfilePSTMM Toolは兄弟依存性を考慮した確率モデルを用いた糖鎖の認識部位を予測するツールである。今後更にこのようなツールを糖鎖生物学者に提供し、機能解明に貢献したい。 |
DBCLS Galaxy: 生物データ処理の対話的ツール組み合わせインタフェイス | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-2 |
タイトル | DBCLS Galaxy: 生物データ処理の対話的ツール組み合わせインタフェイス |
名前 | ○山口敦子,全弘宇,中尾光輝,山本泰智,高木利久 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 生物学の研究において実験や観察の結果として、膨大な量の生物データが研究者の手元に電子的に蓄積される現在、それらから有用な情報を引き出すために、様々なツールを組み合わせてデータを処理する必要性がでてきている。しかしながら、ツールを組み合わせて利用するためには、一般にプログラミングのスキルを要することが多く、プログラミングを得意としない研究者にとっては障壁が高い面があった。そこで、本発表では、マウス操作で対話的に生物データ処理が可能なサービス DBCLS Galaxy について紹介し、処理プロセスを例を用いて示し、その可能性を議論する。Galaxy は生物データ、特にゲノムデータをターゲットとして、ペンシルバニア州立大学によって作られたツール組み合わせの対話的インタフェイスである。DBCLS Galaxy ではこの Galaxy をプラットフォームとして利用し、さらに独自の機能やツールを組み込みつつ、開発を継続中である。現在 DBCLS Galaxy は http://galaxy.dbcls.jp/ でβ公開中である。 |
発現統合:配列データとしての発現データを扱う解析パイプラインの開発 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-3 |
タイトル | 発現統合:配列データとしての発現データを扱う解析パイプラインの開発 |
名前 | ○坊農秀雅 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ここ十年の間に大規模シーケンシングやDNAマイクロアレイの開発により、遺伝子発現データはより定量的に測定できるようになってきた。しかしながら、その過程でさまざまな遺伝子発現定量化方法が開発され、それらのデータを比較することが容易でないのが現状である。ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、文部科学省統合データベースプロジェクトの一環として、NCBIの発現データベースであるGEOに対して使いやすい目次を作成したり、各種生物で読まれたEST配列を整理したりして、発現データの統合を図ってきた。ただ、これらのサービスは既存のデータを使いやすくする試みであり、今後大量に産生される配列データセットを比較し、生物学的に有意な情報を引き出すことが可能となるようにデータセットごと解析することが切に必要とされてきている。そこで、DBCLSでは配列データとしての発現データを扱う解析パイプラインを開発し、今後の配列データの情報爆発に対応しようとしている。今回はこれまでの発現データ統合の成果と新たな試みに関してその進捗を報告する。 |
統合データベースプロジェクト ワークフロー | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-4 |
タイトル | 統合データベースプロジェクト ワークフロー |
名前 | ○田代俊行,矢萱幸光,福井一彦,野口保 |
所属 | 産業技術総合研究所 CBRC |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 本発表では、2008年度に開発した、ディスオーダー予測、二次構造予測、構造認識、表面残基予測等を組み込んだタンパク質の立体構造に関する情報提供を行うタンパク質構造情報ワークフローと、マルチプルアライメント等を利用した、タンパク質構造上の保存部位、変異部位等の推定をアシストするタンパク質比較情報ワークフロー(、および現在開発中のタンパク質立体構造のモデリングを行うワークフローと、ユーザが定義可能なワークフローの紹介を行う。なお、開発済みワークフローは http://togo.cbrc.jp/ より、一般に公開している。 |
微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-5 |
タイトル | 微生物ゲノムアノテーションパイプラインMiGAP |
名前 | ○黒川顕1),森宙史1),菅原秀明2) |
所属 | 1)東京工業大学 大学院生命理工学研究科,2)国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 次世代シーケンサの普及により、ゲノムサイズが比較的小さな微生物については、多数の研究室においてゲノム配列決定が進むものと考えられる。したがって、知識、経験そして時間を要するゲノム配列の意味付け(以下、アノテーション)の効率を上げることがこれまで以上に求められることになる。そこで我々は、短期間で一定の品質のアノテーションを提供するサービスとしてMiGAPの構築に着手した。MiGAPの設計にあたり、利用者の層を、初級、中級ならびに上級の3層と想定し、2008年度に開発した初級版は完全自動アノテーションの結果を提供している。このパイプラインによって、どのような研究室においても、明確なプロトコルに基づいたアノテーションを入手可能になるため、その先の生物学研究が速やかに進み、また、アノテーションの標準化も進むものと期待できる。 |
WoLF PSORT -- タンパク質細胞内局在予測ツール | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-6 |
タイトル | WoLF PSORT -- タンパク質細胞内局在予測ツール |
名前 | ○Paul Horton1),藤田直也1,2),中井謙太2) |
所属 | 1)産総研・生命情報工学研究センター,2)東京大学医科学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | WoLF PSORTはアミノ酸配列から蛋白質の細胞内局在部位を予測する。WoLF PSORTの予測法は、PSORTIIの改良で、既知の局在化モチーフと、アミノ酸組成といった一般的な特徴を合わせて予測を行なう。WoLF PSORTは予測結果以外にも局在化シグナルについて有効な情報を表示する。我々の計算実験ではWoLF PSORTの予測率は80%を越えている。特に、数の多い局在部位では、配列上の類似度がなくても、WoLF PSORTから有意義な予測結果が得られる。引用文献解説:「アミノ酸配列に基づくタンパク質の細胞内局在予測」、中井謙太・Paul Horton、実験医学(増刊), 26(7):140-146, 2008.サーバ:Paul Horton, et al. "WoLF PSORT: Protein Localization Predictor", NAR, doi:10.1093/nar/gkm259, 2007. |
ALNシリーズのアラインメントツール | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-7 |
タイトル | ALNシリーズのアラインメントツール |
名前 | ○後藤修 |
所属 | 京都大学大学院情報学研究科 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 配列のアラインメントは、ゲノム塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列を解析する上で最も基本となるバイオインフォマティクスの手法である。我々は、ALNシリーズと名付けるアラインメントツール群を開発してきた。それらは、様々な状況に応じて使い分け可能な複数のプログラム(ALN/SWG, PRRN/PRIME, SPALN, ALNGG/CGALN)により構成される。ALN/SWGは2配列または配列グループ間の(半)大域的・局所的最良アラインメントを算出する。PRRN/PRIMEは、二重反復改善法を用いたマルチプルアラインメントプログラムである。SPALNは、転写産物(cDNAやアミノ酸配列)とゲノム配列とのスプライシングを考慮したアラインメントによって、ゲノム上の遺伝子の構造を正確に予測するプログラムである。ALNGG/CGALNは二つのゲノム配列間の局所的・大域的な高速アラインメントツールである。これらのプログラムは、 http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user より一部を除いて利用可能となっている。 |
GenomeMatcher: ウエット研究者向けのツールボックス | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-8 |
タイトル | GenomeMatcher: ウエット研究者向けのツールボックス |
名前 | ○大坪嘉行1),大坪和香子2),永田裕二1),津田雅孝1) |
所属 | 1)東北大学大学院生命科学研究科,2)東北学院大学工学部環境建設工学科 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ゲノム時代の到来に伴って大量のデータが取得・利用可能になる一方で、情報処理に慣れていないウエットな研究者がこれらデータを十分に活用するには、利用が容易なグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)を備えたツール群が必要である。我々はBLASTおよびMUMmerによる配列の比較結果を可視化することで比較ゲノム解析を容易にするためのソフトウエアGenomeMatcherを開発した。GenomeMatcherには比較ゲノム解析機能以外にもアノテーション支援機能、次世代シーケンサーによる数千万単位のシーケンスリードをBLASTにかける機能など、様々な機能を継続的に追加中である。また本ソフトウエアは情報処理に有用な汎用性のある機能を付属機能として備えており、例えば、連想配列、文字列、集合などをGUIで取り扱うことが可能である。これらの機能を市販の表計算ソフトと組み合わせて使うことで利用者が自由度の高い解析を大量のデータに対して行うことが可能となると期待される。 |
オルソログクラスターサーバーGclustとCyanoClust | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-9 |
タイトル | オルソログクラスターサーバーGclustとCyanoClust |
名前 | ○佐藤直樹,佐々木直文 |
所属 | 東京大学大学院総合文化研究科 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 植物の比較ゲノム解析では、シアノバクテリアなどの原核生物と藻類、植物まで幅広い生物種の間での、オルソログを的確に同定することが必要であるが、これまでは、単純なBLAST検索の結果を主観的に判断するに留まっていた。原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェアとしてGCLUSTを開発した。これを用いて主な光合成生物を含む95種生物群の全タンパク質のクラスタリングを行い、その結果を検索するためのサーバーとしてGclustサーバー ( http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/ ) を公開した。さらに、シアノバクテリアと葉緑体に特化したCyanoClust (http://cyanoclust.c.u-tokyo.ac.jp/) も公開した。どちらも、系統プロファイリングによる検索が可能になっていることが特徴である。さらに、植物プロモータデータベースPPDB (http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp/) との連携により、相同タンパク質のプロモータ構造を比較することが出来るようにするなど、拡充を図っている。 |
塩基配列および遺伝子発現データのデータバンク(INSDC, GEO)目次 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-10 |
タイトル | 塩基配列および遺伝子発現データのデータバンク(INSDC, GEO)目次 |
名前 | ○小笠原理1),渡邊康司2),栗原英輔2),森山丈士2),大久保公策1) |
所属 | 1) 国立遺伝学研究所 遺伝子発現解析研究室,2) 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 塩基配列データベース共同体 (INSDC)やNCBI GEO (Gene Expression Omnibus)のような、バンク型データベースには、どのような研究がどのような目的でどの程度の規模で行われたかといった、有用な情報が含まれている。データをプロジェクトごとにまとめるなどの分類をおこない、それを「目次」として用いることにより、より意義深い切り口でデータの俯瞰、検索、解析、取得が可能となることが期待される。そのためにわれわれは以下のようなリソースを作成公開している。 (1)塩基配列データベース(DDBJ/EMBL/GenBank) INSDの各エントリ中のリファレンス情報等をもとに、全エントリを研究プロジェクト単位に束ね、さらに研究プロジェクトを研究の型別に分類した。これによりプロジェクトや研究の型ごとの登録状況の時系列データがこのデータベースから読み取れる。 (2) GEOに登録されている全データを俯瞰可能とするためにデータの整理パイプラインを作成し、測定方法別、測定対象生物種のカテゴリ別、測定対象臓器別などにデータを分類し表示するインタフェイスを作成し公開している。 |
CADLIVE: 生化学ネットワーク構築からシステム解析まで | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-11 |
タイトル | CADLIVE: 生化学ネットワーク構築からシステム解析まで |
名前 | ○前田和勲1),井上健太郎1),留田紗彌可1),倉田博之2) |
所属 | 1)九州工業大学大学院情報工学府,2)九州工業大学大学院情報工学研究院 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 我々は、生化学ネットワーク設計支援システムCADLIVE (Computer-Aided Design of LIVing systEms)を開発した。CADLIVE GUI Editorは直感的なインターフェースを備えたネットワークエディタである。そのネットワーク表記法は、タンパク質ドメイン構造のようなミクロなレベルから細胞周期のようなマクロな現象まで階層的に表現することができる。また、仮想的な遺伝子ノックアウトや経路探索などネットワーク解析機能も備えている。CADLIVE Dynamic Simulatorは生化学ネットワークから自動的に数学モデルを作成し、シミュレーションを行う。速度パラメータ推定のために、MPIと遺伝的アルゴリズムを備えた最適化モジュールも持っている。CADLIVE Data Converterを用いることで、KEGG、DIP、BRENDA、RegulonDBなどのネットワークデータを統合し、大規模なネットワークを構築できる。Grid Layout Programはそのような大規模ネットワークを見やすく配置する。 http://www.cadlive.jp/ |
G-language Project in 2009 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-12 |
タイトル | G-language Project in 2009 |
名前 | ○木戸信博,荒川和晴,大下和希,冨田勝 |
所属 | 慶應義塾大学先端生命科学研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 様々なオミクス情報が急速に蓄積される今日、バイオインフォマティクスはもはや分子生物学にとって不可分である。だが、数多くの解析ソフトウェアやデータベース、そしてBio*に代表されるAPIが存在する一方、科学研究において中心的な役割を果たす試行錯誤のプロセスを支援するような統合解析環境の整備が望まれている。そこで、2001年に慶應義塾大学先端生命科学研究所で立ち上げられたG-languageプロジェクトでは特にこの試行錯誤のプロセスの効率化に重点を置き、汎用ゲノム解析ワークベンチG-language Genome Analysis Environmentをはじめとする様々なツールを構築してきた。本シンポジウムではG-languageプロジェクトの現状を、特にPerlベースのライブラリ及びシェル、そしてSOAP/RESTのAPIを提供するG-language GAEと、多次元・多尺度なゲノム情報の閲覧を可能とするGenome Projectorを中心に紹介する。これらのソフトウェアは http://www.g-language.org/ にてフリーで公開されている。 |
ゲノムデータベースを利用したシームレスなゲノムビューワの試み:genoDive | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-13 |
タイトル | ゲノムデータベースを利用したシームレスなゲノムビューワの試み:genoDive |
名前 | ○西村邦裕1),岡本忍2),中尾光輝2),廣瀬通孝1),中村保一3) |
所属 | 1)東京大学大学院情報理工学系研究科,2)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,3)国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 公共データベースとして Distributed Annotation System (DAS) 形式の利用例が増えてきている。DAS形式で公開されているゲノム情報を閲覧する主な方法は、Webブラウザの利用である。ゲノム情報を閲覧するという意味においてはWebブラウザでも十分であるが、ゲノムを解析する際、 多量のゲノムの全体像を把握しながら詳細像を見ていくためには、よりインタフェースの充実したビューワが要請されている。そこで筆者らは、よりシームレスにインタラクティブなゲノムビューワが必要であると考え、DASクライアントとして機能するゲノムビューワgenoDiveの開発を行っている。染色体の全体像からアミノ酸配列・塩基配列まで、連続的に拡大するを可能にするとともに、自分の興味のあるLocusを順番に閲覧する機能などを兼ね備えた ゲノムビューワである。DASサーバを指定しておき、その指定したDASサーバから種を選択し、その種に応じたデータをダウンロードしながら可視化していく。簡単な操作で動かせる双方向性も兼ね備えている。今回は原核生物・真核生物の両方に対して、それぞれのビューワの報告を行う。 |
UTGB Toolkitでゲノムブラウザを作る | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-14 |
タイトル | UTGB Toolkitでゲノムブラウザを作る |
名前 | ○斉藤太郎,吉村淳,バドルル アーサン,佐々木惇,レジナルド クロス,森下真一 |
所属 | 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 超高速DNAシーケンサの登場により、配列長は短いものの塩基解読量は従来のサンガー法に比べて2桁近く増加し、1日当たり2竏窒T億塩基解読できるようになった。またコストの低下により、個人の研究室でもゲノム全域にわたるエピゲノムや塩基変異情報を収集することが可能になりつつある。このため、個々の研究者の要望に応じて容易にカスタマイズできるゲノムブラウザが研究には不可欠になってきている。UTGB (University of Tokyo Genome Browser) Toolkitは、ゲノムブラウザの作成を容易にするオープンソースソフトウェアである。従来のゲノムブラウザ開発では、ウェブサーバーの設置、CGIプログラムによるHTMLの出力、データベースシステムのインストールなど、コンピューターに関する高度な知識が要求され、開発は非常に困難なものであった。UTGB Toolkitを用いると、専門的な知識無しに、これらの機能をすべて備えたゲノムブラウザを即座に作成できるようになる。UTGB Toolkitは無償で利用可能で http://utgenome.org より公開されている |
クリックだけで立ち上げるゲノムブラウザ-デスクトップゲノムブラウザとデスクトップトラック | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-15 |
タイトル | クリックだけで立ち上げるゲノムブラウザ-デスクトップゲノムブラウザとデスクトップトラック |
名前 | ○三浦史仁1),伊藤隆司1,2) |
所属 | 1)東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻,2)東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ゲノム科学の発展につれて、独自データをゲノム上にマップされた様々な情報と横断的に見渡して統合することが研究行為の中心を占めるようになり、ゲノムブラウザはいまや研究に必須のツールとなった。しかし、実験に軸足を置く研究室の大半にとっては、ゲノムブラウザの立ち上げと運用はハードルが高く、外部にその構築を依頼しているのが実情である。つまり、ゲノムブラウザ技術は実験系研究室には十分に移転されていない。この問題に対処するには、その背景にある情報系研究者と生物系研究者それぞれのコンピュータ利用文化の違いを意識する必要がある。もっとも根本的な違いはコンピュータに対するユーザーインターフェースの問題である。情報処理の現場ではコマンドライン入力が日常的に利用されるのに対して、実験現場ではそれは滅多に行われない。より効率的にゲノムブラウザ技術を実験現場へ移転するためには、この違いを吸収するような層の情報処理技術が必要であろう。そこで我々は、立ち上げの全ての操作をグラフィカルユーザーインターフェースによって行うことが可能なゲノムブラウザといくつかのトラックの開発を進めている。 |
比較ゲノム解析ソフトウェア Murasaki の応用事例 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-16 |
タイトル | 比較ゲノム解析ソフトウェア Murasaki の応用事例 |
名前 | ○長名保範1),Kris Popendorf 2), 榊原康文2) |
所属 | 1)成蹊大学理工学部,2)慶應義塾大学理工学部 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | Murasaki はきわめて高速に複数種のゲノム配列を比較して、保存領域を検出することのできるソフトウェアであり、さまざまな解析に応用が可能である。本発表では、Murasaki の開発状況とともに、最近の応用事例を挙げてその新たな可能性を探る。 |
BioHackathon 2009 レポート | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-17 |
タイトル | BioHackathon 2009 レポート |
名前 | ○中尾光輝1),BioHackathon 2009 実行委員会1,2,3) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)沖縄科学技術研究基盤整備機構,3)東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | BioHackathon 2009 は、沖縄科学技術研究基盤整備機構 OIST とライフサイエンス統合データベースセンターDBCLSの共催で2009年3月に沖縄県恩納村 OIST Seaside Houseにて開催された、国内外から50人以上のライフサイエンス研究者、バイオインフォマティクス研究者、サービス提供者、開発者を招待し、次世代シーケンサからの巨大データ処理の上流から下流にわたる解析、アノテーション維持、データ共有、ワークフロー構築にまつわる困難さに標準化、可視化、ウェブサービス、相互運用性技術やセマンティクウェブ技術を用いて取り組む合宿型研究会である。扱ったトピックは多岐に渡り、具体的に直面している課題についての議論や意見交換が行われ、集中的に取り組み、具体的なプロダクトやコラボレーションにつながる非常に生産性の高い研究会となった。そのレポートをおこなう。開催時のまとめWiki を公開している: http://hackathon2.dbcls.jp |
分散ファイルシステム(Gfarm)による次世代型データ格納・解析技術 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-18 |
タイトル | 分散ファイルシステム(Gfarm)による次世代型データ格納・解析技術 |
名前 | ○小西史一1),建部修見2) |
所属 | 1)東京工業大学大学院情報理工研究科,2)筑波大学大学院システム情報工学研究科 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | Gfarmシステムは、産総研で開発が始められ、現在では主に筑波大学で開発が継続されている大規模データ処理ソフトウェアである。データインテンシブコンピューティングをグリッド上で実現するソフトウェアとして、広域環境あるいは組織内などの環境でも共有可能な分散ファイルシステムとして認知されている。また、ペタバイトを越える大容量,大規模データ処理の要求に応えるスケーラブルなアクセス性能を実現するための設計もされている。したがって、GoogleFSやHadoop Distributed File System(HDFS)と同様の機能を持ち、スケールアウトするファイルシステムとして注目されている。近年知られるHadoop環境でも、Gfarmのプラグインが開発され、MapReduceを実行する計算プラットフォームとしても進化しようとしている。本ポスターでは、次世代シーケンサーなどの大量の配列情報を生成する場において必要とされるデータマネージメントと、大規模なポスト情報処理に向けた環境を、データセントリックな思想の元に実現するシステムにおいて、Gfarmを中心としたデータ格納・解析技術について紹介する。 |
WABI(Web API for Biology)の環境は役に立つか | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-19 |
タイトル | WABI(Web API for Biology)の環境は役に立つか |
名前 | ○權娟大1),重元康昌2),桑名良和3),菅原秀明1) |
所属 | 1)国立遺伝学研究所, 2)富士通株式会社,3)株式会社東海ソフトウェア |
発表資料 | ポスター |
要旨 | バイオ分野では、文献データベース、ファクトデータベース、解析プログラムなどの情報資源が多様化と大規模化の一途を辿っており、それらの情報資源は各国の様々なグループによってインターネットに公開されている。一方で、それらの情報資源を組み合わせて使うとバイオ分野の問題を効率的に解決できる。これを実現するための基盤技術としてWebサービスがある。国立遺伝学研究所では2002年から、日本DNAデータバンク(DDBJ)として公開していたキーワード検索や相同性検索などのサービスについてWeb APIを用意してきた。我々はこれをWABI(Web API for Biology)と呼んでいる。プログラミングが得意な利用者なら、個々のWABIを自在に組み合わせることにより解析に必要なワークフローを比較的短時間で構築できる。しかし、ウエット系の研究者にとってはWABIを使いこなすことは簡単ではない。そこで、我々は近年、ワークフローのモデルを充実させると共に、マウス操作のみで個々のWABIからワークフローが構築できるNavigation Systemの構築に取り組んでおり、これらを総称してWABI環境と呼んでいる。 |
バイオ医療専門用語の類義語獲得 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-20 |
タイトル | バイオ医療専門用語の類義語獲得 |
名前 | ○鈴木郁美,原一夫,新保仁,松本裕治 |
所属 | 奈良先端科学技術大学院大学 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 分野ごとに高度に専門化されるライフサイエンス研究の知見について、その全体像を把握するためには、分野横断的なデータベースとともに、各分野の専門用語の関係を記述するシソーラス辞書が便利である。本研究では既存のシソーラス辞書の拡張を目的とし、新しく登場する専門用語をシソーラス辞書に新規登録するシステムの設計を行う。具体的には、大規模なライフサイエンス分野の文献(コーパス)を用い、まず、(1)コーパス中に現れる専門用語を節点とするグラフを作成する。次に、(2)グラフ構造を用いて専門用語間の類似度を算出する。本研究ではここに隣接行列ベースの手法とラプラシアン行列ベースの手法を適用する。そして、(3)新しい専門用語(クエリ)に対し、登録済の専門用語をクエリとの類似度順にランク付けし、シソーラス辞書の編集者に提示する。雑誌「蛋白質・核酸・酵素」をコーパスとして用いた実験で、出現頻度が少ない専門用語をクエリとして与えた場合、ラプラシアン拡散カーネル行列を用いた手法が高い精度を示した。この結果は、専門性の高いレアな用語をシソーラス辞書に登録する場面において、ラプラシアン行列ベースの手法の有効性を示唆するものである。 |
専門用語辞書管理システムおよび用語の内部構造アノテーションについて | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-21 |
タイトル | 専門用語辞書管理システムおよび用語の内部構造アノテーションについて |
名前 | 山田恵美子1),呂嘉2),○松本裕治2) |
所属 | 1)東京大学,2)奈良先端大 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 医学生物学関連の専門用語に関する様々な情報を格納し、検索する辞書管理システムを紹介する。専門用語に関する情報として、用語の表記、読み、品詞、英訳、シソーラスコード等の意味クラス情報などの基本情報、および、同義語へのリンクや内部構造を記述できる辞書管理システムを開発している、システム自体は特定の言語を対象とするものではないが、現在は、ライフサイエンス辞書の日本語の用語を対象にしている。多くの専門用語は複数の語が連なった複合語であり、3つ以上の構成語を含む用語は、単語の間の係り受けという統語構造をもっている。現在のシステムでは、専門用語を構成要素に分割し、その内部構造を木構造としてアノテーションする機能を備えている。ただし、この作業は非常に複雑な作業であり、自動化が望まれる。一部の用語の内部構造を本システムを用いて人手によってアノテーションし、その結果を学習データとして用いることにより、未解析の専門用語の内部構造の自動アノテーション実験を行っているので、その結果についても報告する。 |
文献からの情報抽出とテキストマイニング技術の開発 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-22 |
タイトル | 文献からの情報抽出とテキストマイニング技術の開発 |
名前 | ○大田朋子,宮尾祐介,松崎拓也,Brian Kemper,辻井潤一 |
所属 | 東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 生命科学の分野では、膨大な文献のテキスト中に有用な情報の多くが埋もれているのが現状である。これまでに数多くのデータベースが構築され、文献から人手によって収集された知識が構造化された形で利用可能となっているが、その有効活用のためには、原著論文における情報出現個所と有機的に結合されている必要がある。そこで我々は、生命科学分野において氾濫する膨大な専門用語や、文献中での言語表現の多様性などを吸収して、高次の知識情報検索を行うためのテキストマイニング技術の開発を進めてきた。特に、テキストマイニング技術の応用が切望されている、分子間相互作用や遺伝子と疾患の関連といった関係概念の検索・抽出やパスウェイの構築に焦点を当て、データベースと文献ベースを有機的に統合する技術を開発し、具体的なシステムを実装した。本発表では、深い構文解析によって計算された意味構造を用いて、高精度かつ高速に関係概念を検索・抽出するシステム、MedieとInfo-Pubmedおよび、パスウェイからテキストへのリンク機能や、テキストマイニングツールを利用した文献検索などの機能を提供してパスウェイの記述を支援するシステム、PathTextを紹介する。 |
生命科学横断検索サービスの開発 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-23 |
タイトル | 生命科学横断検索サービスの開発 |
名前 | ○牧口大旭1),高橋順子1),川原麗子1),谷口仁2),奥村利幸1),横山貴央3),川本祥子3) |
所属 | 1)三井情報(株)、2)日立ソフト(株)、3)ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 統合データベースプロジェクトでは統合検索の第一段階として、分子から文献に至るまで様々なデータベースを一括してキーワード検索できる横断検索サービスを開発しました。このサービスにより、各データベースのウェブサイトを何カ所も渡り歩いて検索する必要が無くなりました。現在は国内のデータベースを中心に、一回の検索で200以上のデータベースの検索結果を見ることができます。検索結果は文献、用語解説、遺伝子、蛋白質、医薬、農学などのカテゴリーから簡単に絞りこむことができます。またよく検索するデータベースをお気に入りに登録して自分だけの検索サービスを作ることもできます。特に、日本語の総説(蛋白質核酸酵素共立出版)や研究報告書、特許、学会要旨などこれまであまり公開されていなかったリソースの検索にも取り組んでおり、細分化された専門分野の理解を助けることを目指しています。 |
MeSHキーワード集による疾患の特徴プロファイリング | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-24 |
タイトル | MeSHキーワード集による疾患の特徴プロファイリング |
名前 | ○仲里猛留1),坊農秀雅1),松田秀雄2),高木利久1) |
所属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)大阪大学・院・情報科学 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 生命科学研究において、疾患関連遺伝子の探索は主要なテーマの1つである。遺伝子については、分子レベルの挙動からパスウェイ、関連疾患など、さまざまなアノテーション(特徴づけ)が行われており、Entrez Geneなどからその結果を得ることができる。一方、疾患についてはOMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) に情報がまとまっているが、その内容は英語の文章であり、各疾患の特徴の概観や比較は非常に困難である。そこで今回、各OMIMエントリについて、キーワード集としてMeSH (Medical Subject Headings) を用いて、各疾患の特徴プロファイリングを行いデータベース化した。例えば、1型糖尿病に関連のある特徴として「自己免疫疾患」「脾臓」、2型糖尿病の特徴として「肥満」「脂肪細胞」などの語が得られ、両者についてその特徴を適切に表すとともに、タイプ間の差異を顕在化させることができた。また、各遺伝子についても、同様の特徴づけをすでに行っている。本内容は、Gendoo ( http://gendoo.dbcls.jp/ ) より利用可能である。 |
テキスト処理して情報整理 | |
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種別 | ポスター |
番号 | B-25 |
タイトル | テキスト処理して情報整理 |
名前 | ○山本泰智,高木利久 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 文献を対象として様々なサービスをDBCLSは開始しているが、本ポスターでは現在開発中で、近々公開を予定しているサービスを紹介します。一つは文献情報管理・推薦ツールTogoDocであり、これは、自身の手元にある文献情報を登録し、必要に応じて任意のラベルを付けたり評価をしたりするなどして整理することが可能なシステムです。更に、登録した文献情報の任意の部分集合に対して、未登録で、かつ、当該集合に関連度の高い文献情報を提示する推薦機能を持ちます。推薦情報を取得するためにシステムにアクセスする手間を省くために適宜RSSで取得可能としています。また、英語で論文を執筆する際の一助となるべく、MEDLINEデータに10回以上出現する2語以上からなる表現を逐次的に検索し、出現頻度とライフサイエンス辞書プロジェクトの提供する例文などの関連情報へのリンクとともに提示するシステムMEDLINEXを紹介します。これは、例えば be associated に続く前置詞を確認し、その表現が実際に使われている論文の一節を知りたい時などに有用であることを目標にしています。 |
ゲノム解析ツールリンク集/NCBIミニコース日本語版 | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-1 |
タイトル | ゲノム解析ツールリンク集/NCBIミニコース日本語版 |
名前 | ○西村佑介1),藤田晶子1),佐藤 早苗1),大木章夫1),河村明子1),山本芳嗣2),谷口丈晃2),伊藤武彦2),黒田雅子1) |
所属 | 1)JST・研究基盤情報・バイオインフォマティクス,2)三菱総合研究所 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 分子生物学に関わるデータ解析ツール(以下ゲノム解析ツール)は目的・用途に応じて適切に選択し、場合によっては組み合わせて使用する必要があります。「ゲノム解析ツールリンク集( http://www-btls.jst.go.jp/Links/ )」では目的・用途別にツールを案内しており、簡単な解説とそのツールを利用している論文へのリンクも提供しています。また、現在数多くのゲノム解析ツールやデータベースが存在していますが、中でもNCBIが提供するものは多くの研究者に利用されています。「NCBIミニコース日本語版( http://www-bird.jst.go.jp/minicourses/ )」はNCBIのゲノム解析ツールやデータベースの利用法をやさしく解説しているサイトです。本サイトは、NCBIが公開しているNCBI mini-coursesを翻訳し、補足説明を加えたものですが、JSTが独自に作成したチュートリアルコース(My NCBI、Ensembl、UCSCゲノムブラウザなど)もあります。このようにJSTバイオインフォマティクス推進センターはウェット・ドライを問わず、研究環境向上に貢献しています。 |
DB高度利用者の養成:情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-2 |
タイトル | DB高度利用者の養成:情報量が増え続けるデータベースを使いこなすために |
名前 | ○金子聡子,瀬々潤 |
所属 | お茶の水女子大学 大学院人間文化創成科学研究科 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 実験技術の進歩に伴い、最近の生命科学では情報爆発が起こっている。この情報を活かし生命科学で効率よく知識発見に繋げるために、データ管理と利用の中間に位置し、様々なデータの整理・統合及びデータからの知識発見を行う「DB高度利用者」の役割が重要になってきている。しかし、DB高度利用者には、生命科学の知識のみならず、情報科学の技術など、多様なスキルが要求されるため、人材養成はあまり進んでいなかった。お茶の水女子大学では、この「DB高度利用者」に必要なスキルを調査した結果、今後のDB高度利用者に必要且つ今までの人材養成では不足していた内容として、ネットワークを通じてデータを利用する手法と、知識発見技術の習得が浮かび上がった。そこで、これらの知識を体系的に扱うカリキュラムを策定し、現在はDB高度利用者養成の講義・演習を行っている。本発表では、既に30名以上が受講し、統合DBのコンテンツ作成に4名が活躍している本DB高度利用者の養成活動について紹介する。なお、本活動で作成した教材は http://togodb.sel.is.ocha.ac.jp/ で閲覧可能である。 |
バイオDB構築者養成コースの紹介 | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-3 |
タイトル | バイオDB構築者養成コースの紹介 |
名前 | ○中谷洋一郎,森下真一 |
所属 | 東京大学大学院新領域創成科学研究科 |
発表資料 | - |
要旨 | バイオデータベース構築者養成コースの取り組みについて紹介する。養成コースでは、高性能演習用サーバーを用いた実習により基礎的なコンピュータースキルを身につけることを目標として、下記の項目を中心に週一回の演習を行っている。1.OSのインストール、ネットワーク設定、セキュリティー設定。2.ウェブサーバー設置、データベースのインストール。3.スクリプトプログラミング、CGIの作成。4.Ensemblデータベースのミラーサイト構築。5.独自のウェブサーバー構築のためのウェブプログラミング。講習スケジュール、講義内容の詳細は次のページから公開している。 http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~mkasa/ensemblmirror/index.php?EnsemblMirror |
学部教育としての持続可能型社会ならびに健康への貢献遺伝子データベース構築 | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-4 |
タイトル | 学部教育としての持続可能型社会ならびに健康への貢献遺伝子データベース構築 |
名前 | ○上原啓史,阿部貴志,中泉友紀,和田千惠子,井口八郎,池村淑道 |
所属 | 長浜バイオ大学 |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 学部学生等との協同作業により「持続可能型社会並びに健康への貢献遺伝子データベース」を構築している。近年多様な生物群を含有する試料を対象にする混合ゲノム解析法が開発され、このメタゲノム解析で得られた環境由来の断片配列は1700万件を超えている。その大半が機能に関する情報無しに国際塩基配列データベースに収録されている。機能情報が記載されていないこれらのメタゲノム配列に着目をして、環境ホルモン分解、バイオエタノール生産等に能力を発揮する広い意味では「持続可能型社会に貢献する遺伝子候補」や、抗がん剤、抗加齢、花粉症治療薬、臨床検査試薬等の生産等に関与する「健康への貢献遺伝子候補」を探索し、データベース化して公開している。実習で発掘した遺伝子候補を、エキスパートが学生との共同作業として精査し、エキスパートが持つ高度な専門知識をコメント欄に付加している。シニア世代の専門知識を若手に継承し集合知形成を実現するデータベースとして公開している。また、配列相同性検索によらない自己組織化マップ法による生物系統の推定情報を追加していくことにより、新規性の高い遺伝子配列に対しても正確な生物系統情報の提供を行う。 |
統合データベース講習会AJACS | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-5 |
タイトル | 統合データベース講習会AJACS |
名前 | ○河野信,統合データベースセンター 教育・人材育成チーム |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | ライフサイエンスの分野では測定データや文献情報の爆発的な増大に伴い、最早データベース無しで研究を進めることは困難になっている。しかしながら、我が国においてデータベースを構築・維持・管理する人材や、データ自体を更新・整理していくアノテーターやキュレーターと呼ばれる人材が圧倒的に不足しているのが現状である。将来のライフサイエンスのデータベースを担っていく人材を啓蒙するために、ライフサイエンス統合データベースセンターではAJACS(「あじゃっくす」と発音: All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)講習会を全国各地で開催している( http://motdb.dbcls.jp/ )。本シンポジウムではこれまでの成果と今後の講習会の予定について紹介する。 |
統合TV - 動画によるバイオデータベースとウェブツールの活用法解説サイト | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-6 |
タイトル | 統合TV - 動画によるバイオデータベースとウェブツールの活用法解説サイト |
名前 | ○小野浩雅,河野信,大村蓉子,山口瑶子,千葉温子,橋本拓也,横山貴央,川本祥子,高木利久,坊農秀雅 |
所属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 生命科学研究の大規模化に伴い大量かつ多種多様なデータが生産され、それらは様々な形態でデータベース(以下DB)に格納され、公開されている。また、これらのデータの利用および解析を目的とした数多くのツールも数多く開発されている。研究規模の拡大、研究形態の多様化に伴って、DBやツールの利用方法が複雑化しており、利用者が必要とする情報やツールに到達し、かつ、それらを使いこなすことは容易ではない。ライフサイエンス統合DBセンターでは、DBやツールに容易にアクセス・利用できるようにするため、「どこにどのようなDBやツールが存在し、それらはどのように活用できるのか」についての情報を『統合 TV』として紹介している。統合TVは、研究者が頻繁に利用する、あるいは高度な使い方を知ることによって有用となる DBやツールの活用法を動画で紹介するサービスである。サービス開始2年弱で160を超える「番組」が公開されており、累計で約13万アクセスおよび 1.1TBのダウンロードを記録している。今回の発表では、統合TVのこれまでの歩みとその使い方などを中心に紹介し、番組内容や制作に対する多くの意見や要望を得る機会としたい。 |
日本語による質問で世界の生命科学情報を検索するために-デジタル対訳辞書の作成 | |
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種別 | ポスター |
番号 | C-7 |
タイトル | 日本語による質問で世界の生命科学情報を検索するために-デジタル対訳辞書の作成 |
名前 | ○大久保公策1)2), 栗原英輔3), 渡邊康司3), 森山丈士3),小笠原理2), 川本祥子1) |
所属 | 1)ライフサイエンス統合データベースセンター
2)遺伝学研究所 3)日立ソフト(株) |
発表資料 | ポスター |
要旨 | 世界中の公的科学由来の情報がインターネット経由で開放されるオープン科学時代には「日本語でしか質問できない」「英語で書かれた情報は検索できない」ことは市民から研究者にいたるまで大きなハンディーとなります。 日本語による質問で世界中のデジタル文書を検索し、 日本語英語区別無くデジタル情報を分類したりするためには質問用語や索引用語を翻訳する必要があります。 このためには英語の専門用語と日本語の専門用語を相互に変換可能な対訳用語集(辞書)が必要になります。統合データベースプロジェクトでは生物学名和名対訳辞書の作成に着手しました。言葉の情報源としては学会の作成する学術用語や図鑑などを用いています。今回の発表では対訳辞書構築の方針や方法を紹介するとともに、学術用語をもっとオープンに誰もが使えるようにするにはどのようにすれば良いかについても議論いたします。 |