
ポスター発表は以下の日程で行います。
【10月5日(月)】
ライトニングトーク① 奇数番号 14:00 ~ 14:30
ポスター発表① 奇数番号 14:30 ~ 15:50
【10月6日(火)】
ライトニングトーク② 偶数番号 13:50 ~ 14:20
ポスター発表② 偶数番号 14:20 ~ 15:40
発表者はこちら(ポスター様式、ポスター設置・撤去などのタイムスケジュール等)を ご覧ください。
※ポスターや発表スライド等の著作権は、別途記載がない限り発表者・発表者の所属機関に帰属します。
ポスター・スライド内の図や文言を転用する際には、著作者と話し合っていただくようお願いいたします。
【10月5日(月)】
ライトニングトーク① 奇数番号 14:00 ~ 14:30
ポスター発表① 奇数番号 14:30 ~ 15:50
【10月6日(火)】
ライトニングトーク② 偶数番号 13:50 ~ 14:20
ポスター発表② 偶数番号 14:20 ~ 15:40
発表者はこちら(ポスター様式、ポスター設置・撤去などのタイムスケジュール等)を ご覧ください。
※ポスターや発表スライド等の著作権は、別途記載がない限り発表者・発表者の所属機関に帰属します。
ポスター・スライド内の図や文言を転用する際には、著作者と話し合っていただくようお願いいたします。
番号 | 代表発表者 | 所 属 | タイトル | 発表資料 |
---|---|---|---|---|
1 | 大波純一 | 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | 生命科学データベース横断検索のメタ情報利用とインフラ環境強化 | ![]() |
2 | 信定知江 | 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | データベース統合に向けてのIntegbioデータベースカタログの活用 | ![]() |
3 | 畠中秀樹 | 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | 生命科学系データベースアーカイブのRDF化による統合への取り組み | ![]() |
4 | 飯田啓介 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 日本語Webコンテンツ、「新着論文レビュー」と「領域融合レビュー」UPDATE | ![]() |
5 | 小野浩雅 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 人材育成教材ポータルサイトとしての統合TV | ![]() |
6 | 山口敦子 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | SPARQL Builder: 生命科学系データベースを対象としたSPARQLの半自動生成ツール | ![]() |
7 | 川島秀一 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | RDF化ガイドラインの提案 | ![]() |
8 | 山本泰智 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 関係データベースを効率的にRDF化するD2RQ Mapper | ![]() |
9 | 片山俊明 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | BioHackathonのレポートとDBCLSサービス開発の進展 | ![]() |
10 | 高月照江 | 理化学研究所 バイオリソースセンター | 表現型情報統合のためのデータ作成 | ![]() |
11 | 戀津魁 | 理化学研究所 情報基盤センター | ライフ系データの流通・統合を目指した理研メタデータベース運用の試み | ![]() |
12 | 森宙史 | 東京工業大学大学院 生命理工学研究科 | 微生物統合データベースMicrobeDB.jpの超高度化 | ![]() |
13 | 藤澤貴智 | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター | GenomeRefine: ゲノム・メタゲノム解析データに対してアノテーションするウェブサービス | ![]() |
14 | 鈴木真也 | 東京工業大学大学院 生命理工学研究科 | 微生物統合データベースのための微生物採取環境オントロジーと解析アプリケーションの開発 | ![]() |
15 | 山本希 | 東京工業大学 地球生命研究所 | 疾病関連語句オントロジーを利用したゲノム、メタゲノムデータのRDF化と利用 | ![]() |
16 | 櫛田達矢 | 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | NBDC版日化辞RDFデータの公開 | ![]() |
17 | 時松敏明 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 天然化合物関連情報の統合に向けた、生合成を考慮した化学構造分類とRDF化への取り組み | ![]() |
18 | 山田一作 | 野口研究所 | 糖質関連化合物構造のRDFによる統合化 | ![]() |
19 | 松原正陽 | 野口研究所 | 炭素鎖表現の系統化に基づく単糖および糖鎖構造の包摂関係表現 | ![]() |
20 | 鹿内俊秀 | 産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループ | 糖タンパク質の位置特異的グライコフォームのデータベース | |
21 | 藤田典昭 | 産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループ | 疾患関連糖鎖オントロジーのユーザインタフェース開発 | ![]() |
22 | ソロビヨワ・ イェレナ |
産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループ | 糖鎖関連の遺伝性疾患と感染症に関するオントロジーの開発 | ![]() |
23 | 新町大輔 | 創価大学 | GlyTouCan:国際糖鎖構造リポジトリの開発 | ![]() |
24 | 福井一彦 | 産業技術総合研究所 創薬分子 プロファイリング研究センター |
経済産業省関連ライフサイエンス・ポータルサイト MEDALS | ![]() |
25 | 坂手龍一 | 医薬基盤・健康・栄養研究所 | 創薬・疾患研究への活用に向けたデータベース連携 | ![]() |
26 | 森田瑞樹 | 医薬基盤・健康・栄養研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト | 創薬・疾患研究のためのデータベース検索システム Sagace & Toxygates | ![]() |
27 | 陳怡安 | 医薬基盤・健康・栄養研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト | 創薬の初期研究における統合データウェアハウスTargetMine | ![]() |
28 | 五十嵐芳暢 | 医薬基盤・健康・栄養研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト | トキシコゲノミクスデータの統合化を目指したOpen TG-GATEsの再RDF化について | ![]() |
29 | 田辺麻央 | 京都大学 化学研究所 | 薬剤耐性のシグネチャーKOとシグネチャーモジュール | ![]() |
30 | 米納朋子 | 京都大学 化学研究所 | 医薬品階層に基づく医薬品相互作用ネットワーク解析 | ![]() |
31 | 早野崇英 | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 | HLA遺伝子完全配列決定パイプラインの構築 | ![]() |
32 | 河野信 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | ヒトゲノム変異情報のRDF化 | ![]() |
33 | 川嶋実苗 | 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)ヒトデータベースの運用報告 | ![]() |
34 | 仲里猛留 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | NGSデータ利活用促進のための公共データベースの役割 | ![]() |
35 | 坊農秀雅 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 公共遺伝子発現データを活用するためのツールRefExとAOE | ![]() |
36 | 沖真弥 | 九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野 |
既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース | ![]() |
37 | 大田達郎 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | 軽量仮想環境による再現性を担保したデータ解析ワークフローの構築とその共有 | ![]() |
38 | 中野祥吾 | 静岡県立大学 食品栄養科学部 食品生命科学科 |
タンパク質-リガンド間の高精度全電子計算の実行を支援するPyMOLプラグイン、PaicsPyの開発 | ![]() |
39 | 内藤雄樹 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | GGRNA/GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブツール | ![]() |
40 | 桂樹哲雄 | 豊橋技術科学大学大学院 工学研究科 | 配合生薬の横断検索のためのスマートフォン向けアプリケーションの開発 | ![]() |
41 | 有田正規 | 理化学研究所 環境資源科学研究センター | 代謝物リストの見本を載せるデータベースの開発 | ![]() |
42 | 小林直宏 | 大阪大学 蛋白質研究所 | 生体高分子NMRデータベース(BioMagResBank)の統合化とその応用 | ![]() |
43 | 金城玲 | 大阪大学 蛋白質研究所 | 蛋白質構造データバンク(PDBj)の高度化と統合的運用 | ![]() |
44 | 守屋勇樹 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター | jPOST (Japan Proteome Standard Repository/Database):プロテオーム・データの標準化と統合 | ![]() |
45 | 遠里由佳子 | 理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム |
SSBD:生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース | ![]() |
46 | 京田耕司 | 理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム |
BDML:生命現象の時空間動態に対する定量データを記述する言語 | ![]() |
47 | 中谷明弘 | 大阪大学大学院 医学系研究科 | 遺伝子オルソログDBによる植物ゲノムDBの統合 | ![]() |
48 | 市原寿子 | かずさDNA研究所 | 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 | ![]() |
49 | 田中剛 | 農業生物資源研究所 | 農学系ゲノム研究解析支援システムGalaxy/NIASの運用 | ![]() |
50 | 中村保一 | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DDBJセンター | DDBJ: Status 2015 | ![]() |
51 | 内山郁夫 | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | 大規模比較解析に向けた微生物ゲノムデータベースMBGDの拡張 | ![]() |
52 | 千葉啓和 | 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 | セマンティックWeb技術を用いたオーソログデータベースの統合化 | ![]() |
53 | 箕輪真理 | 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター | Global Alliance for Genomics and Health(GA4GH)全体会議(第3回)参加報告 | ![]() |

番 号 | 2 |
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タイトル | データベース統合に向けてのIntegbio データベースカタログの活用 |
発表者 | 〇信定知江1)、坂東明日佳1)、宮崎敦子1)、畠中秀樹1)、藤澤貴智2)、大久保克彦3)、井上圭介4)、 箕輪真理1) |
所 属 | 1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2)情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3)株式会社日立製作所 4)株式会社日立公共システム |
要 旨 | 「Integbio データベースカタログ(http://integbio.jp/dbcatalog)」は文部科学省・厚生労働省・農林水産省・経済産業省の連携のもと、主に国内で作成された生命科学系データベース(DB)の所在とその概要を提供するサービスとして始まった。成果報告書等を利用した既存DB の所在調査とその収載が一通り完了し、現在1500 件近くの国内外の生命科学系DB 情報が集積されている。 我々は集積されたDB 情報をより活用するため、Integbio データベースカタログのもつ各DB 情報をResource Description Framework(RDF)によって記述することを試みている。これは生命科学系DB のRDF を用いた統合検索において、基盤情報の1つとなることが期待される。 また、本カタログに国内の生命科学系DB 情報が網羅的に集積されていることを利用し、各DB におけるデータの一括ダウンロード・サイトやその利用許諾、データ説明の所在を網羅的に調査した。これらは本カタログ内で公開予定であり、各DB におけるデータの再利用性を高める等、生命科学系データベースアーカイブの補完的役割を果たすことが期待される。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 10 |
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タイトル | 表現型情報統合のためのデータ作成 |
発表者 | 〇高月照江1)、齋藤実香子1)、大島和也1)、高山英紀1)、金子裕代2)、成瀬清2)、若菜茂晴1)、 田中信彦1)、桝屋啓志1) |
所 属 | 1)理化学研究所 バイオリソースセンター 2)自然科学研究機構 基礎生物学研究所 バイオリソース研究室 |
要 旨 | 多様な生物種で得られた研究成果を、種の違いを踏まえて統合することは生命科学の重要な課題である。我々は、遺伝因子と環境因子の相互作用によって現れる表現型と関連情報を、幅広い研究コミュニティから収集し、研究分野の垣根を超えて横断的に利活用できるようにするため、Resource Description Framework (RDF)技術を用いた分野横断的な表現型統合データベースの作成に取り組んでいる。 RDF データの作成においては、生物種横断的に利用できる表現型のオントロジー、Phenotypic Quality Ontology (PATO)を基盤として、表現型情報を記述する生物種横断的なRDF スキーマを設計し、統合データベースとして一括検索ができることを目指している。現在、マウス(約5000 系統)、細胞(約3700 系統)、微生物(14000株)メダカ(約500 系統)について、RIKEN META DATABASE (http://metadb.riken.jp/)から公開し、さらにポータルサイトとして、J-phenome(http://jphenome.info/)の運用を開始した。 すでに、ラット、ゼブラフィッシュ、マウスCre ドライバー系統の発現部位情報等の表現型情報のRDF データ化を進めており、順次公開予定である。表現型情報から、多様なモデル生物を、種を超えて検索できるWeb アプリケーションも開発を予定しており、これにより更なる表現型情報の利便性の向上を推進しようと考えている。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 11 |
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タイトル | ライフ系データの流通・統合を目指した理研メタデータベース運用の試み |
発表者 | 〇戀津魁1)、桝屋啓志2)、小林紀郎1) |
所 属 | 1)理化学研究所 情報基盤センター 2)理化学研究所 バイオリソースセンター |
要 旨 | ライフサイエンス特有の多様で複雑な研究成果データの説明や統合のためにメタデータの活用が始まっており、高度なデータ解析への応用が期待されている。理化学研究所においてもデータ産出機関としてこの潮流に乗った形で研究データの公開を進め、世界規模で研究データの活発な流通、データ統合、利用促進を図るために、理研メタデータベース(http://metadb.riken.jp/)を開発した。理研メタデータベースはメタデータ基盤の世界標準仕様であるResource Description Framework (RDF)に準じて設計された、複数のデータベースを公開できるデータベース公開基盤である。データ公開者は、RDF の知識がなくてもデータ作成ができる。具体的には、表形式データ(スプレッドシート)を利用したテンプレートにRDF リソースを入力することでデータを作成することができ、当該基盤上でRDF に変換することで世界標準の形で公開が可能となる。さらに、表形式でデータを表示するGUI(グラフィカルユーザインタフェース)が備わっており、RDF におけるグラフ・クラス・インスタンスの概念を利用し、それぞれの概念に応じた分かりやすい閲覧が可能である。グラフは個別のデータベースに対応しており、個別のデータベースについての情報の閲覧と、データベース間を横断した閲覧・検索を両立している。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 12 |
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タイトル | 微生物統合データベースMicrobeDB.jp の超高度化 |
発表者 | 〇森宙史1)、藤澤貴智2)、千葉啓和3)、内山郁夫3)、菅原秀明2)、中村保一2)、黒川顕1),4)、MicrobeDB.jp プロジェクトチーム1),2),3),4) |
所 属 | 1)東京工業大学大学院 生命理工学研究科 2)情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 3)自然科学研究機構 基礎生物学研究所 4)東京工業大学 地球生命研究所 |
要 旨 | 微生物は発酵や抗生物質生産、感染症など様々な人間活動に深く関わっているため研究の歴史も古く、蓄積されたデータや知識は膨大かつ多様である。さらにゲノムやメタゲノムなどの大規模データも多数産出されているため、これらを横断的かつ簡便に利用出来れば、新たな仮説の創出がより容易になると期待できる。我々は、国内外に散在する細菌の各種オミックス情報を広く収集し、遺伝子、ゲノム、環境の3つの軸に沿って様々な知識を整理し、ゲノム情報を核としてセマンティックウェブ技術により統合した統合データベース「MicrobeDB.jp」をこれまで開発してきた。本研究では、MicrobeDB.jp を、細菌を超えて真菌類、藻類を対象として拡張し、統合データベースを用いた解析結果を提示するアプリケーション群の開発や利用性の向上を徹底する事で、単なる統計量の羅列ではなく、大規模データから新規知識を容易に引き出す事が可能なシステムを構築する事を目標として研究開発を行っている。 MicrobeDB.jp のウェブサイト: http://microbedb.jp/MDB/ |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 13 |
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タイトル | GenomeRefine: ゲノム・メタゲノム解析データに対してアノテーションするウェブサービス |
発表者 | 〇藤澤貴智1)、森宙史2)、神沼英里1)、大山彰3)、菅原秀明1)、内山郁夫4)、黒川顕2),5)、中村保一1) |
所 属 | 1)情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 2)東京工業大学大学院 生命理工学研究科 3)インシリコバイオロジー株式会社 4)自然科学研究機構 基礎生物学研究所 理論生物学領域 5)東京工業大学 地球生命研究所 |
要 旨 | MicrobeDB.jp プロジェクトでは、セマンティックウェブ技術を利用して微生物のデータベースおよびデータの統合化を進めている。新型シーケンサーの普及により、微生物ゲノム・メタゲノム解析データ量は近年増大しているが、これらの解析データをアウトプットの際、メタデータのアノテーション作業を伴う。我々は、多くのメタデータ項目とその複雑な制約をもつメタデータ入力のコストを軽減し、ゲノム・メタゲノム解析支援と非公開ゲノム情報の公開促進を目的として、ゲノムアノテーション支援ウェブサービスGenome Refine を公開している。これまでにおいて、微生物ゲノム解析パイプラインMiGAP (http://www.migap.org/) の解析結果であるゲノム情報およびメタデータを入力として、ゲノムアノテーションのためのデータベース環境と形式変換サービスを提供している。本発表においては、新規機能拡張であるメタゲノム解析パイプラインMeGAP (http://fs2.bio.titech.ac.jp/megap/) の解析データの入力拡張およびメタデータの入力インターフェース改良について報告する。また、ゲノム・メタゲノム解析データを統合的にアウトプットするためのセマンティックウェブ技術の利用についてもあわせて報告する。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 16 |
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タイトル | NBDC 版日化辞RDF データの公開 |
発表者 | 〇櫛田達矢1)、山田一作2)、時松敏明3)、木村考宏4)、中村伸朗4) |
所 属 | 1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2)野口研究所 3)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 4)科学技術振興機構 情報企画部 情報分析室 |
要 旨 | 2015 年5 月、日化辞のResource Description Framework (RDF)データの公開を開始した。このRDF データには、オリジナルの情報検索サービスである日化辞web では提供していないInChI、InChIKey、SMILES などの化合物識別子の情報が収録され、これらをクエリーとする構造検索が可能となった。さらに主要な化合物データベース(DB)、バイオサイエンスデータベースセンターの統合化推進プログラムの成果DB、DBpedia などへのリンク情報の収録に取り組んでいる。このRDF データはPubChem、ChEMBL、ChemSpider のRDF データでも採用しているCHEMINF、SIO などのオントロジーを使用し、またライフサイエンス統合データベースセンターが中心に作成している「DB のRDF 化ガイドライン」に準拠して記述され、データの標準化を進めている。日化辞RDF データは生命科学系DB アーカイブから「CC 表示2.1 日本」のライセンスでダウンロード可能であり、J-GLOBAL knowledge でSPARQL 検索が可能である。 「DB のRDF 化ガイドライン」: http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline 日化辞RDF データ(生命科学系DB アーカイブ) : https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/nikkaji/desc.html J-GLOBAL knowledge : https://stirdf.jglobal.jst.go.jp/ |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 21 |
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タイトル | 疾患関連糖鎖オントロジーのユーザインタフェース開発 |
発表者 | 〇藤田典昭1)、ソロビヨワ・イェレナ1)、鹿内俊秀1)、木下聖子2)、成松久1) |
所 属 | 1)産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループ 2)創価大学 |
要 旨 | 近年、World Wide Web 上のデータに意味を持たせ、連携を容易にする事が出来るセマンティックWeb 技術は、ライフサイエンスデータを連携するための手段としても注目されている。 このセマンティックWeb 技術を用いることにより、オントロジーの公開、語彙の共有、関連オントロジーとの連結が可能になることから、我々は従来から開発し公開してきた糖鎖関連データベースで取扱っている情報に対してResource Description Framework (RDF)形式のオントロジーを現在開発している。 今回、疾患に関連した2つのデータベース(GDGDB: Glyco-Disease Genes Database、PACDB: Pathogen Adherence to Carbohydrate Database)に関して開発したオントロジーに対して、オントロジーを意識せずに、利用者が必要とする情報を探すことが出来るユーザインタフェースを持つシステムの開発を行ったのでこれを報告する。本システムはhttp://acgg.asia/db/diseases からアクセスできる。 GDGDB では、疾患の情報から関連した糖鎖遺伝子を絞り込み、糖鎖遺伝子の遺伝子座や名称等の基本情報やNCBI、UniProt へのリンク、関連する疾患の病原等の情報を見ることが出来る。またPACDB では、疾患や糖鎖から関連した病原体を絞り込み、その病原体による疾患や関連する糖鎖のモチーフ、発現の有無等の情報を見ることが出来ようにしている。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 22 |
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タイトル | 糖鎖関連の遺伝性疾患と感染症に関するオントロジーの開発 |
発表者 | 〇ソロビヨワ・イェレナ1)、藤田典昭1)、鹿内俊秀1)、木下聖子2)、成松久1) |
所 属 | 1)産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループ 2)創価大学 理工学部 |
要 旨 | 我々は、糖鎖関連データベース(DB)の統合化を推進している。疾患に関連した2つのDB、Glyco-Disease Genes Database (GDGDB)とPathogen Adherence to Carbohydrate Database (PACDB)を構築し、2010 年から公開している。GDGDB では、糖鎖関連遺伝子の変異によって引き起こされる疾患の情報と遺伝子の情報を提供している。PACDB では、感染症を引き起こす病原体(バクテリア、ウイルス、真菌、プロトゾア)のレクチンとそのレクチンが結合する宿主(人間と動物)側の糖タンパク質や糖脂質(リガンド)の情報を提供している。そこで、利用者 に分かりやすい情報の提供を行うために、糖鎖研究者側からの視点により、疾患の症状や糖鎖の代謝に関与する酵素の欠損、レクチンや糖鎖リガンド等に関する情報の構造化と分類を行い、多様な分類を追加した。GDGDB・PACDB で提供している情報の意味的な構造(セマンティクス)及び関連領域の知識を表現するために、セマンティックWeb 技術を使用し、糖鎖関連の遺伝性疾患と感染症に関するオントロジーを構築した。本オントロジーをDB と一緒に提供することで、疾患の病因やメカニズム、症状等への理解を深めることができると考えられる。本オントロジーはhttp://acgg.asia/db/diseases/からアクセスできる。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 23 |
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タイトル | GlyTouCan:国際糖鎖構造リポジトリの開発 |
発表者 | 〇新町大輔1)、木下聖子1)、青木 ポール信行1)、藤田晶大1)、土屋伸一郎1)、山田一作2)、松原正陽2)、藤田典昭3)、鈴木芳典3)、ソロビヨワ・イェレナ3)、鹿内俊秀3)、奥田修二郎4)、川嵜敏祐5)、成松久3) |
所 属 | 1)創価大学 2)野口研 3)産業技術総合研究所 4)新潟大 5)立命館大学 |
要 旨 | 近年、様々な糖鎖関連データベース(DB)は開発されてきたが、糖鎖構造(配列)を登録するためのリポジトリに相当するDB が存在しないため、これらを統一する国際リポジトリの必要性が増してきた。そこで、我々はGlyTouCan と名付けた国際糖鎖構造リポジトリを開発した。現在、GlyTouCan はversion 1.0 が公開されており、約4 万件の糖鎖構造が登録されている。新規の糖鎖構造登録の場合には、糖鎖構造の描画入力やテキスト入力により、任意のID が割り当てられる。登録された糖鎖構造に対しては、単糖や質量による絞り込み検索、描画ツールによる部分構造検索が可能である。また、GlyTouCan のデータをRDF (Resource Description Framework)化したことで、BCSDB、GlycomeDB、GlycoEpitope といった既にRDF 化されている糖鎖関連DB へのリンクもSPARQL を介して提供されている。GlyTouCan は、http://www.glytoucan.org からアクセスできる。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 25 |
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タイトル | 創薬・疾患研究への活用に向けたデータベース連携 |
発表者 | 〇坂手龍一1)、深川明子1)、水口賢司1)、山田弘1)、塩谷恭子2)、松田潤一郎1)、宮本恵宏2)、 梅垣敬三1)、小原有弘1)、松山晃文1) |
所 属 | 1)医薬基盤・健康・栄養研究所 2)国立循環器病研究センター |
要 旨 | 医薬基盤・健康・栄養研究所は厚生労働省の研究機関として、創薬・疾患研究をサポートする研究成果や生物資源情報のデータベース(DB)を公開している。本研究ではこれらのDB の連携による、創薬・疾患研究へのさらなる活用促進を目的としている。連携のプラットフォームとして、「創薬支援データベース統合検索」(統合検索、https://alldbs.nibiohn.go.jp)及び、連携のコアとなる「メディカル・バイオリソース・データベース」(MBRDB、https://mbrdb.nibiohn.go.jp)を構築している。統合検索では、今年度、医薬基盤研究所と統合した国立健康・栄養研究所のDB を追加するとともに、基礎研究から治験までをカバーする検索へ特化する。MBRDB では、一昨年度の疾患モデル動物情報に続き、昨年度は102 件の疫学研究情報を公開し、今年度はヒト研究資源としてバイオバンク情報を公開する。本研究により、Open TG-GATEs(トキシコゲノミクスデータベース)等との連携が発展し、新規知見の発見が促進されることが期待される。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 27 |
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タイトル | 創薬の初期研究における統合データウェアハウスTargetMine |
発表者 | 〇陳怡安、ロケシュ テリパチ、水口賢司 |
所 属 | 医薬基盤・健康・栄養研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト |
要 旨 | Effective analysis of complex biological data is a crucial goal in systems biology and drug discovery. However, it remains a challenging task and thus, bioinformatics tools and approaches that can translate voluminous biological data into actionable research are essential to new discoveries. Biological data from a single type of data source, though useful, provides only limited insights into gene and system function. Thus, integrating multiple biological data types is key to successful bioinformatics research and offers immense potential to characterise the biological processes under study. Moreover, data integration coupled with analysis and visualisation of different types of biological data are necessary to expand our understanding of biological systems for knowledge discovery. We have previously developed TargetMine, an integrated data warehouse optimised for target discovery and prioritisation of candidate genes. Here we describe new developments of TargetMine, including newer data types and data models and a new web-based interactive user interface to enhance the efficacy of TargetMine as a unified data analysis and knowledge discovery platform. TargetMine is available at http://targetmine.mizuguchilab.org. |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 32 |
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タイトル | ヒトゲノム変異情報のRDF化 |
発表者 | 〇河野信1)、山下理宇2)、込山悠介3)、鈴木絢子4),5)、鈴木穣4)、菅野純夫3) |
所 属 | 1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 2)東北メディカルメガバンク機構 3)東京大学 医科学研究所 4)東京大学大学院 新領域創成科学研究科 5)国立がん研究センター 先端医療開発センター |
要 旨 | 変異の情報は最終的にVCF (Variation Call Format)形式で提供されることが多いが、横断的に検索する用途には向いていない。そこで、VCF の変異情報をより横断的・統合的に検索することが可能なRDF (Resource Description Framework)形式に変換するためのプログラムを開発した。ENSEMBL で開発された変異データを表現するオントロジーならびにGFVO (Genomic Feature and Variation Ontology)を基本として、不足しているオントロジーを独自に設計した。また、変異部位の座標を指定するためにFALDO (Feature Annotation Location Description Ontology)を用いた。 ここでは、DBTSS で提供されている肺腺がんモデル細胞のデータをRDF 化した。約350 万の変異情報を持つLC2/ad 株のデータから、約1.5 億のトリプルが生成された。作成したオントロジーやプログラムは https://github.com/orenogithub/BH14.14 で公開している。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 34 |
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タイトル | NGS データ利活用促進のための公共データベースの役割 |
発表者 | 〇仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅 |
所 属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
要 旨 | NGS(次世代シーケンサー、新型シーケンサーともいう)を用いてゲノム解読や発現解析、メタゲノムやSNP 解析が盛んに行われるようになって久しいが、最近はNGS データの公共データベースであるSRA (Sequence Read Archive)からデータを得て、自身のデータと合わせ解析を行うケースも徐々に増えてきた。ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、SRA に収載された公共NGS データをさらに利活用できるようにするためDBCLS SRA (http://sra.dbcls.jp/)をリリースし、目的別や機器別といった切り口から検索をしやすくできるようにしている。NGS の応用分野の一つである医学関係に関しては、疾患名や文献からの検索を行えるようにしてある。またいわゆる非モデル生物に関しては、例えばイネ(Oryza sativa)だけでなくその下位概念にあたる品種等も一度に検索できたり、逆に上位概念であるOryza 属全体の検索をすぐに行えるようにするなど、生物種からの検索を機能強化している。今回は、DBCLS 等での他の取り組みとの連携も含めつつ、今後のNGS データの利活用場面について紹介する。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 35 |
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タイトル | 公共遺伝子発現データを活用するためのツールRefEx とAOE |
発表者 | 小野浩雅、〇坊農秀雅 |
所 属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
要 旨 | ライフサイエンス統合データベースセンターでは、遺伝子発現データの再利用を促進し、知のめぐりをよくするツールを開発してきた。 RefEx (Reference Expression dataset; http://refex.dbcls.jp/)は、ヒト、マウスおよびラットの正常組織を対象にしたリファレンスデータセットで、4 つの異なる実験手法(EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq)によって得られた遺伝子発現量を並列に表現することで各遺伝子の発現量を直感的に比較できる。また、最近、初代培養細胞、臓器、あるいは数多くの細胞株における大規模なヒトおよびマウスのCAGE データ(RIKEN FANTOM5)を追加した。 AOE (All Of gene Expression; http://aoe.dbcls.jp/)は、公共遺伝子発現データベースの目次で、ヒストグラムからデータを選択、項目を選択してリスト表示、生物種ごとや手法ごとのデータ数の登録データランキングでより探しやすくなっている。 これらの遺伝子発現データリソースを紹介し、いくつかの使用実例を示す。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 39 |
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タイトル | GGRNA/GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブツール |
発表者 | 〇内藤雄樹 |
所 属 | 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
要 旨 | GGRNA (http://GGRNA.dbcls.jp/)は、塩基配列データベースをGoogle のように検索できるウェブツールである。検索キーワードとして、遺伝子名や各種のID などあらゆる語句を単一の検索窓に入力するだけで遺伝子や転写産物をすばやく探すことができる。また、塩基配列の検索については、ミスマッチやギャップを含む塩基配列の検索を、転写産物だけでなくゲノムに対しても行うことができるウェブツールGGGenome (http://GGGenome.dbcls.jp/)を開発し、GGRNA と連携させている。本年のアップデートにより、これらのウェブツールではNCBI RefSeq に登録された全生物種のmRNA および非コードRNA、さらには、国際塩基配列データベース(INSD)に登録された全ての情報を一度に検索することができるようになった。さらにGGGenome では、UCSC に登録された100 以上の生物種のゲノム配列が検索可能となった。GGRNA およびGGGenome のすべての機能は無償で自由に利用でき、REST API により他のデータベースやソフトウェアとも容易に連携できる。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 45 |
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タイトル | SSBD:生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース |
発表者 | 〇遠里由佳子、ホー ケネス、京田耕司、大浪修一 |
所 属 | 理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム |
要 旨 | 顕微鏡計測と画像処理技術の発展により、分子や細胞、組織、個体などの多様な生命現象の動態を動画像として記録し、時空間情報を数値として含む定量データとして計測することが可能になった。そこで我々は、これら定量データの再利用性の向上をめざし、生命動態システム科学の統合データベースSSBD (Systems Science of Biological Dynamics; http://ssbd.qbic.riken.jp )を構築してきた。そして2015 年4 月より、我が国の細胞生物学および発生生物学の画像情報と生命動態情報との有機的な連携をめざして、定量化が求められる動画像の収集を開始している。SSBD において、定量データは、BDML (Biological Dynamics Markup Language)で統一的に記述される。動画像は、顕微鏡管理システムであるOMERO により管理・共有される。BDML やOMERO に関するソフトウェアツールも入手できる。本ポスターでは、定量データおよび動画像に付与されているメタ情報のRDF (Resource Description Framework)化についての報告と、今後の展望について紹介する。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 47 |
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タイトル | 遺伝子オルソログDB による植物ゲノムDB の統合 |
発表者 | 〇中谷明弘1)、菊地正隆1)、市原寿子2)、白澤沙知子2)、浅水恵理香3)、平川英樹2)、中村保一2)、 田畑哲之2) |
所 属 | 1)大阪大学大学院 医学系研究科 2)かずさDNA研究所 3)龍谷大学 農学部 |
要 旨 | 配列の類似したアミノ酸配列(遺伝子)の種間の対応関係をオルソログと定義し、緑色植物とラン藻のオルソログ情報を蓄積したデータベース(DB)を構築しています。構築したDB は、PGDBj(Plant Genome DataBase Japan;http://pgdbj.jp)からオルソログDB として公開しています。さまざまなゲノムDB をこのオルソログDB に配列類似性に基づいてリンクすることによって、エントリーレベルでのDB 統合が可能になります。また、オルソログ関係にある遺伝子の染色体上での位置情報に基づいて種間で対応関係にある染色体の部分領域(シンテニー様領域)の情報を抽出することにより、各部分領域に含まれる遺伝子やマーカーのDNA 配列上での位置的な対応関係の推定や探索もDB 検索によって可能になります。これまでに、NCBI RefSeq (Release 66)から取得した緑色植物のアミノ酸配列(40 種・約100 万配列)とラン藻のアミノ酸配列(213 種・約80 万配列)を対象として、両系統群内での全アミノ酸配列間のBLAST による配列相同性の算出、および、それに基づいた全アミノ酸配列の分類を行い、オルソログ情報の生成およびDB 化を完了しています。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 48 |
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タイトル | 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 |
発表者 | 〇市原寿子1)、白澤沙知子1)、中村保一1)、中谷明弘2)、菊地正隆2)、浅水恵理香3)、平川英樹1)、 田畑哲之1) |
所 属 | 1)かずさDNA研究所 2)大阪大学大学院 医学系研究科 3)龍谷大学 農学部 |
要 旨 | 我々は、散在する多様な植物ゲノム関連情報を整備した情報基盤として、ポータルサイトPlant Genome DataBase Japan (PGDBj、http://pgdbj.jp)を提供し、ユーザが必要とするデータアクセスの利便性向上を目指しています。現在、PGDBj のデータベース(DB)の内、リソースDB では、理化学研究所バイオリソースセンター(BRC)が開発した植物遺伝子の串刺し検索システムSABRE2 (http://sabre.epd.brc.riken.jp/SABRE2.html)を拡充し、BRC およびナショナルバイオリソースプロジェクトから提供されている14 生物種の計1,504,022 件のリソース情報に加え、PGDBj で整備した情報も横断検索出来るようにシステムを開発し、公開しています。整備した情報には、近畿大学と果樹研究所で維持されているカンキツ類の約900 個体分の在来種および栽培品種の保存株情報や、オランダイチゴの計660,323 遺伝子ならびにカーネーションの43,266 遺伝子の配列情報が含まれます。また、DNA マーカーDB では、39 生物種の計101,742 件のマーカー情報と24 生物種の遺伝地図情報、11 生物種の物理地図情報を公開しています。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 49 |
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タイトル | 農学系ゲノム研究解析支援システムGalaxy/NIAS の運用 |
発表者 | 〇田中剛1)、伊藤龍太郎1),2)、伊藤剛1) |
所 属 | 1)農業生物資源研究所 2)株式会社ダイナコム |
要 旨 | 生命科学系の技術革新は目覚ましく、特に高速シーケンサー(NGS)の生産するデータ量は極めて膨大であることから、大量情報解析が研究者の大きな負担になっている。農畜産物のゲノム研究においても大規模なDNA マーカー開発などが必須になってきており、誰もがNGS の大量情報を高速に処理して研究推進出来る体制が望まれている。そこで我々は、農林水産省の委託プロジェクト研究「画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備」の一環として、ウェブのGUI(グラフィカルユーザインターフェース)を通してNGS などの大規模データを処理する枠組みであるGalaxy を採用し、Galaxy/NIAS として2014 年より公開、運用している(https://galaxy.dna.affrc.go.jp/)。これまでに、NGS データ解析では不可欠な大型ファイルのアップロード機能構築や、バックアップ用大型ストレージ利用のためのシステム構築を行ってきた。また、これまでに受けた様々な解析支援依頼の経験から、農学系で要望の多い解析について独自のワークフローを作成し、公開している。加えて、JBrowse でのデータの可視化機能等も追加するなど、非情報解析系の研究者にとって使い勝手の良いサービスを目指している。本システムは、農畜産物ゲノム情報データベースAgrID(http://agrid.dna.affrc.go.jp/)の一部として公開している。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 50 |
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タイトル | DDBJ: Status 2015 |
発表者 | 〇中村保一、神沼英里、小笠原理、有田正規、大久保公策、高木利久 |
所 属 | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DDBJ センター |
要 旨 | DDBJ (http://www.ddbj.nig.ac.jp)はNCBI、EBI とともにInternational Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)を構成し塩基配列アーカイブと解析リソース、遺伝研スーパーコンピュータの管理等の塩基配列まわりのデータならびに解析系の提供を運営している。INSDC では伝統的な配列データベース(DB)(Traditional INSDC) を中心に、新型シーケンサ由来データDB のDDBJ Sequence Read Archive (DRA)や、研究プロジェクトに関するBioProject DB、サンプルに関するBioSample DB、NBDC と共同で制限アクセスを備えたヒト対象の表現型/遺伝子型解析データアーカイブであるJapanese Genotype-phenotype Archive (JGA)を運営している。今年度のDDBJ の運営についての進捗と展望を報告する。 |
発表資料 | ![]() |
番 号 | 51 |
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タイトル | 大規模比較解析に向けた微生物ゲノムデータベースMBGDの拡張 |
発表者 | 〇内山郁夫1)、三原基広2)、西出浩世1)、千葉啓和1) |
所 属 | 1)自然科学研究機構 基礎生物学研究所 2)株式会社ダイナコム |
要 旨 | MBGD (http://mbgd.genome.ad.jp/)は、公開された微生物のゲノム情報を、オーソログ関係に基づいて整理し比較するためのデータベースである。全系統をカバーする「標準オーソログ表」に加えて、近縁ゲノム比較に向けた系統群ごとのオーソログ表も作成している。現在公開されている微生物ゲノムは、完全ゲノムで数千件、ドラフトゲノムを加えると数万件に及んでおり、さらに拡大を続けている。MBGDはこれらを効果的に活用できるよう、データベースの拡張を行うとともに、さらなる効率的なデータ処理方法の開発を行っている。データの取り込みは、NCBIのAssembly Reportsのデータを用いて完全ゲノムとドラフトゲノムの振り分けを行い、完全ゲノム、および「属」レベルで完全ゲノムに含まれないドラフトゲノムについては、総当たりホモロジー検索を行って、オーソログテーブルを作成している。それ以外のドラフトゲノムは、MyMBGD機能を用いて、完全ゲノムと合わせたオーソログ解析を動的に行うことができる。一方、近年同一種のゲノムを多数決めて比較する研究が増えてきたことから,種内比較と種間比較を分けて効率的にデータを管理するよう、改良を進めている。 |
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番 号 | 53 |
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タイトル | Global Alliance for Genomics and Health(GA4GH)全体会議(第3回)参加報告 |
発表者 | 〇箕輪真理1),2)、片山俊明2)、川嶋実苗1)、河野信1),2)、三橋信孝1) |
所 属 | 1)科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター |
要 旨 | ヒトのゲノム(主としてNGS)データや臨床情報等のセンシティブな情報を国際間で共有することにより医学の発展への貢献を目指して2013年1月に設立されたGlobal Alliance for Genomics and Health(GA4GH)の第3回の全体ミーティングが本年6月に開催された。この活動への参加機関(世界34か国から341機関)には、NBDCヒトデータベースの運用機関であるバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)および遺伝研DDBJセンター、今後ヒトに関するデータの統合化を実践的に推進していくライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)をはじめ、日本からの11機関が含まれる。今回の全体会議にはNBDC、DBCLSから5名が参加、1) Clinical、2) Data、3) Regulatory and Ethics、4) Securityのワーキンググループやパイロット的に実施されている各プロジェクト等の情報収集を幅広く行った。その内容をご報告するとともに、今後の我々のデータベース統合の活動にどう生かしていくかについて検討したい。 GA4GHウェブサイト:http://genomicsandhealth.org/ |
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