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2018年度はポスター発表とワークショップを同時開催いたします。

ポスター発表・ワークショップ日程

【ライトニングトーク】 13:40~14:20  未来館ホール
【ポスター発表】    奇数番号 14:20~15:05 偶数番号 15:05~15:50  コンファレンスルーム水星+火星+金星(ひと続きの会場です)
【ワークショップ】   14:40~15:30  コンファレンスルーム水星+火星+金星前ロビー

※ポスターや発表スライド等の著作権は、別途記載がない限り発表者・発表者の所属機関に帰属します。
 ポスター・スライド内の図や文言を転用する際には、著作者と話し合っていただくよう お願いいたします。

 

ワークショップ

2018年度初めての試みとして、本シンポジウムのサブテーマ「バイオデータベース:つないで使う」をコンセプトに、NBDC事業で開発しているデータベースを他のデータベースとつなげるとできること、データベースの統合的な利活用について、会場との意見交換を踏まえながら活発な議論が行われることを期待して2題のワークショップを開催いたします。

1. ChIP-seqとプロテオーム:公共データをつないで使う:ChIP-Atlas/jPOSTチーム
種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、横断的統合プロテオームデータベースを開発することを目的として、jPOSTは2015年に産声を上げた。国際標準リポジトリおよび高精度データ標準化機能を深化させ、より幅広いプロテオームデータの受け皿となる機能を開発しつつある。さらに、他のオミクスとのデータ連携により、シグナル伝達や代謝のネットワーク解析を通じ、生命機能の解明に直接結びつくような解析ツールの提供を目指している。
ChIP-Atlasは、論文などで報告された世界中のChIP-seqデータを収集し、解析したデータを公開している。膨大な量のゲノムータンパク質結合データを収録しており、これらはゲノムブラウザで視覚的に理解できる。すべてのデータには固有のURLがつけられており、ダウンロードやデータ連携が円滑にできる。
本ワークショップでは、ChIP-Atlas とjPOSTが取り組んできたChIP-seqデータとプロテオームデータの連携を例として、他の公共DBとの更なる連携の可能性やそこから生まれるシナジー効果、現状の問題点やユーザー側からのニーズなどについて議論したい。

2. 日本人ゲノム多様性統合データベースTogoVarを使ってみる:TogoVar開発チーム
TogoVar(https://togovar.biosciencedbc.jp/)は、日本人のゲノムバリアントとそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベース(DB)であり、2018年6月に運用を開始した。主な機能は、各バリアントDBに収録された様々な集団のアレル頻度を比較できることである。様々な人種における頻度情報を持つThe Exome Aggregation Consortium Browser(ExAC)、日本人集団の頻度情報を持つJapanese Multi Omics Reference Panel (jMorp、ToMMo)やHuman Genetic Variation Database(HGVD、京都大学)に加え、NBDCヒトDBに登録・公開されている個人由来ゲノムデータを再解析して集計した頻度情報(JGA-NGSとJGA-SNP)が含まれる。また、バリアントの位置や遺伝子名、アレル頻度、疾患名などによる検索、臨床的意義などによる絞り込みができる。
本WSでは、TogoVarの使い方をデモンストレーションすると共に、今後統合する予定のDBや検索機能を紹介する。エンドユーザーだけでなく、DB開発者からも様々なご意見をいただき、より「使える」「つながる」DBを目指す機会にしたいと考えている。ポスター発表『ゲノム研究に役立つヒトゲノムバリアントデータベース「TogoVar」』もあわせてご覧いただければ幸いである。

 

発表者はこちら(発表者へのご案内/PDF:625KB)を ご覧ください。  ライトニングトーク様式/PPT:151KB)

番号  代表発表者 所 属 タイトル
1 阿部貴志 新潟大学 tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
2 大城戸利久 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
DDBJセンター
DDBJ -登録データの拡充-
3 大田達郎 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大規模塩基配列データのための DDBJ Search 検索システムの開発
4 小野浩雅 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツールRefEx
5 坊農秀雅 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
公共遺伝子発現データベース目次AOEとそれを活用したデータ解析実例
6 仲里猛留 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
NGSデータのエンリッチメント解析による生物学的な解釈
7 内藤雄樹 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
GGGenome & CRISPRdirect update:ゲノム編集の実験を支援するためのウェブツール
8 横井翔 農業・食品産業技術総合研究機構 生物機能利用研究部門 昆虫学におけるデータ解析とデータベースの利用
9 藤博幸 関西学院大学 理工学部 Linked Open Dataを利用するアラインメントビューアの開発
10 山口敦子 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
LOD連合検索の課題と展望
ータンパク質関連情報の取得を通じてー
11 守屋勇樹 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
SPARQL support
12 川島秀一 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
NBDC RDFポータル
13 山本泰智 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
JSONデータを効率よくリンクトデータ化するJSON2LD Mapper
14 金進東 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
LODQA - 自然言語によるリンクトデータ検索システム
15 櫛田達矢 科学技術振興機構
バイオサイエンスデータベースセンター
生物学的概念オントロジー由来のナレッジグラフを用いた疾患関連因子の推論
16 豊岡理人 科学技術振興機構
バイオサイエンスデータベースセンター
ゲノム研究に役立つヒトゲノムバリアントデータベース「TogoVar」
17 要匡 国立成育医療研究センター 研究所 ゲノム医療研究部 OMIMデータおよび文献情報を基本とした新規データベースと人工知能(IBM Watson)の組合せによる遺伝子関連疾患診断支援システム
18 藤原豊史 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
希少疾患診断支援システムPubCaseFinderの社会実装を目指した取組み
19 鈴木寿人 慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター Database of Pathogenic Variant(DPV)の開設
20 坂手龍一 医薬基盤・健康・栄養研究所 難病・希少疾患創薬データベース:DDrare
21 平田誠 医薬基盤・健康・栄養研究所 難病資源研究室 PubMedのTF-IDF解析による難病創薬プロファイルの抽出
22 深川明子 医薬基盤・健康・栄養研究所
バイオインフォマティクスプロジェクト
創薬・疾患研究のためのデータベース検索システム Sagace
23 雨宮崇之 産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
経済産業省関連ライフサイエンス・ポータルサイト MEDALS
24 大波純一 科学技術振興機構
バイオサイエンスデータベースセンター
生命科学データベース横断検索の継続的な発展と展望
25 川本祥子 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 ナショナルバイオリソースプロジェクトのデータベースの統合化の検討
26 木村学 日本ソフトウェアマネジメント(株) ナショナルバイオリソースプロジェクトの成果論文データベースの構築と活用
27 Deden Derajat Matra Department of Agronomy and Horticulture, Bogor Agricultural University (IPB) RujakBase; an integrated web resource for the omics database of Indonesian tropical fruits
28 川原善浩 農業・食品産業技術総合研究機構 次世代作物開発研究センター、農業・食品産業技術総合研究機構 高度解析センター RAP-DB:イネアノテーションプロジェクトデータベース
29 熊谷真彦 農業・食品産業技術総合研究機構 高度解析センター TASUKE+ : 多サンプルの多型情報とGWASデータを可視化するゲノムブラウザ
30 Ghelfi Andrea かずさDNA研究所 Killer Applications in Plant GARDEN: Integration of Bioinformatics Tools for Plant Science and Breeding
31 平川英樹 かずさDNA研究所 植物ゲノム情報統合ポータルサイトPlant GARDENの構築
32 市原寿子 大阪大学 大学院医学系研究科 種を超えた植物ゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築
33 原田大士朗 かずさDNA研究所 世界における植物ゲノム解析の現状と課題
34 有田正規 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
DDBJセンター
MassBankメタボロームリポジトリの設計と構想
35 福島敦史 理化学研究所 環境資源科学研究センター 植物メタボロームデータの再解析・アノテーション高度化に向けた情報基盤整備
36 金谷重彦 奈良先端科学技術大学院大学 先端科学研究科 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤
:KNApSAcK Family DB生体活性DBの標準化とメタ代謝マップの構築に向けて
37 曲山幸生 農業・食品産業技術総合研究機構 食品研究部門 発酵食品データベース
38 飯田啓介 情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
日本語Webコンテンツ「新着論文レビュー」サイトリニューアル
39 奥田修二郎 新潟大学 大学院医歯学総合研究科 jPOST統合環境の開発
40 田辺麻央 京都大学 化学研究所 ウイルスによるネットワークバリアントのデータベース
41 太田元規 名古屋大学 大学院情報学研究科 天然変性タンパク質データベース:IDEAL
42 横地政志 大阪大学 蛋白質研究所 PDBアーカイブの検証レポートのRDF化
43 小林直宏 大阪大学 蛋白質研究所 統合化されたNMRデータベース、BMRBと深層学習への応用
44 渡邊妙子 日本大学 大学院工学研究科 ライフサイエンスデータベースを利活用したバイオインフォマティクス研究
45 仲山慶 愛媛大学 沿岸環境科学研究センター  化学物質の環境リスク評価・リスクコミュニケーションのための公共データの活用およびChemTHEATREとAIST-MeRAMの統合利用
46 鈴木穣 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 ヒト統合オーミクスデータベースDBKERO update 2018
47 田高周 東北メディカル・メガバンク機構、
東北大学 大学院医学系研究科
jMorp: 日本人多層オミックス参照パネル
48 小巻翔平 岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 マルチオミクスゲノムブラウザiMETHYLの紹介
49 陳影 京都大学 iPS細胞研究所 SHOGoiN:1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース
50 粕川雄也 理化学研究所 生命医科学研究センター SCPortalen: 一細胞データ再利用のためのデータベース
51 野口修平 理化学研究所 生命医科学研究センター The FANTOM web resource, update 2018
52 京田耕司 理化学研究所 生命機能科学研究センター SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース
53 塩田正明 創価大学 糖鎖科学ポータルGlyCosmos Portalの開発
54 三浦信明 野口研究所 Total Glycome Databaseの構築
55 三浦信明 野口研究所 WURCS: 曖昧表記を可能とする糖鎖構造の一意的な表現の研究
56 平木愛子 野口研究所 GlycoNAVI: 疾患と複合糖質の糖鎖量比変化データベースの構築
57 新町大輔 SparqLite LLC. GlyComb: 複合糖質リポジトリの開発
58 藤澤貴智 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生命情報研究センター
MicrobeDB.jp ポータル: 統合微生物データベースのポータルサイト構築
59 森宙史 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生命情報研究センター
MicrobeDB.jpのメタゲノム解析パイプライン
60 東光一 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生命情報研究センター
微生物群集構造データの潜在環境因子の予測・可視化ツールLEA
61 厨祐喜 神戸大学 大学院科学技術イノベーション研究科 配列データおよび反応データベースを用いた微生物代謝モデルの自動構築・ツールについて
62 長正一郎 有限会社アクアラボ 健全にする生態システム制御機能(湖沼池の免疫)の扉を開く鍵
63 黄地祥子 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター 微生物の安全な利用に向けたNITEの情報提供の取り組み

ポスター発表参加者募集!(受付終了)

 シンポジウムの一環として、ポスター発表を開催します。生命科学分野のデータベースを様々な形で研究に利活用しているユーザの方々、生命科学分野に限らずデータベースの開発や運用に携わる方々にご発表いただき、シンポジウム参加者とデータベースについて幅広く議論していただければと考え、ポスター発表参加者を下記募集要領のとおり広く募集いたします。特に、ユーザから活用例をご紹介いただくことは、データベースの利活用を促進し、また、今後のデータベースの開発・運用にとっても大変参考になると考えます。多くの方からの応募をお待ちしています。

ポスター発表募集要領

内容例 : 1次データベースの構築・運用
      複数のデータベース組み合わせ等の2次データベースの構築・運用
      データベースを利用したツール開発(解析、可視化等)
      データベース利用による研究の効率化
応募締切: 2018年7月20日(金)12:00まで
応募方法: 受付は終了しました。
      以下必要事項について留意事項を確認の上、申込フォームからお申し込み下さい。
      発表タイトル
      発表要旨(参考文献も含め500文字程度)
      発表者(連名者含む)情報
留意事項: ・展示スペースに限りがあるため、応募者多数の場合は選考を実施いたします。
       採択の可否については、7月末日までに発表者のメールアドレス宛に連絡いたします。
      ・ご応募の中から、口頭発表(15分程度)をお願いすることがあります。こちらも7月末日までに連絡いたします。
      ・ポスターセッションは午後に予定しております(45分程度)。
      ・ポスターセッションの直前に、ライトニングトーク(1ポスター1分での簡単な発表内容の紹介)を実施いたします。
       なお、ライトニングトークの様子は、当日インターネットでライブ配信する予定です。
      ・ポスター発表の氏名・所属・タイトルおよび要旨は、事前にシンポジウムウェブサイトから公開するほか、
       要旨集として当日配布する予定です。
      ・当日発表いただいたポスターは、後日データを提出いただき、PDFを同サイトから公開する予定です。
       なお、ポスターには、DOI*1を付与します。また、データベース統合化の趣旨に鑑みて、
       公開に際してのライセンスの扱いはCC-BY*2とし、公開サイトにその旨を記載する予定です。

*1 DOIは、Digital Object Identifierの略で、デジタルコンテンツに付与される国際的な識別子です。DOIは容易にURLに変換することができます。このURLは、コンテンツ本来のURLにリダイレクトされます。一度登録されたDOIは変更されません。このため、コンテンツ自体のURLが変更されても、コンテンツのDOIを知っていればリンク切れすることなくアクセスすることができます。詳細は、日本で唯一のDOI登録機関であるジャパンリンクセンターのウェブサイトをご参照ください。
*2 CC-BYは、国際的非営利組織クリエイティブ・コモンズが提唱するライセンス形態のひとつで、「クレジットを表示すること」を条件に著作物の利用を許可するというものです。詳細は、クリエイティブ・コモンズ・ジャパンの解説サイトをご参照ください。